De archieven van de Kleine Kapittels en Kloosters hebben vanaf 1795 gedeeld in de lotgevallen van de archieven van de Staten van Utrecht, haar leden en kantoren. Met de bestuurlijke bevoegdheden van de Staten kwam ook deze archieven onder verantwoordelijkheid van de centrale eenheidsstaat, het rijk. De facto bleef het beheer van deze archieven echter berusten bij het departement, c.q. provincie Utrecht. Decennia lang heeft dit beheer sterk te wensen overgelaten. Zo zijn omstreeks 1815 talloze stukken uit deze archieven vernietigd. Ook in de rekeningen van de geestelijke goederen en de rentmeestersadministratie van diverse conventen, in het bijzonder die van de kartuizers en het klooster Mariënburg te Soest, is toen flink huisgehouden. *  Daarnaast leden deze archieven in het eerste kwart van de negentiende eeuw gevoelige verliezen door vervreemding en veiling van grote hoeveelheden stukken. * 

De kloosterarchieven van de Staten werden door provinciaal archivaris P.J. Vermeulen in 1850 gerekend tot de ‘stukken van kerkelijken oorsprong’ bij het Statenarchief, door hem meestal Provinciaal Archief genoemd. *  Vermeulen en na hem ook S. Muller Fz., in de eerste jaren na diens benoeming tot rijksarchivaris in 1879, zagen deze kloosterarchieven niet meer als afzonderlijke archieven maar als onderdeel van het totale Statenarchief. Daarbij hebben zij de stukken uit de diverse archieven verspreid over een aantal hoofdrubrieken als ‘Charters’, ‘Kerkelijke zaken’, of ‘Boekdelen en bundels’ binnen het Provinciaal Archief. De stukken waren alleen nog als verspreide inventarisnummers terug te vinden in de diverse inventarissen van het Provinciaal Archief. * 

Omstreeks 1890 kwam Muller echter tot een geheel andere visie op de ordening en beschrijving van archieven. Op grond van het herkomstbeginsel, dat in 1893 voor het eerst helder door Muller werd geformuleerd (zie hiervóór), heeft hij in de jaren daarna alle archiefstukken van de Statenconventen van het Statenarchief gesepareerd. Tegelijk werden alle bescheiden uit de zogeheten Collectie Phillips, die in 1888 uit Engeland naar Utrecht was teruggekeerd, voor zover afkomstig uit de archieven van de Statenconventen, weer met deze stukken verenigd. Uit hetzelfde jaar 1893 dateert Mullers plan om de kapittelarchieven van de kleine steden van het Nedersticht in één inventaris te beschrijven. Ook alle kloosterarchieven van de Staten van Utrecht werden op zijn aanwijzing globaal per convent geïnventariseerd door J. de Hullu. In 1900 is het manuscript door Muller herzien en de tekst ervan definitief vastgesteld. *  In 1904 heeft S.A. Waller Zeper een uitgebreide regestenlijst van de charters gemaakt. *  Tenslotte zijn in 1905 de inventarissen van al deze klooster- en kapittelarchieven in één doorlopend genummerde inventaris in druk verschenen onder de titel Catalogus van de archieven van de kleine kapittelen en kloosters. * 

Het globale karakter van de inventarisatie van de ‘Kleine Kapittelen en Kloosters’ in 1905, de vele, vaak essentiële latere toevoegingen, zoals de cartularia van het kartuizerklooster Nieuwlicht te Utrecht en het Maria Magdalenaklooster te Wijk bij Duurstede, maakten een gedetailleerde herinventarisatie noodzakelijk. Bovendien waren al in 1963 de in de Catalogus beschreven archivalia betreffende het Duitse Huis overgedragen aan de Balije van de Ridderlijke Duitsche Orde te Utrecht. Voorts zijn sedert 1975 de archieven van de meeste kloosters en van het kapittel van St. Jan Baptist te Wijk bij Duurstede te Wijk bij Duurstede geherïnventariseerd en opnieuw in druk uitgegeven (zie bijlage). De voorliggende (verzamel)inventaris bevat de herinventarisatie van de zes resterende klooster- en kapittelarchieven uit de Catalogus van 1905, onder toevoeging van voorliggende inleiding, van bijlagen met specificaties van akten in van de diverse registers en cartularia en van concordanties op de oude Catalogus-nummering.