De gemeente Maarn is voortgekomen uit de oude marktgemeenschappen van Manderen en Mersebergen. Deze waren tiendplichtig aan het Domkapittel van Utrecht. *  Het plaatselijk belang werd behartigd door buurmeesters, twee voor Maarn en twee voor Maarsbergen. Voor de rechtspraak was men afhankelijk van de schout van Leusden, die voor de volontaire rechtspraak samenwerkte met de buurmeesters.

Maarsbergen was gelegen in het proosdijgoed van de Norbertijner-abdij van Berne (bij Heusden). De eigenaar had het recht van benoeming van de buurmeesters. Na de confiscatie van het goed door de Staten van Utrecht in 1648 werd het in 1656 verkocht aan S. de Marez, die ook in Maarn goederen bezat. In 1676 kreeg hij toestemming om personele en reële ongelden in te vorderen. De buurmeesters en schout van Maarn en Maarsbergen, in deze tijd nog steeds twee afzonderlijke bestuurlijke eenheden, werden nu door één persoon aangesteld. Margaretha de Marez-Trip wist bovendien in 1710 en 1714 het recht tot benoeming van een secretaris en het recht op de dagelijkse rechtspraak te verwerven, waardoor een ambachtsheerlijkheid ontstond. In 1765 werd deze heerlijkheid, in feite bestaande uit een complex van rechten, verkocht, maar zonder het bijbehorende grondbezit en landgoed. Het kasteel van Maarsbergen werd in 1804 aangekocht door mr. J.A. du Bois, die in 1810 ook de heerlijke rechten wist te verwerven. * 

Nadat de heerlijkheid in 1798 was opgeheven werden de gerechten Maarn en Maarsbergen samengevoegd met Doorn. In 1801 werd de oude toestand echter weer min of meer hersteld. Wel wijzigde de bestuursvorm. Had men vroeger een schout en een gerechtssecretaris, nu werd het een gecombineerde functie, welke werd vervuld door W.A. Abbema uit Woudenberg. * 

In 1811 moest Abbema, die daarvoor al tussen 1785 en 1798 schout was geweest, een stapje terug doen: J.A. du Bois werd benoemd tot maire, terwijl Abbema adjunct-maire werd. *  Nog in hetzelfde jaar werd een keizerlijk decreet uitgevaardigd, waarbij Maarn met ingang van 1812 opnieuw werd samengevoegd met Doorn. Bij koninklijk besluit van 1 november 1815 werd Maarn een zelfstandige gemeente. *  Van een daadwerkelijk functioneren als gemeente is tot en met 1817 echter geen spoor aangetroffen, noch in het gemeentearchief van Maarn, noch in dat van Doorn.

Vergaderingen van het gerecht en later van de gemeenteraad vonden plaats in het oude rechthuistevens herberg en boerderij PlattenbergEen uitzondering vormde de periode 1825-1834, toen ten huize van de burgemeester te Maarsbergen werd vergaderd. In 1861 werd het oude rechthuis gesloopt door de eigenaar, baron G.C.C.J. van Lyndenvan Sandenburg, die op het terrein een landhuis liet bouwen. De raadsvergaderingen vonden daarna plaats in Doorn, tot in 1905 ruimte werd gehuurd in het nabij het landhuis verrezen café Klein-Plattenberg *  In 1925 werd hiertoe het nieuwe gemeentehuis in gebruik genomen.

De secretarie van Maarn was gevestigd te Doorn, totdat per 1 januari 1924 ruimte werd gehuurd in café Klein-Plattenberg. Ook de secretarie verhuisde uiteraard in 1925 naar het nieuw gebouwde gemeentehuis.

De band met Doorn werd nog strakker in 1850, toen Doorn en Maarn in personele unie dezelfde burgemeester kregen. Deze situatie werd gehandhaafd tot de benoeming van burgemeester Everwijn Lange in 1924.

Maarn en Maarsbergen lijken een rustige geschiedenis te hebben gekend. Bekend is alleen de overlast van ingekwartierde Hollandse en Engelse troepen in de periode 1585-1590 en van Duitse troepen in 1787. Daarnaast heeft de aanwezigheid van de spoorweg tweemaal voor enige onrust gezorgd, namelijk eenmaal met een staking in de zandgraverij (1889) en eenmaal bij de spoorwegstaking van 1903. * 

De dorpen lijken lang een tamelijk geïsoleerd bestaan te hebben gekend. Tot ver in de negentiende eeuw was het verharde wegennet in deze contreien gebrekkig. In 1835 werd de weg tussen Maarn en Doorn opgenomen in het provinciale wegenplan en opnieuw aangelegd. Hij werd echter pas in 1852 voorzien van een grinddek en in 1925 geteerd. In 1846 werd de Maarnse Grindweg aangelegd, op initiatief van de heer van Maarsbergenmr. J.A. du BoisEen tolweg van Woudenberg via Maarsbergen naar Leersum werd in 1848 aangelegd. * 

Van belang voor de geschiedenis van Maarn is natuurlijk de aanleg van de spoorlijnUtrecht-Arnhem tussen 1843 en 1845. Deze veroorzaakte een toestroom van zo'n 300 grondwerkers naar Maarn, wat aanleiding was tot het ontstaan van Klein-Amsterdam. Maarsbergen kreeg al in 1843 een stationDe aanwezigheid van de spoorlijn zelf leidde eerst in de jaren '30 van deze eeuw tot een groei van het aantal forenzen in de gemeente. * 

In 1901 werd een rangeerterrein aangelegd op de plaats waar de Maarnse Berg was afgegegraven. In 1910 werd station Maarn, dat al sinds 1892 bestond als goederenstation, geopend voor personenvervoer. Toen in 1924 daarnaast een wagenwerkplaats voor de spoorwegen werd gebouwd achtte men de tijd rijp voor de bouw van een woonwijk voor spoorwegpersoneel. Met de bouw van Tuindorp door woningbouwvereniging Maarn in 1923-1924 vond in Maarn de eerste komvorming plaats. * 

Voorzieningen als een arts, winkels, kerken, een school en een begraafplaats heeft de gemeente lang moeten missen. Begravingen geschiedden tot 1872 te Doorn of Woudenberg, waar men ook naar de kerk ging. In 1884 werd de Nederlands-Hervormde kerk te Maarsbergen in gebruik genomen, in 1915 de Hervormde kapel en in 1923 de Gereformeerde kerk te Maarn. De armenzorg was lang in handen van de diaconie van Doorn. Eerst in het gemeenteverslag van 1898 wordt melding gemaakt van bedeling door de gemeente, echter naast de bedeling door de diaconie. De eerste school, te Maarsbergen, werd geopend in 1862, in Maarn werden in 1921 en 1924 een christelijke en een openbare school gesticht. * 
De inwoners van Maarn en Maarsbergen leefden in de vorige eeuwen, veelal onder armoedige omstandigheden, van landbouw en veeteelt, vooral schapenhouderij. De toestroom van Amsterdammers als gevolg van de aanleg van de spoorlijn en het werk in de zandafgraving bracht wel veranderingen, maar het duurde tot 1919 eer de eerste winkel zijn deuren opende. *  Industrie was er niet, met uitzondering van een tijdens de eerste wereldoorlog gestichte houtskoolfabriek, die overigens voor veel stankoverlast zorgde en begin jaren '20 weer werd opgeheven. *  Daarnaast bestond er uiteraard de grote zandafgraving van de spoorwegen.

Aan het begin van de vorige eeuw bestond het grondgebied van de gemeente voor 60 % uit heide. De inwoners maakten gratis gebruik van deze gronden voor bijvoorbeeld het steken van plaggen. In Maarn werden de onverdeelde heidegronden, voortgekomen uit de oude markegemeenschap, bij de invoering van het kadaster op naam van het rijk gesteld. De gemeente kocht deze grond in 1847 en stelde vervolgens een reglement op voor het gebruik van deze zogenaamde Gemeenteheide. Niettemin werd het gebied aangetast door verkoop en uitgifte in erfpacht van gedeelten ervan en door woningbouw. In 1925 werd het reglement buiten werking gesteld en het steken van plaggen verboden. * 

In Maarsbergen beschouwden de heren van Maarsbergen zich sinds het verloren gaan van de oude markeverhoudingen als eigenaar van de gemeenschappelijke heide. In 1804 ontstond hierover een conflict tussen J.A. du Bois, heer van Maarsbergen, en de ingelanden. In 1809 leidde dit tot het ontstaan van de Geassocieerde Eigenaars van de onverdeelde heidegronden onder Maarsbergen, waarmee de ingelanden hun rechten en belangen beter hoopten te beschermen. Een rechtszaak over het eigendomsrecht, aangespannen door J.A. du Bois, eindigde in zijn nadeel: hij werd niet-ontvankelijk verklaard in zijn eis, omdat de koopakte van het goed in 1804 niet het uitsluitend eigendomsrecht op de heide bewees. In 1882 stelde jhr. K.A. Godin de Beaufort, die inmiddels heer van Maarsbergen was geworden, zijn mede-ingelanden voor de gemene heide onderling te verdelen. De weerstand van een minderheid van de ingelanden mondde uit in de rechterlijke beslissing in 1886: de grond werd verdeeld. Het heideveld is vervolgens geleidelijk veranderd in grasland en bosgebied. *