De archiefbescheiden zijn slechts voor een deel bewaard gebleven. Volgens overlevering is het oudste gedeelte van het archief in de periode 1880-1900 gebruikt bij het aanmaken van de kolenkachel in de kerk.

Verder zijn de archiefbescheiden van de boekhouder van het gemeentefonds uit de periode 1914-1939 door brand bij hem thuis verloren gegaan.

De archiefbescheiden van deze gemeente werden in 1970/71 overgebracht naar het Rijksarchief in Groningen. *  Aanvullingen vonden plaats op 31 januari 1978, op 9 maart, 8 en 26 juni en 27 juli 1979 (aanwinstnummer 6). Het archiefmateriaal, dat in 1979 werd overgebracht, was aangetroffen in een houten kist in de kerkenraadskamer in de kerk te Noordhorn. Deze kist, waarop de naam van S.K. de Waard *  was geschilderd, bevatte naast archivalia ook een groot aantal publicaties van doopsgezinde signatuur. Deze zijn geplaatst bij de afdeling documentatie van het archief van Sociëteit van Doopsgezinde gemeenten in Groningen, Drenthe en Oost-Friesland. Daaraan werden in 1989 (aanwinstnummer 44) archiefbescheiden van de Jongerenkring Noordhorn-Den Horn toegevoegd.

De overgedragen archiefbescheiden werden geordend, geschoond en geïnventariseerd in 1989/'90. De vermenging van de archiefbescheiden, ontstaan bij de samenvoeging van de drie gemeenten, is ongedaan gemaakt.

Bij de inventarisatie is gebruik gemaakt van de richtlijnen voor het beheer van de archieven van de Doopsgezinde Broederschap in Nederland, uitgegeven in 1988 door de Commissie tot de Archieven van de Algemene Doopsgezinde Sociëteit (A.D.S.) te Amsterdam.

De inleiding werd in mei 2006 herschreven en aan de archivalia werd toegevoegd een preek van Eye Clasen uit 1797, die gedrukt werd te Groningen in 1799 (aanwinstnummer 2005 nr. 84).

Bij de inventarisatie van het archief van de Verenigde Doopsgezinde gemeente in het Westerkwartier van Groningen (rechtsopvolger) werden archiefbescheiden van de gemeente Den Horn aangetroffen. (zie aanwinstnrs. 2007 097 en 171). Deze archiefbescheiden zijn in 2007 ingevoegd en toegevoegd zijn de nummers 74, 75.