Aan de Rijksakademie werd een rigide academische indeling van de verschillende kunstvakken vermeden. In het door De Poorter ontwikkelde programma werden slechts de schilderkunst, de beeldhouwkunst, de grafiek en het tekenen als afzonderlijke disciplines genoemd waarbij de tekenkunst, naar goede academische gewoonte, de grondslag van het kunstenaarschap werd. In de eerste twee jaren werd het tekenen vrijwel als enig vak onderwezen en de natuur bleef de basis voor de kunst. Daarnaast kwam er een aantal traditionele theoretische vakken bij: anatomie, perspectief, kunstgeschiedenis en esthetica. In essentie waren programma en uitgangspunten zo breed geformuleerd, dat de hoogleraren, en vooral de directeuren, een persoonlijk stempel op het onderwijs en daarmee op de academische kunstopvatting konden drukken. Dat was ook meteen het euvel bij De Poorter, die ondanks zijn ruimere ideeën in de praktijk de academisch-klassicistische kunstopvatting handhaafde. Door weerstand van leerlingen en docenten kreeg De Poorter weinig voet aan de grond en in 1880 ruimde hij het veld voor de hoogleraar, August Allebé. * 

Tijdens Allebé's directoraat (1880-1906) werd het oorspronkelijke programma van de academie verder uitgewerkt. Hij manifesteerde zich als een typische kunstenaar van het midden, en vermeed de extremen van impressionisme en academisme. Hij liet ruimte aan de persoonlijke ontwikkeling en keuzes van de jonge kunstenaars en gold als een uitstekend docent. Allebé benutte de overgebleven, nog onbenutte, mogelijkheden die in de wet werden genoemd, namelijk: het logesysteem en de wedstrijd. In de loge konden de meest gevorderde leerlingen hun laatste jaar onder individuele, vrij minimale, begeleiding van een hoogleraar werken. Hiermee sloot Allebé aan bij een Europese academische tendens: het oprichten van een zogenaamde Meisterklasse. De door Allebé in 1884 ingevoerde wedstrijd, de Prix de Rome, vormde evenals de loge een zelfstandige fase aan het eind van de studie. *  Het onderwijsprogramma van Allebé richtte zich op de bestudering en analyse van vormen zoals die optisch werden waargenomen. Door deze analytische instelling kwam Allebé, en met hem de hele Academie, lijnrecht tegenover het impressionisme te staan. Hierbij ondervond hij steun van de hoogleraar kunstgeschiedenis J.A. Alberdingk Thijm. Onder hen werd een tendens ingezet naar een kunstopvatting waarin het voorbeeld van de Middeleeuwse culturele eenheid centraal stond. * 

Voor de in 1907 benoemde directeur Antoon Derkinderen moest de kunst dienend zijn; hij plaatste tegenover het ideaal van de vrije kunstenaar dat van de gemeenschapskunstenaar. Zijn ideaal was de vereniging van het kunst- en het ambachtsonderwijs. De wegen van de schone en de nuttige kunsten hadden zich immers vanaf de Renaissance te zeer gescheiden. De Rijksakademie was daarvan in zijn ogen het ultieme voorbeeld, aangezien daar zelfs geen bouwkunst meer onderwezen werd. Naast de terugkeer van de bouwkunst, 'de moeder der kunsten', aan de Rijksakademie, ijverde Derkinderen tevens voor de annexatie van de bestaande opleiding aan het Rijksinstituut tot Opleiding van Teekenleraren. Deze bundeling zou uiteindelijk tot een totaalonderwijs op het gebied van de kunsten moeten leiden, die een opheffing van de scheiding tussen de verschillende kunsten beoogde. In de praktijk sneuvelden veel van Derkinderens plannen aan de onderhandelingstafel. Tijdens het directoraat van Derkinderen nam het aandeel van de theoretische vakken toe. Het aantal docenten werd met drie professoren voor de vakken kunstgeschiedenis en esthetica uitgebreid; de kunstenaars Jan Veth en Roland Holst en de kunsthistoricus W. van der Pluijm. * 

Richard Roland Holst werd in 1925 tot hoogleraar-directeur benoemd. Zijn opvattingen over kunst en het kunstonderwijs kwamen overeen met die van zijn voorganger, maar waren gebaseerd op een socialistische overtuiging. Hij verwierp de niet-maatschappelijke kunstenaar die in dienst van het kapitalisme zou staan. Volgens Roland Holst was de individualistische kunstenaar genoodzaakt het uitzonderlijke karakter van zijn wijze als grondslag van zijn uiting te nemen en algemene gedachten en gevoelens als onwezenlijk en verwerpelijk te bezien. Juist die, door Roland Holst als essentieel ervaren, algemene gedachten en gevoelens kwamen, volgens hem, bij uitstek tot uiting in de monumentale kunst. Bij de aanvaarding van zijn ambt had hij de eis gesteld dat een aparte monumentale afdeling zou worden opgericht. Binnen deze afdeling werd het beleid van Derkinderen op meer praktische wijze voortgezet. Bovendien werden nieuwe vakken ingevoerd zoals: geheugentekenen, vrije compositie en begrip van de architectonische tekening. De grote aandacht die Roland Holst voor de decoratief-monumentale kunst riepen interne spanningen op. Mede door een gebrek aan solidariteit der docenten nam Roland Holst verbitterd ontslag. * 

Na het vertrek van Roland Holst (1933) leidde de afdeling monumentale kunst, met uitzondering van de goed functionerende beeldhouwklasse van de beeldhouwer Bronner, een amechtig bestaan. Toen in 1935 de Duitse kunstenaar Heinrich Campendonck als hoogleraar monumentale kunsten werd aangesteld, leefde deze afdeling weer op. De afdeling Vrije Kunsten was lang zo spraakmakend niet. Na enkele jaren waarin het directoraat werd waargenomen door P.H. van Moerkeren werd eerst in 1939 de hoogleraar vrij schilderen Willem van den Berg (1939-1953) tot directeur benoemd. *  Uiteindelijk kon Van de Berg zich weinig profileren, zo hij dat al gewild had. In de oorlogsjaren waren er problemen van geheel andere aard: hoe kon men de academie zo lang mogelijk open houden zonder speelbal van de politiek te worden. *  Echt eigentijds was de Rijksakademie nooit geweest. Al vanaf het begin prefereerden de hoogleraren doorgaans een stijl die de tand des tijd had doorstaan.

Tijdens De Poorter en Allebé was het impressionisme negatief afgeschilderd. Derkinderen beet zich vast in een negentiende eeuwse, katholieke, Ruskiniaanse manier van denken over de eenheid van kunst en ambacht, en kwam niet toe aan modern industrieel ontwerp. Roland Holst probeerde nog het meest de idealen van de eigen tijd in te brengen in het academisch systeem, maar stond niet open voor ontwikkelingen als het Bauhaus (1919-1933). Zowel Derkinderen als Roland Holst pasten dus, net als De Poorter en Allebé, ideeën toe die stamden uit een vroegere periode, zonder deze aan te passen aan de eisen van de eigen tijd. *  Het naar de natuur werken vormde tot ver in de jaren zeventig het uitgangspunt én het doel van het academisch onderwijs, terwijl in de moderne kunst dat vertrekpunt allang niet meer zaligmakend was. Dit naar de natuur werken betekende in de praktijk tekenen en schilderen naar model, landschap of stilleven. Deze keuze kwam voort uit negentiende-eeuwse kunstopvattingen, maar werd ook ingegeven door de onderwijspraktijk: natuurstudie laat zich klassikaal doceren en controleren. Er is immers een duidelijke norm, die bij de moderne vrije expressie ontbreekt. Deze houding, het zich wat nuffig afzijdig houden van de moderne tendensen met behoud van de eigen traditie, was overigens niet alleen onderwerp van kritiek. De meningen over die eigen traditie wisselden met de jaren. Uit een interview met 25 studenten in 1970 blijkt dat voor veel van hen de studie naar de natuur juist een van de goede kanten van de academie was. * 

De benoeming van de voormalig hoge ambtenaar van het ministerie van Onderwijs, Kunsten en Wetenschappen Nico Vroom betekende in zekere zin de voortzetting van een compromis zoals dat onder Van den Berg eerst gestalte had gekregen. Nu werd als tegenwicht voor de kunsthistoricus Vroom (directeur 1953-1971), Jan Wiegers, de expressionist en medeoprichter van de Groningse beweging 'De Ploeg', tot hoogleraar vrij schilderen benoemd. Als expressionist was hij natuurlijk niet meer modern, maar na het naturalistisch-impressionisme dat de academie had beheerst was dit toch een hele stap vooruit. Wiegers stierf echter al in 1959 en werd opgevolgd door de niet-avantgardistische Otto B. de Kat. *  Vroom zag de academie 'als draagster van een grootse traditie, die ook in de toekomst zal dienen te worden gehandhaafd'. Hij wilde de traditie van Allebé en Roland Holst handhaven, dus in feite de academie in haar negentiende-eeuwse luister herstellen. Vroom zag de academie als de bakermat van de Nederlandse kunst, en als een 'broedmachine' voor jonge kunstenaars. Vroom hield de buitenwereld op ruime afstand van zijn studenten en behandelde hen meer als scholieren dan als jonge volwassenen. Zijn opvatting van talent was beperkt en de deur naar nieuwe experimenten werd door hem stevig op slot gehouden. Hij verzette zich tegen het dogma van de moderne kunst en verviel hierbij tot een academisch, anti-modernistisch dogmatisme, gebaseerd op het traditionele werken naar de natuur.

Intussen bedreigden de hervormingen in het kunstonderwijs de Rijksakademie. In 1968 waren de oude kunstnijverheidsscholen officieel Hbo-instellingen geworden en deze wijzigden hun naam in academie. Deze academies richtten zich op de ontwikkelingen in de moderne vrije kunst. Uitgaande van de principes van het Bauhaus boden zij een breed scala aan vakken, toegepaste en autonome kunsten, aan. Ongeveer gelijktijdig met de vernieuwing van de middelbare kunstopleidingen paste Vroom de opleiding op de Rijksakademie aan waardoor van een duidelijke profilering geen sprake meer was. Hij introduceerde nieuwe theoretische vakken, zoals Frans, Italiaans, heraldiek, cultuurgeschiedenis en sociologie, om aansluiting te vinden bij het wetenschappelijk onderwijs. Er ontstond naar universitair voorbeeld een propedeuse, waardoor de voorbereidende tekencursus 3 jaar ging duren, en voor degenen die wilden doorstuderen, een logejaar. Daarnaast werd nog een avondopleiding opgericht, die ook werd opengesteld voor amateurs. Aan het eind van zijn directoraat werd de afdeling Visuele Communicatie gegrondvest, hetgeen begrepen moet worden als een concessie aan de roep om vermaatschappelijking en de groeiende kritiek van buiten. Uiteindelijk zakte de Rijksakademie weg in een moeras van tegenstrijdigheden: een hogere kunstopleiding met toch een vooropleiding, een instelling voor vrije kunst met een toegepaste kunstafdeling, een professionele kunstopleiding met een cursus voor amateurs, een selecte academie waar rond 1968 zo'n 240 studenten waren ingeschreven!

Verzet tegen Vrooms beleid kwam in 1964 naar buiten, toen studenten gesteund door een aantal hoogleraren, staakten omdat ze weigerden de verplichte toegepaste grafieklessen te volgen. Vroom werd dictatoriaal en ondeskundig genoemd, zijn plannen wanbeleid. De studenten vonden steun bij critici buiten de Rijksakademie. Een hiervan was Ateliers '63, een vernieuwend instituut dat uit losse samenwerking tussen kunstenaars was ontstaan en waar ieder reglement of lesrooster werd vermeden. Kritiek kwam ook van de directeur van het Stedelijk Museum, Willem Sandberg. Hij exposeerde voor het eerst Cobra en abstracte kunst, terwijl Vroom zijn studenten de kennisname van kunst en experimenten in het Stedelijk min of meer verbood. In 1968 bereikte de kritiek een voorlopig hoogtepunt. Aanleiding vormde het rapport Taak en Plaats der Rijksakademie dat in 1964, in opdracht van Vroom, werd geschreven. De aandacht voor de plaats van de student in de samenleving, het behoud van de traditie van de academie, en het objectiverende, op natuurstudie gebaseerde onderwijs, stonden hierin centraal. Voor de integratie in de maatschappij werd een aparte opleiding tot kunstcriticus, kunstbeleidmaker en museummedewerker voorgesteld dat door de Universiteit van Amsterdam van een baccalaureaat zou worden voorzien.

De buitenwereld stortte zich massaal op dit punt uit het rapport. Paul Schotel, directeur van Atelier '63, hekelde het rapport in Vrij Nederland. Het beeld van de Rijksakademie als een quasi-wetenschappelijk, niet-artistiek, instituut zou ermee worden bevestigd, maar bovenal was men bevreesd voor een toenemende overheidsbemoeienis met de kunsten. Zowel kunstenaars, kunstambtenaren als studenten uitten hun kritiek. Na deze storm van kritiek had Vroom de neiging de geïsoleerde positie van de academie te versterken. De kunsthistoricus en -criticus Cor Blok vatte in De Groene (1971) de wereldvreemde houding van de Rijksakademie in die dagen samen. Hij schreef: 'als datgene wat in de gangen en lokalen aan de Stadhouderskade te zien was werkelijk de beeldende vermogens van deze mensen representeert, zijn ze totaal onvoorbereid op wat hen daarbuiten te wachten staat'. Verandering was na dertig jaar traditioneel bestuur dan ook noodzakelijk: de academie was, in de meest negatieve zin van het woord, te academisch geworden. Vrooms' positie werd onhoudbaar en in 1971 nam hij, met een gouden handdruk en een hoogleraarschap in Florence, afscheid als directeur.