In 1897 werd op de fundering van een oude wipmolen een nieuwe gebouwd, die water uitsloeg op het Noord Aa. Rond 1935 werd het scheprad vergroot, om tot een verbetering van de bemaling te komen. Bij de restauratie van de molen in 1963 werd het scheprad vervangen door een vijzel. In 1967 werd in de molen een elektrische bemalingsinstallatie geplaatst. Hoewel er op den duur ook een elektrisch gemaal naast de molen werd gebouwd, werd de polder grotendeels met windkracht bemalen. In 1976 werd de molen overgedragen aan de Rijnlandse Molenstichting, die het in 2018 liet restaureren.

In 1684 werd er een wipmolen gebouwd, ter vervanging van een molen uit 1666 die vermoedelijk door storm- of brandschade verwoest was. De molen bleef tot 1959 in bedrijf. Toen werd er een elektrisch gemaal gebouwd, dat de bemalingstaak van de molen overnam. De molen werd in eigendom overgedragen aan de gemeente Leiderdorp. De polder werd in 1972 opgeheven en langzamerhand werd de molen ingebouwd. In 2004 werd besloten om de molen elders een plek te geven. De molen werd op 9 februari 2006 in delen afgebroken en per schuit naar de werkplaats van fa. Verbij vervoerd. Pas in 2008 werd de molen verplaatst naar de gemeente Jacobswoude, om zo een getrapte bemaling te vormen voor de Doespolder, samen met de Doesmolen (die door verschillende peilverlagingen vrijwel droog kwam te staan). Op 15 december 2009 werd de Kalkmolen in de Doespolder geplaatst. Zodoende fungeert het tegenwoordig als de ondermolen van de Doesmolen.

In 1985 werd er een nieuw gemaal gesticht, ter vervanging van het oude gemaal. De bemalingsinstallatie bestaat uit een vijzel, met een capaciteit van 10 m3/minuut bij een opvoerhoogte van 2,20 meter, aangedreven door een elektromotor met een vermogen van 5,5 kW, geleverd door fa. Hertog Polderbemalingen.

In 1913 werd een wipmolen geplaatst ten behoeve van de bemaling van de Vlietpolder, ter vervanging van een afgebrande molen. De molen werd niet geheel opnieuw opgebouwd en er werden verschillende onderdelen gebruikt van elders gesloopte poldermolens. Zo werd het bovenhuis overgenomen van de gesloopte molen van de Uiteindsche- en Middelpolder.

In eerste instantie beschikte de Vlietmolen over een scheprad. In 1929 werd dit vervangen door een schroefpomp. Op 27 september 1956 stortte het wiekenkruis door een asbreuk naar beneden, wat veel schade aan de molen opleverde. De aanwezige schroefpomp werd vervangen door een vijzel met elektromotor die naast de molen werd geplaatst. De molen raakte in ongebruik, maar plannen van het polderbestuur om de molen te slopen werden tegengehouden door de GS van Zuid-Holland. In 1967 werd de molen onder verantwoordelijkheid van de Rijnlandse Molenstichting gerestaureerd en draaivaardig opgeleverd. De molen werd in 1988 verkocht aan diezelfde stichting. Tussen 2001 en 2002 werd de molen weer maalvaardig gemaakt. Daarbij werd de aandrijving van de vijzel zo gewijzigd dat het ook mogelijk is om met windkracht te malen. In 2019 is de molen korte tijd stilgezet in verband met herstelwerkzaamheden. Tegenwoordig doet de molen dienst als hulp- en noodgemaal.