De organisatorische hoofdstructuur van de gemeente bleef in grote lijnen ongewijzigd: de kerkenraad, het college van diakenen (diaconie) en het college van kerkvoogden en notabelen (kerkvoogdij) bleven de belangrijkste organen van de kerkelijke gemeente. De Hervormde gemeente was gesplitst in twee wijkgemeenten. Wijk 1 omvatte het dorp Amerongen. Deze wijkgemeente was gematigd orthodox (confessioneel), met, vanaf het eind van de 20e eeuw een meer open karakter. Wijk 2 omvatte het buurtschap Overberg. Deze wijkgemeente was orthodoxer van aard. Beide wijken waren, hoewel samen de Hervormde Amerongen gemeente vormend, eigenstandig met ieder een eigen(hulp) predikant, wijkkerkenraad, diaconie en kerkvoogdij, zij het dat de Overbergse diaconie en kerkvoogdij onder supervisie stonden van die van Amerongen. Op centraal niveau werd het beleid gecoördineerd door de algemene kerkenraad, gevormd door vertegenwoordigers van beide wijkkerkenraden.

In de periode 1964-2004 vonden er veel ontwikkelingen en veranderingen plaats, zowel maatschappelijk als op het kerkelijk erf. Natuurlijk hadden deze ook hun invloed op de gang van zaken in Hervormd Amerongen maar het voert in dit verband te ver om hier in detail op in te gaan. Twee zaken dienen echter wel vermeld te worden. Allereerst de restauratie van de monumentale Andrieskerk. Deze voltrok zich in verschillende fasen en strekte zich over vele jaren uit. Het semi- permanente project drukte, zowel in financieel opzicht als wat de benodigde inzet betreft een zwaar stempel op de Hervormde gemeente. In de tweede plaats moet de samenwerking met de Gereformeerde kerk te Amerongen worden genoemd. Vanaf begin jaren zeventig in de vorige eeuw kwamen de kerkenraden van beide gemeenten met enige regelmaat in vergadering bijeen. Ook het kerkelijk jeugdwerk werd gezamenlijk georganiseerd. In de jaren tachtig kwam het “ Samen-op-weg” proces op gang, waarbij de twee grootste landelijke protestantse kerken aankoersten op hereniging, Hierdoor werd ook de plaatselijke samenwerking intensiever. In 2004 gingen beide Amerongse kerken op in de Protestantse kerk in Nederland (PKN). Tot een samengaan op lokaal niveau kwam het echter tot nu toe niet, hoewel er nauw met elkaar wordt samengewerkt.