In het laatste kwart van de negentiende eeuw ontwikkelde de landbouw in Nederland zich snel, met als gevolg dat het geldverkeer op het platteland sterk toe nam. Voor bedrijfskredieten moesten boeren nog vaak een beroep doen op handelaren met als onderpand bijvoorbeeld hun oogst. Vaak werd voor dergelijke kredieten een hoge rente gevraagd en ontstond er een zekere afhankelijkheid tussen boeren en hun kredietgevers. In Duitsland, waar dezelfde problematiek als in Nederland was, werd door Friedrich Wilhelm Raiffeisen het concept van de boerenleenbank ontwikkeld. Hij richtte een onderlinge kredietvereniging op waarin de op het platteland beschikbare geldmiddelen werden ondergebracht en vervolgens tegen een gunstig tarief aan boeren werd uitgeleend. In 1864 richtte hij de eerste boerenleenbank op.

Na een landbouwcrisis en voor de boer verscherpte internationale concurrentie, werd op initiatief van Jhr. Ridder van der Schueren in 1896 de Nederlandse Boerenbond (NBB) opgericht, bijna direct gevolgd door een aantal dochterorganisaties. Het landbouwkredietwezen werd een van de eerste prioriteiten van deze organisaties. Katholieke geestelijken hadden hier een voortrekkersrol in. Boven de grote rivieren, waar de katholieke geestelijkheid een veel bescheidener rol speelde namen plaatselijke notabelen de rol van initiatiefnemers voor hun rekening.
In 1898 werd op initiatief van de NBB een Centrale Bank opgericht die als centrale kas moest gaan fungeren voor de plaatselijke banken. Deze bank kreeg de naam Coöperatieve Centrale Raiffeisen-Bank en was gevestigd te Utrecht. Meningsverschillen en persoonlijke tegenstellingen hadden tot gevolg dat nog in datzelfde jaar in Eindhoven de Coöperatieve Centrale Boerenleenbank werd opgericht. De Utrechtse organisatie maakte zich nog in 1898 formeel los van de NCB en ontwikkelde tot een neutrale instelling.

In Schalkwijk werd in 1900 een boerenleenbank opgericht en in Houten in 1906.
In Wijk bij Duurstede waren het voornamelijk agrariërs die in 1906 het initiatief namen om tot oprichting van een boerenleenbank te komen. Evenals in Amerongen in 1912. Verder behoorden tot de initiatiefnemers twee tabaksplanters die vanwege hun betrokkenheid bij de Coöperatieve Tabaksplantersvereniging belang hadden bij de oprichting van de bank.
In Cothen was het in 1925 de burgemeester die gezamenlijk met enkele landbouwers en een verzekeringsagent het initiatief nam tot oprichting van een boerenleenbank.
Alle vier de banken hadden tot doel de landbouw te verbeteren door aan haar leden voor een zo laag mogelijke rente geld te lenen en veilig geld te beleggen. Dat laatste was ook aan niet-leden toegestaan en was van essentieel belang om de benodigde gelden bij elkaar te krijgen. Het spaarbank-gedeelte van de bank nam dan ook al snel een belangrijke plaats in.
Van het begin af aan waren er bij de Boerenleenbanken leden van het Bestuur en van de Raad van Toezicht betrokken. Het feitelijke werk werd echter lang door één persoon, de kassier, gedaan. Meestal in zijn eigen woonhuis en vaak ook met hulp van zijn vrouw. Het kassierschap was een bijbaantje dat vaak niet veel opleverde. Pas aan het eind van de jaren vijftig werd bij alle vier de banken het kassierschap een fulltime baan.

De groei van de lokale boerenleenbanken was vooral te danken aan de hechte verankering die zij hadden in de lokale bevolking. Zij hadden de beschikking over waardevolle "informele" kennis waardoor zij minder risico liepen dan kredietverleners uit de stad. Daarbij kwam dat zij nauwelijks kosten hoefden te maken vanwege het onbezoldigde werk dat uitgevoerd werd door het bestuur en de Raad van Toezicht. Vanwege de lage kosten waren de boerenleenbanken dan ook in staat uiterst concurrerend te opereren. Het ledenaantal van de drie banken steeg gestaag, het aantal spaarders eveneens zodat de meeste aangevraagde kredieten konden worden gehonoreerd.

In de naoorlogse periode, vooral in de jaren zestig en zeventig, volgden de ontwikkelingen elkaar in een snel tempo op. De grote economische groei, met een tijdelijke dip in de jaren zeventig als gevolg van de oliecrisis, maakten het noodzakelijk dat er vanuit de banken steeds meer diensten werden aangeboden. Het gevolg daarvan was dat ook de lokale banken gespecialiseerd personeel moest aantrekken met kennis van verzekeringen, automatiseren, reizen, allerlei spaarvormen, beleggen, enz.
In 1965 veranderde de bank van Cothen haar naam van Boerenleenbank in Raiffeisenbank evenals de bank van Amerongen. Beide banken deden dit omdat zij van mening waren dat de bank teveel het imago had alleen een bank te zijn voor de agrarische sector. De naamsverandering diende tevens om zich duidelijker te onderscheiden van de bij de Eindhoven aangesloten boerenleenbanken. De concurrentie tussen de bij de Utrechtse Centrale Bank aangesloten banken en de bij de Eindhovense Centrale Bank aangesloten banken werd op lokaal niveau steeds scherper.
Het bank houden in een zijkamertje van het woonhuis van de kassier, zoals dat nog tot eind jaren vijftig gebeurde, moest wijken voor nieuwe bankgebouwen waarvan in eerste instantie nog de bovenverdieping dienst deed als woning van de kassier en zijn gezin. In de jaren zestig werd de naam kassier vervangen door directeur. De positie van directeur had toegenomen aan gewicht. Van hem werd verwacht dat hij naast leiding geven aan de bank ook meedacht met het bestuur en de Raad van Toezicht.
Grotere bankgebouwen, met geldautomaten, aparte balies voor particulieren en voor bedrijven, vergaderkamers en kantoren voor steeds meer personeel kenmerken de jaren tachtig en negentig.

Na de fusie tussen de twee Centrale Banken in 1972 was ook voor de lokale banken het tijdperk aangebroken om meer samen te werken of met elkaar te fuseren. De voordelen hiervan waren gezamenlijke publiciteit, kostenbesparing door schaalvergroting en een betere dienstverlening doordat het mogelijk werd meer gespecialiseerd personeel aan te trekken. Tussen de bank in Wijk bij Duurstede en de bank in Cothen zijn diverse besprekingen geweest om af te tasten of een fusie mogelijk was. De bank in Cothen heeft hiervoor altijd de boot afgehouden. Zij voelde hier met name niet voor omdat de financiële positie van de bank erg goed was, in tegenstelling tot die van de bank in Wijk bij Duurstede. Pas in 1993 was het zover en vond de fusie plaats tussen de banken in Wijk bij Duurstede, Cothen en Amerongen tot de Rabobank Rijn en Heuvelrug. * 
De Coöperatieve Rabobank Schalkwijk werd als zelfstandige bank in 1996 opgeheven toen het met de Rabobank Houten-Odijk-Werkhoven fuseerde tot de Rabobank Kromme Rijnstreek. * 
In 2005 fuseerde het Heuvelruggedeelte (Leersum, Amerongen en Elst) van de Rabobank Rijn en Heuvelrug met de Rabobank Utrechtse Heuvelrug en het Rijngedeelte (Wijk bij Duurstede, Cothen en Langbroek) met de Rabobank Kromme Rijn. De bedoeling was een duidelijker verdeling in markt- en werkgebieden te creëren met twee banken: één op de Heuvelrug en één in het Kromme Rijngebied.