De hierna beschreven collectie stukken bestaat feitelijk uit twee verschillende componenten, de stukken verkregen door Margaretha van Hogendorp, weduwe van Adriaan van der Goes, en die verkregen door haar zuster Maria van Hogendorp, weduwe van Leonard de Bodt. Beide zusters woonden aan het einde van de 18e eeuw samen in Den Haag en na hun dood is het archief blijkbaar terecht gekomen bij de Statie van St. Jacobus in Den Haag. De aangetroffen stukken zijn deels een aanvulling op de bij het Nationaal Archief in Den Haag en het Gemeentearchief in Delft berustende archieven van de familie Van der Goes. In de 19e eeuw werden deze stukken samen met het eveneens bij genoemde Statie / Parochie berustende archief Van Matenesse overgedragen aan het R.K. Bisdom in Haarlem. Bij het aanwijzen van de bewaarplaats van het Rijksarchief in Noord-Holland tot bewaarplaats van genoemd bisdom werden de stukken betreffende de familie Van der Goes en aanverwanten aan genoemde instelling overgedragen.

Aan het einde van de 19e eeuw bracht de toenmalige archivaris van het bisdom C.J. Gonnet (overigens was hij tevens rijks- en provinciale archivaris in Noord-Holland) een globale ordening aan. Sommige stukken beschreef hij afzonderlijk, andere voorzag hij slechts van een trefwoord; deze laatste stukken werden veelal bijeen gehouden doordat er een draad doorheen werd gehaald. Op deze manier maakte hij in feite 'moderne' liassen. Bij deze globale inventarisatie trof hij enkele pakken brieven aan, in de 17e eeuw gewisseld tussen de broers Adriaan en Willem van der Goes. Deze werden door hem bewerkt en in druk uitgegeven (zie inv.nrs. 17-18 en 157-158).
In de jaren vijftig van de 20e eeuw trof de toenmalige archivaris Verhoofstad de door Gonnet globaal beschreven collectie aan. In het kader van de algemene inventarisatie van alle archieven en collecties van het bisdom werden door hem ook de familiearchieven beschreven. Hij maakte nieuwe beschrijvingen en vormde deze om tot een inventaris. De door Gonnet aangebrachte voorlopige ordening werd door hem vrijwel ongewijzigd overgenomen. Aan het archief werden door hem tevens de relevante aantekeningen van Gonnet toegevoegd en in een later stadium nog enkele losse stukken die blijkbaar afgedwaald waren. In 1985 werd nog een boekje toegevoegd dat betrekking had op een tentoonstelling waar een stuk uit dit archief tentoongesteld werd.

In 2001 bleek dat de charters uit dit archief zeer slecht geborgen waren en gevaar liepen onherstelbaar beschadigd te worden. Dit leidde er toe dat alle charters uit het archief opnieuw verpakt en op karton opgezet werden en zoveel mogelijk apart verpakt. Hiertoe werden ook de door Gonnet gemaakte liassen verbroken. Aangezien een en ander vergaande gevolgen had voor de ordening van de stukken werd gekozen voor een globale nieuwe beschrijving. Hierbij werd zoveel mogelijk de oude orde hersteld. In een aantal gevallen bleek dit niet goed mogelijk zonder uitgebreid onderzoek. Hiervoor werd om praktische redenen niet gekozen. De stukken die niet bij een der familieleden geplaatst konden worden zijn in twee aparte rubrieken bijeen gevoegd, een voor de archiefstukken, een andere voor het beeldmateriaal. Ook de door de archivarissen van het bisdom toegevoegde stukken zijn in het archief gelaten. Het leek niet nuttig ze alsnog toe te voegen aan het archief van het R.K. Bisdom Haarlem, waartoe ze formeel behoren. Deze stukken werden ook apart beschreven, in een rubriek 'verzamelde stukken'.
Teneinde stukken die eerder reeds werden geraadpleegd door bezoekers ook in de nieuwe ordening weer terug te kunnen vinden is een concordans gemaakt, waarin achter de oude nummering de nieuwe nummering is opgenomen.