De Nederlandse aanklager kon nog enige invloed uitoefenen op de telastelegging wat betreft mishandeling van burgers, roof, plundering en uitbuiting van de bezette gebieden (ill-treatment of civilians and pillage, plunder and exploitation of the occupied territories (secties 11 en 12 appendix D).

Uit Nederlands-Indië werden geen Japanners voorgedragen voor berechting. Wel stemde Nederland vóór berechting van keizer Hirohito, maar daarvan had Amerika al eerder afgezien. Borgerhoff Mulder ging in april 1946 zelf op zoek naar bewijsmateriaal in Batavia, onder andere over de Japanisering van Nederlands-Indië. Onder andere de NEFIS had daar het een en ander bijeengebracht voor de Temporaire Krijgsraden die Japanners zouden berechten. De Weerd had al tijdens zijn krijgsgevangenschap uit Maleise kranten overzichten gemaakt van Japanse maatregelen in Indië en na de oorlog dit onderzoek voor de NEFIS verder uitgebouwd. Sinninghe Damsté verzamelde materiaal over de conventionele oorlogsmisdaden. Aan H. Pos werd opgedragen de Japanse bezetting van Oost-Timor te onderzoeken die daarover een rapport samenstelde. Pas in juni nadat de Weerd benoemd was werd er ook bewijsmateriaal uit Nederlands-Indië naar Tokio gestuurd, waar uiteindelijk 1500 documenten arriveerden.

De Nederlandse aanklacht over de Japanse aggressie tegen Nederlands-Indië bestond uit drie onderdelen:
1.De inleidende verklaring: de aanloop tot en het begin van de oorlog
2.De Japanisering van Indië (gevolg en illustratie van 1)
3. De conventionele oorlogsmisdrijven en misdaden jegens de menselijkheid

Punten 1 en 2 vormden de 12e fase van de A-afdeling van de algemene telastelegging als misdrijf tegen de vrede (major war crimes), 3 het B en C-gedeelte (minor war crimes).

1. In de inleidende verklaring had Borgerhoff Mulder opgenomen dat Japan vanaf 1940 bewust aangestuurd had, onder andere door geheime plannen over een verovering van heel Zuidoost-Azië, op de bezetting van Nederlands-Indië. Daarbij waren tussen Nederland en Japan bestaande beloftes en verdragen geschonden en had Japan misbruik gemaakt van Nederlands verzwakte positie door de Duitse bezetting. Daarna beschreef hij de Japanse aanval en de bezettingsmaatregelen, waaronder de internering van de Nederlanders en de tewerkstelling van de Indonesiërs. Wensen van nationalistische zijde had Japan alleen voor eigen doeleinden gebruikt.

2. Het onderdeel over de Japanisering bevatte de schending van het Landoorlogreglement maar was vooral gebaseerd op het Prepared Statement van De Weerd. Daarin werd betoogd dat Japan de volkenrechtelijke grenzen had overschreden door een aan annexatie grenzende politiek inzake bestuur, rechtspraak, economie, onderwijs, de Europese bevolking en de Indonesische nationalisten.

3. De kern van de aanklacht over de conventionele oorlogsmisdrijven vormde een rapport van Sinninghe Damsté. Hij had per eilandengroep de misdaden aangegeven tegen krijgsgevangenen, burgergeïnterneerden en de Indonesische bevolking; optreden tegen de Nederlanders die vernielingsoperaties van olieinstallaties hadden geleid; executies van krijgsgevangenen, de voedselsituatie in de kampen, scheiding van gezinnen, gedwongen prostitutie, mishandeling van romusha's en het optreden van de kempeitai.

De bewijsstukken van het A-gedeelte werden in extenso voorgelezen. Bij het B en C-onderdeel was een keus gemaakt uit 150 bewijsstukken, die als uittreksel werden voorgelezen. Ook werden Japanse en geallieerde filmbeelden als bewijsmateriaal gebruikt.

De Nederlandse aanklacht sloot op 30 december 1946.