In de 16de eeuw ontstonden, naast de reeds bestaande Kortstekerpolder, binnen het ambacht Aarlanderveen twee nieuwe polders. De Noordeinderpolder omvatte het noordwestelijke gedeelte van het ambacht, de Zuideinderpolder het zuidoostelijke gedeelte. Eerstgenoemde polder had een oppervlakte van 750 morgen, laatstgenoemde polder was 1273 morgen groot. * 

Begin 1655 ontvingen dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland een verzoekschrift van schout, ambachtsbewaarders, gezworenen en vier molenmeesters, zowel van de Zuideinderpolder als van de Noordeinderpolder, om beide polders te combineren. Eén van de ondertekenaars van het rekest was Gijsbert Pietersz. Sael, molenmeester van de Zuideinderpolder. Op 3 maart 1655 besloten dijkgraaf en hoogheemraden dat er te Aarlanderveen kerkgebod gedaan zou worden. Tegen dit kerkgebod kwam oppositie van de molenmeesters van de Zuideinderpolder, die zeiden te spreken namens alle gezworenen, de ambachtsbewaarder en de gezamenlijke ingelanden van hun polder. In het daaropvolgende jaar bleek dat de op 5 maart 1655 afgetreden molenmeester Gijsbert Pietersz. Sael eigenmachtig had gehandeld en door geen enkele regent van de Zuideinderpolder werd gesteund. De fusie kwam, met tien jaar vertraging, toch tot stand. Op 2 maart 1666 verschenen de molenmeesters van beide polders voor schout en schepenen van Aarlanderveen en verklaarden hun polders te willen samenvoegen. Over deze samenvoeging waren diverse vergaderingen gehouden. Vooral over de jaarlijkse omslag waren veel meningsverschillen geweest, mede omdat de molen van de Noordeinderpolder veel ouder en aftandser was dan die van de Zuideinderpolder. Toch had men overeenstemming bereikt. Op 5 juni 1666 keurden dijkgraaf en hoogheemraden van Rijnland de samenvoeging goed. * 

De gecombineerde polder, die een oppervlakte van 2023 morgen had, werd in de 18de eeuw aanzienlijk kleiner. Door de sinds 1680 in uitvoering zijnde vervening van het gebied aan weerszijden van de landscheiding tussen Rijnland en Nieuwkoop werden de kaden die de noordoostelijke begrenzing van de polder vormden steeds meer bedreigd. In 1726 braken de kaden door, maar werden weer hersteld. Op 19 en 20 januari 1736 braken de kaden opnieuw door als gevolg van een storm uit het zuidwesten. Hoewel de gaten in de daaropvolgende dagen weer gedicht werden, braken de kaden op 25 januari als gevolg van de aanhoudende zuidwestenwind weer door. Ter bescherming van de huizen van Aarlanderveen en van de landen ten westen van de Aarlanderveensedijk werd als noodvoorziening een kade achter de huizen aan de oostzijde van de Aarlanderveensedijk gelegd. De noodvoorziening werd definitief. De doorgebroken kaden (Heykaden en Bentlanen) werden niet hersteld en de overstroomde en verveende gebieden ten (noord)oosten van de Aarlanderveensedijk zouden geen deel meer uitmaken van de Zuid- en Noordeinderpolder. Na hun droogmaking in het begin van de 19de eeuw behoorden zij tot de Nieuwkoopse Droogmakerij, onderdeel van de latere polder Nieuwkoop. * 

Sinds 1738 besloeg de belastbare oppervlakte van de polder 1640 morgen. Hiervan lagen 1535 morgen ten westen van de Aarlanderveensedijk. Het door de in 1736 gelegde waterkering beschermde gebied ten oosten van deze dijk omvatte 62 morgen en het 'aparte poldertje', ontstaan doordat enkele ingelanden hun niet voor vervening geschikte weilanden ten oosten van de dijk door een buitenkade hadden omringd, besloeg 43 morgen. * 

In 1893 werd het grondgebied van de polder uitgebreid met de niet gereglementeerde Hoef- en Schoutenpolder, gelegen tussen de Aardijk en de Schoutenvaart. Dit 72 hectare grote poldertje loosde reeds lang zijn water door een duiker onder de Aardijk op de Zuid- en Noordeinderpolder. De Hoef- en Schoutenpolder maakte deel uit van de gemeente Ter Aar, zodat de Zuid- en Noordeinderpolder sinds 1893 niet alleen meer onder Aarlanderveen, maar voor een klein deel ook onder Ter Aar lag. Een tweede uitbreiding van de polder vond plaats in 1922, toen het ten oosten van het Aarkanaal gelegen deel van de Kortstekerpolder aan de Zuid- en Noordeinderpolder werd toegevoegd. * 

In het kader van de concentratie van polders binnen het hoogheemraadschap van Rijnland werd de polder op 1 januari 1979 opgeheven en opgenomen in het nieuw gevormde waterschap De Aarlanden.

In het begin van de 19de eeuw was de begrenzing van de polder als volgt: in het zuidwesten de scheidingskade met de Kortstekerpolder, in het noordwesten eerst de Kromme Aar en vervolgens de Aardijk of Zweddeweg, in het noordoosten de ringvaart van de inmiddels tot stand gekomen Nieuwkoopse Droogmakerij, in het oosten en zuidoosten de Ziendeweg en in het zuiden de Oude Rijn, met uitsluiting van enige stukken boezemland ten zuiden van de Lage Rijndijk. Geheel door de Zuid- en Noordeinderpolder omsloten lag - ten zuidwesten van de Aarlanderveensedijk - de Drooggemaakte polder aan de Westzijde te Aarlanderveen en diens uitwatering naar de Rijn. De Drooggemaakte polder werd begrensd door een ringdijk, de uitwatering naar de Rijn door kaden. In 1825 werd een westelijk gedeelte van de Noord- en Zuideinderpolder door het graven van de Nieuwe Vaart afgesneden van de rest van de polder. Het afgesneden deel kreeg de naam Coupépolder en bleef deel uitmaken van de Zuid- en Noordeinderpolder, waarmee het door een grondduiker onder de Nieuwe Vaart verbonden was. * 

Ten zuidwesten van de Aarlanderveensedijk werd de polder verkleind door de totstandkoming van de Veen- en Droogmakerij aan de Westzijde van Aarlanderveen. Op 5 maart 1735 kregen schout en ambachtsbewaarders van Aarlanderveen en poldermeesters van de Zuid- en Noordeinderpolder, die namens alle ingelanden aan hoogheemraden van Rijnland hadden verzocht om 605 morgen land ten (zuid)westen van de Aarlanderveensedijk te mogen slagturven de gevraagde vergunning. Hoewel deze veenderij een afzonderlijke directie kreeg, bestaande uit de schout en ambachtsbewaarders van Aarlanderveen en de poldermeesters van de Zuid- en Noordeinderpolder die daartoe door de heer van Aarlanderveen zouden worden gekozen, bleef de veenderij formeel deel uitmaken van de Zuid- en Noordeinderpolder. *  Nadat hoogheemraden van Rijnland - na eerdere verlenging met 20 jaar - op 3 januari 1785 de termijn van natvening nog met één jaar verlengd hadden, moest na 5 maart 1786 de droogmaking van de veenderij beginnen. De bemalen gronden in de Veen- en Droogmakerij werden gescheiden van de boezem van Zuid- en Noordeinderpolder. Ook kreeg de Veen- en Droogmakerij vrijstelling van lasten van de polder. In 1788 werd de Veen- en Droogmakerij ook bestuurlijk geheel van de Zuid- en Noordeinderpolder gescheiden. *