In 1841 werd de in 1695 ontstane katholieke statie Cothen-Werkhoven gesplitst en kwam er een zelfstandige parochie Cothen (en Werkhoven). Die parochie werd in 1855 onder de bescherming van de Heilige Petrus en Paulus geplaatst. (Overigens dateert de vroegst bekende vermelding van een parochie Cothen uit 1302 terwijl Cothen zelf in 1126 wordt genoemd.) * 
In 1581 werden in de provincie Utrecht alle katholieke godsdienstige bijeenkomsten verboden. In dat zelfde jaar verdween de parochie Cothen en gingen de Cothense katholieken 'ondergronds'. Hun eeuwenoude aan de Heilige Agnes gewijde kerk aan de Brink kwam in handen van de gereformeerden, is daar gebleven en behoort momenteel aan de Protestante Gemeente Cothen.
In sommige plaatsen hing de pastoor zijn toga aan de wilgen en ging zijn parochie voor in de nieuwe religie. Een voorbeeld daarvan is pastoor, later predikant, Johannes Antoniszoon van Bemmel in Nederlangbroek. In andere plaatsen bleef de pastoor op z'n post en pleegde obstructie. De Cothense pastoor Johan Gerritse-tot circa 1608-is daarvan een goed voorbeeld. Daarnaast maakten de kasteelheren van Weerdesteijn en Groenestein in Langbroek het mogelijk dat aldaar missen werden opgedragen. Dit gold ook voor Rhijnestein in Cothen. Ook kwamen er priesters van buiten, missionarissen, die in het gebied rondtrokken en in het geheim missen opdroegen. De hervormingsbewegingen verloren na verloop van enige decennia vaart. Zo konden de paters van de Jezuïeten dan ook in 1630 een statie in Wijk bij Duurstede openen en rond 1655 ook één in Langbroek (Huize Molenstein). Die laatste statie omvatte naast Langbroek ook Doorn, Cothen, Dwarsdijk en Werkhoven.

Toen in 1695 de rooms katholieke statie Cothen, Werkhoven en Langbroek werd opgericht, kwamen de Cothense katholieken weer 'bovengronds'. Zowel in Cothen als in Werkhoven kwam een kerkje. Samen hadden ze één pastoor die in Werkhoven woonde en aldaar ook de gemeenschappelijke kerkregisters onder zijn hoede had. Het Cothense kerkje was gevestigd in een boerenschuur op de hoek van de huidige Kerkweg en de Hinkerstraat. Die schuur werd in 1838 vervangen door een echte kerk. De bekroning voor de enige jaren later zelfstandig geworden parochie was de inwijding in 1906 van de Petrus- en Pauluskerk aan de Kerkweg. Voor die kerk hadden de parochianen vijftig jaar gespaard. De oude kerk werd parochiehuis, kleuterschool en is in 1967 afgebroken. Het bij die kerk gelegen kerkhof is tot 1978 in gebruik gebleven. Het is in dat jaar, met de komst van een nieuwe begraafplaats aan de Groenewoudseweg in Cothen, gesloten.

Tot de parochie Cothen behoren ook de katholieken van het gehucht Dwarsdijk. Die laatste vielen echter al vanaf de middeleeuwen onder de parochie Werkhoven en kwamen in 1841 bij de nieuwe parochie Cothen. Dwarsdijk had tot 1581 een eigen, mogelijk aan het Heilig Sacrament gewijde, kapel (op de hoek van de Dwarsdijk en de Kapelleweg). Tot de samenvoeging met de gemeente Cothen in 1811 was Dwarsdijk bestuurlijk zelfstandig. *  Overigens was de parochie in het recente verleden groter. In 1846 werd de parochie uitgebreid met Maarn (tot 1926), Doorn (tot 1926), Nederlangbroek en Hardenbroek (tot 1953).