Tussen de jaren 1998-2008 vindt de bewerking van het archief van de jaren 1949-2005 plaats teneinde aan de wettelijke normen van “goede, geordende en toegankelijke staat” te voldoen die voorschrijven dat overheidsarchieven die ouder zijn dan 20 jaar ontdaan zijn van de te vernietigen stukken en zijn voorzien van een beschrijvende inventaris.

De inventarisatie wordt in drie fases bewerkt. In de jaren 1998-1999 maakt de heer
H. de Visser van periode 1949-1960 in het kader van een opdracht voor de opleiding VVA en vanuit het Streekarchivariaat Kromme Rijngebied-Utrechtse Heuvelrug begeleid, een beschrijvende inventaris. Voor 1949 wordt gekozen omdat dat jaar het dossierstelsel wordt ingevoerd en omdat het aansluit op de inventarisatie tot 1949. 1960 is een willekeurig jaartal. Tienjarenblokken zijn er niet. Het maken van de inventaris is tevens een soort vooropdracht met als doel het archief beter te leren kennen en later een goede bijdrage te kunnen leveren aan verdere bewerking van het semi-statisch archief.

De gemeente Driebergen-Rijsenburg is inmiddels in 1996 tot de Gemeenschappelijke Regeling Streekarchivariaat Kromme-Rijngebied-Utrechtse Heuvelrug toegetreden. Het Streekarchivariaat verricht onder meer werkzaamheden voor deelnemende gemeenten aan deze Regeling. Omdat er onvoldoende capaciteit binnen de organisatie zelf is en vanwege financiële overwegingen, bewerkt in dat kader de heer D. Ruiter, medewerker van het Streekarchivariaat, tezamen met medewerkers van de afdeling Faciltaire Zaken, mevrouw F. Hazendonk tot begin 2001, de heer de Visser en vanaf eind 2001 de heer E.F.W. Hinders, de periode tot 1989. Het project wordt over enkele jaren uitgesmeerd vanwege de personeelsbezetting en taakverdeling van de medewerkers van het Streekarchivariaat. Voordeel hiervan is dat ook de financiering van het project over enkele jaren kan worden verspreid. De heer de Ruiter draagt in die jaren voor zo’n 70% bij aan de werkzaamheden, de archiefmedewerkers van de afdeling zo’n 30%.

Voor het jaar 1989 wordt gekozen omdat in 1990 een nieuw dossierstelsel en het gebruik van de Basisarchiefcode worden geïntroduceerd. De inventaris van 1949-1960 wordt als basis genomen van de nieuw te maken inventaris en met nieuwe omschrijvingen uitgebreid. In 2004 wordt dit inventarisatieproject voltooid.
Over blijft dan nog de inventarisatie van de semi-statische af te sluiten bestanden van de jaren 1990 tot het laatste jaar dat de gemeente bestaat. Hiervan wordt een laatste project gemaakt. Het drietal De Ruiter, De Visser en Hinders gaat hier in 2005 in het gemeentekantoor van de gemeente Driebergen-Rijsenburg op dezelfde voet mee verder als met het vorige deelproject.
Een tijdje ligt het project stil na verhuizing van de archieven naar de archiefbewaarplaats van de gemeente Utrechtse Heuvel in het kantoor in Leersum. In mei 2007 gaat de heer Hinders die inmiddels in dienst is getreden van het Streekarchivariaat Kromme-Rijngebied-Utrechtse Heuvelrug, er alleen mee verder. Dat doet hij fulltime. In maart voltooit hij het project met een afgeronde inventaris.

De totale omvang van het te bewerken archiefbestand was circa 189 meter waarvan 167 bewaard blijft.
Tijdens de inventarisatie zijn er dossiers uit het te bewerken bestand gehaald die al vernietigd hadden kunnen worden of op termijn te vernietigen zijn. De inventariseerders hebben eigen vernietigingslijsten bijgehouden waarop dossiers vermeld zijn die al vernietigd hadden kunnen worden. Deze lijsten worden door een medewerker van de gemeente Utrechtse Heuvelrug namens de afdeling Facilitaire Zaken die het semi-statisch archief beheerd, samengevoegd met de eerstvolgende jaarlijkse lijst te vernietigen stukken.
Na goedkeuring worden de op de lijst vermelde dossiers vernietigd. Dossiers die langer bewaard moeten worden zijn in het semi-statisch archief opgenomen en komen op latere vernietigingslijsten terecht.

Tijdens het vooronderzoek en de bewerking komt naar voren dat het archief hiaten vertoont. Dat geldt met name voor de beginjaren. Ondermeer de begrotingen en rekeningen over die jaren zijn in het verleden ten onrechte vernietigd *  . Dossiers die wat meer kunnen zeggen over de structuur en de organisatie worden niet aangetroffen.
Stukken van voor 1949 zijn ter zijde gelegd om aan het archief over de voorgaande periode te worden toegevoegd. De bouwdossiers zijn bij deze bewerking niet betrokken.
Er zijn bouwdossiers vanaf ca. 1900. Deze zijn als aparte serie beschouwd. In de inventaris wordt er wel een verwijzing naar gemaakt.

De selectie van de jaren 1949-1960 vindt plaats op dossierniveau, vanaf 1960 op stukniveau. Voor de vernietiging wordt de handleiding vernietiging archiefbescheiden (inter-) gemeentelijke organen 1983 en de handleiding voor de selectie en vernietiging van archiefbescheiden 1995 gehanteerd *  Voor de periode na 1996 wordt gebruik gemaakt van de “landelijke stukkenlijst”. De landelijke stukkenlijst is een hulpmiddel voor de interpretatie van de “Selectielijst voor archiefbescheiden van gemeentelijke en intergemeentelijke organen” die vastgesteld is door de staatssecretaris van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap op 21 november 2005.
In verband met het ontbreken van begrotingen en rekeningen zijn enkele financiële stukken bewaard die formeel vernietigd hadden mogen worden. Ook de aan de gemeente gezonden jaarstukken van de woningbouwvereniging Patrimonium zijn opgenomen. Het archief van deze woningbouwvereniging is niet meer aanwezig.
Een aantal series zijn opgenomen in een aparte bijlage. Het betreft hier aan-en verkopen, erfpachten en hinderwetvergunningen. Overige series zoals monumentenvergunningen zijn opgenomen in de eigenlijke inventaris.

In 2011 werd het archief overgebracht naar de archiefbewaarplaats van het Regionaal Historisch Centrum Zuidoost Utrecht (voorheen Streekarchivariaat Kromme-Rijngebied-Utrechtse Heuvelrug) in Wijk bij Duurstede.

Vanaf november 2019 tot half mei 2020 werd het gedeelte van het archief van het gemeentebestuur Driebergen-Rijsenburg, 1949-2005 samengevoegd met een deel van het archief van het gemeentebestuur, 1931-1948 (toegangsnummer 143). Het gaat om 7,2 meter. De cesuur ligt bij 1931 omdat toen de gemeenten Driebergen en Rijsenburg werden samengevoegd. In de oude inventarissen hadden de dossierbestanddelen en de archiefstukken willekeurige volgordenummers gekregen. De nieuwe nummering is opeenvolgend. Het voordeel is dat stukken die bij elkaar horen ook materieel bij elkaar staan. Tijdens de hernummeractie bleek dat er zo'n 14 meter in het archief zat waarvan de stukken niet waren beschreven. Deze stukken zijn alsnog geïnventariseerd en beschreven in de inventaris.
De totale omvang van het archief is 191 strekkende meter.