Volgens een akte uit 1381 stond er in de 14e eeuw in Driebergen al een kapel in Driebergen. *  Na de Reformatie, die in het Krommerijngebied langzaam op gang kwam, kon de kapel enkele decennia lang niet gebruikt worden omdat hij tijdens de Opstand was verwoest. Driebergen werd toen tot aan het midden van de 17e eeuw bij toerbeurt bediend vanuit de plaatsen Odijk, Werkhoven, Doorn en Nederlangbroek. Toen in 1651 door ziekte van de aan de beurt zijnde predikant Driebergen weer eens van bediening verstoken bleef, schreven de ingezetenen van Driebergen een brief aan de classis van Rhenen-Wijk om een eigen predikant te mogen beroepen. De classis richtte op haar beurt een verzoek aan de Staten van Utrecht om een predikant aan te mogen wijzen voor Driebergen. Ze voerde als motivatie onder andere aan: de toename van het aantal gelovigen in de gereformeerde religie, de slechte toestand van de wegen in de wintermaanden waardoor de predikanten uit de omliggende plaatsen verhinderd waren om naar Driebergen te komen en het gevaar van de omlopende papen voor de inwoners van Driebergen die door de gebrekkige prediking van Gods woord maar al te gevoelig waren voor de wervingskracht van de roomse missionarissen. De Staten willigden het verzoek in. Eind 1651 volgde de beroeping van de eerste predikant naar Driebergen, ds. Adriaan Hessels. In maart 1652 werd de eerste diaken aangesteld: Adriaan Dircksz. van Reumst, geërfde te Driebergen. Hij diende zorg te dragen voor de armenpenningen. In hetzelfde jaar drongen de geërfden van Driebergen er bij de classis op aan zo spoedig mogelijk een kerkenraad in te stellen. Vooralsnog gebeurde dit niet, want het duurde tot eind 1668 voordat de installatie van de kerkenraad een feit was. Begin 1669 werd ouderling Hendrick Cornelissen Haerman afgevaardigd naar de classicale vergadering van Rhenen-Wijk.

Tot 1816 heette de kerk de Nederduits Gereformeerde Kerk. In dat jaar werd het door koning Willem I ingevoerde Algemeen Reglement voor de Hervormde Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden van kracht waarbij er een nieuwe kerkorde kwam. De naam van de kerk wijzigde in Nederlandse Hervormde Kerk.

De organisatie van de Hervormde gemeente in Driebergen bestond toen al uit drie colleges: de kerkenraad, de kerkvoogdij en het college van diakenen. Een kerkenraad zorgt voor de geestelijke belangen van de gemeente en is verantwoordelijk voor het bestuur. Een kerkenraad bepaalt eveneens het beleid, ziet erop toe dat het beleid wordt uitgevoerd en het houdt zich bezig met de dagelijkse, meer uitvoerende taken zoals het benoemen van predikanten, ouderlingen en diakenen, het administreren van lidmaten, het verzorgen van kerkdiensten, het verrichten van pastoraal werk, het handhaven van orde en tucht en de verzorging van de armen. Een kerkvoogdij is er voor de stoffelijke zaken. Kerkvoogden zorgen voor de geldelijke middelen die nodig zijn voor de instandhouding van de eredienst. Ook beheren zij het kerkgebouw en de pastorie en dragen ze zorg voor de goede orde tijdens de kerkdiensten. In goed overleg benoemen zij de collectanten, kosters en organisten. Tenslotte dragen ze zorg voor zowel de financiële administratie als de ledenadministratie van de gemeente. Het derde college is het college van diakenen. Dit college heeft een dienende taak. Het belangrijkste doel is de zorg voor de zwakkeren in de samenleving. Middelen die ze heeft, komen voort uit gaven van gemeenteleden in de eredienst, particuliere giften en deels uit eigen vermogen. Het diaconale werk is een taak van de hele gemeente. Naast deze colleges zijn er de notabelen, die voornamelijk een adviserende rol hebben. De notabelen worden door de kerkvoogden gekozen. Al in 1743 is er in Driebergen melding van een kerkmeester. Een kerkmeester is een leek die instond voor het dagelijkse financiële beheer van de kerk en de dagelijkse zorg van de kerkgebouwen alles wat daartoe behoort, binnen de parochie.

In 1931 vond decentralisatie plaats met de start van de Hervormde gemeente wijk I. Tijdens de oorlogsjaren 1940-1945 kwam een tweede predikantsplaats tot stand. Een wijkgemeente heeft een eigen kerkenraad met een predikant, ouderlingen, kerkvoogden en diakenen.

De diensten van wijk II werden aanvankelijk in het "Haagje" gehouden, maar later werd een grotere ruimte gezocht en gevonden in het Groene Kruisgebouw aan de Loolaan. In 1981 is dit gebouw, dat toen de Opstandingskapel genoemd werd, aangekocht door de burgerlijke gemeente om daar woningen te laten bouwen. In de eerste jaren na de oorlog werd nog een derde ruimte in gebruik genomen waar diensten gehouden worden, en wel in het gebouw Hebron, aan het Vollenhovepark. Toen tenslotte in 1960 een derde predikantsplaats tot stand kwam, werden er plannen gemaakt om een nieuwe kapel te bouwen. Hiertoe is grond aan de Melvill van Carnbeelaan gekocht waar in 1962 de Morgensterkapel werd gebouwd. Deze verving de min of meer voorlopige ruimte Hebron.

Na de Tweede Wereldoorlog nam het aantal leden van de gemeente toe dankzij de bevolkingsgroei. In 1955 telde de kerk 6062 lidmaten, in 1960 6079. In de jaren zeventig nam dat aantal weer af: 5112 in 1979 en in 1996 zelfs 4097.

Zoals elders in de naoorlogse jaren ondervond de kerk de invloed van een aantal ingrijpende sociale en culturele veranderingen zoals democratisering, ontkerkelijking, uitbreiding van communicatie- en informatiemogelijkheden. Met veel inzet vonden er gemeenteactiviteiten plaats op het gebied van jeugdwerk, gezinsverzorging en bejaardenwerk. Door al die activiteiten was er behoefte aan nieuwe verenigingsgebouwen; nieuwe kerkelijke centra zoals 't Hoge Licht aan de Klaproos en Nieuw Salem aan de Lei.

In de jaren zeventig ging veel aandacht uit naar het vormingswerk. Een nieuw thema, eind jaren zeventig, begin jaren tachtig, was de vredesproblematiek. Een bijzonder initiatief ondernam ds. P. de Vries die de grondlegger is van de Interkerkelijke Reisorganisatie die uitgroeide tot een organisatie die reizen met een christelijke grondslag over de hele wereld organiseert. Ook aan oecumenische samenwerking werd veel gedaan. Er werd toenadering tot verschillende gezindten gezocht. In de jaren tachtig kwam het Samen-op-weg-proces op gang waarbij de twee grootste landelijke protestantse kerken, de Hervormde Kerk en de Gereformeerde Kerk aankoersten op hereniging. De kerkenraden van beide gemeenten kwamen in Driebergen regelmatig in vergadering bijeen. In 2006 besloten de kerkenraden van de Hervormde gemeente te Driebergen en de Gereformeerde kerk van Driebergen met ingang van 1 januari 2007 zich te verenigen tot de Protestantse Gemeente te Driebergen.