De polder is ontstaan in de 15de eeuw. Of de in 1457 door hoogheemraden van Rijnland verleende vergunning aan de bewoners van Leiderdorp om een kade te slaan om de 'polre lants geheten het kerckbon' betrekking heeft op de latere Munnikkenpolder, is niet duidelijk. In 1486 bestond de polder in ieder geval wel. In dat jaar kregen de 'prior van Leiderdorp', waarmee de prior van het Regulierenklooster Engelendaal bedoeld wordt, en de ingelanden 'onder de molen' binnen het ambacht Leiderdorp toestemming een watermolen te plaatsen in een polder van ongeveer 170 morgen. * 

Aanvankelijk stond de polder bekend als de Broederspolder, later werd de naam Munnikkenpolder (of varianten daarop) gebruikelijk. *  Volgens de polderrekeningen uit de jaren 1583-1622 had de polder een belastbare oppervlakte van 180 morgen. In 1623 kwamen hier vijf morgen bij, door toevoeging van land dat via een duiker door de poldermolen bemalen werd. Officieel werd dit land pas in 1656 in de polder opgenomen. *  In 1658 werd de polder vergroot met 24 morgen land die door middel van een grondduiker onder de Blinde wetering op de polder afwaterden. * 

De polder lag in het ambacht (later: de gemeente) Leiderdorp en werd in het zuidoosten begrensd door de Does, in het zuidwesten door de Munnikkenwatering en de Leisloot, in het noordwesten ook door de Leisloot en in het noordoosten door de Dwarswatering. *  Na de Tweede Wereldoorlog veranderde het aanzien van de polder door de aanleg van rijksweg 4A (thans de A4) en door het geheel bebouwen van het ten noordwesten van deze weg gelegen deel van de polder. * 

In het kader van de concentratie van polders binnen het hoogheemraadschap van Rijnland werd de polder op 1 januari 1979 opgeheven en opgenomen in het nieuw gevormde waterschap De Oude Veenen.