In 1965 werd het eerste deel van het archief van het bestuur van het Oude Mannenhuis, nadien Stichting Fundatie van Beijeren van Schagen, aan het Haags Gemeentearchief in bewaring gegeven. Aanvullingen volgden in 1980, 1982, 1991, 1997 en 1999. De omvang van het archief is na inventarisatie en selectie van de voor vernietiging in aanmerking komende stukken thans 9,5 strekkende meter, na herverpakking 9 strekkende meter. Op 6 maart 2000 is de overeenkomst van inbewaringgeving omgezet in een overeenkomst van schenking. Het archief is thans eigendom van de gemeente Den Haag. Instellingen die uit het archief stukken willen lenen moeten hiervoor evenwel bij de Stichting Fundatie van Beijeren van Schagen een machtiging vragen. Onderzoekers die stukken willen inzien waarvan de openbaarheid is beperkt, moeten hiervoor eveneens een machtiging bij het bestuur van de Stichting vragen.

In 1999 is in overleg tussen het stichtingsbestuur en het Haags Gemeentearchief afgesproken dat alleen de aanvullingen uit de periode 1982 tot 1999 zouden worden geïnventariseerd. De oudere magazijnlijsten uit 1950 en 1986 van het archief, samengesteld door P.F.O.R. Sickinghe en anderen, bleken evenwel kwalitatief onvoldoende door de veelal niet juiste beschrijvingen van de archiefstukken. Daarom is uiteindelijk besloten voor een herinventarisatie van het archief.
De oude orde van het archief moet al in een ver verleden verstoord zijn geweest. De structuur van het archief, zoals deze in de magazijnlijsten is aangetroffen, was dusdanig ondoorzichtig en onlogisch dat onderzoekers slechts met veel moeite inzicht konden verkrijgen in de stukken die van belang zouden kunnen zijn. Daarom is gekozen voor een herordening van het archief, waarbij de organisatie en de taak van de instelling als uitgangspunt is genomen. Omdat in ouder onderzoek verwezen is naar inventarisnummers uit de oude magazijnlijsten is bij deze inventaris in de bijlage een concordantie op deze oude magazijnlijsten opgenomen. Een exemplaar van de oude magazijnlijsten is geborgen in het beheersdossier van dit archief.
Tijdens de inventarisatie zijn financiële bescheiden, die niet algemeen van aard zijn, maar een bepaalde taak van het Oude Mannenhuis betreffen opgenomen bij het onderwerp waarop deze van toepassing zijn. Hiervoor is gekozen, omdat voorkomen moet worden dat het onderwerp 'financiële verantwoording' een vergaarbak van stukken zou worden. In de praktijk worden namelijk vele archiefstukken opgemaakt met een financieel doel voor ogen.