Tot 1599 viel het gebied van de huidige provincie Groningen onder drie verschillende bisdommen: de Stad Groningen met het Gorecht onder het bisdom Utrecht; Bellingwolde en Westerwolde onder het bisdom Osnabrück en de Ommelanden onder het bisdom Münster. In dit laatste gebied had Liudger het Christendom gepredikt. Eerst bij de vorming van het bisdom Groningen, in de periode 1561 – 1568, kwam er een einde aan de driedeling. Groningen maakte nu deel uit van het aartsbisdom Utrecht. Bij de reductie van de Stad Groningen, in 1594, werden Stad en Ommelanden als zevende en laatste gewest opgenomen in de Republiek der Verenigde Nederlanden. Voortaan mocht ook hier alleen de Gereformeerde confessie nog openlijk beleden worden.

De overgang naar de Gereformeerde confessie vereiste de opstelling van een nieuwe kerkorde. Er rezen direct al moeilijkheden vanwege de tegenstelling tussen Stad en Ommelanden. In de Ommelanden lag de macht in handen van regionale of plaatselijke aanzienlijken. Zij waren niet van plan macht af te staan. Zoals zij vóór de Reformatie bepaald hadden aan wie de pastoorsplaats zou toevallen, zo wilden zij ook nu de predikantsbenoeming regelen. Dit facet van het zogenaamde collatierecht maakte een aparte kerkorde voor de Ommelanden nodig, die in 1595 werd vastgesteld. In de Ommelanden werd het daar gebruikelijke collatierecht namelijk krachtens de nieuwe kerkorde gehandhaafd, terwijl het in de nieuwe kerkorde van 1594 voor de Stad, evenals elders in het land, formeel werd afgeschaft. De nieuwe kerkorden verdeelden de provincie in zeven classes. Siddeburen behoorde tot de classis Appingedam. De plaatselijke of regionale grootheden, de jonkers en hoofdelingen, hadden, zoals gezegd, in de Ommelanden de macht in handen. De predikantstraktementen werden voor een groot gedeelte door hen betaald.

De inkomsten uit de pastoriegoederen waren namelijk lang niet altijd voldoende voor het levensonderhoud van de predikant. Hij was daardoor financieel afhankelijk van zijn collator. In het Ommelander landrecht van 1601 werd het collatierecht nog eens bevestigd. Het eigendom van een edele heerd met 30 of meer grazen land, ongeveer 15 ha, gaf recht op een stem in de collatie. Aangezien de collatierechten al vrij snel als losse koopwaar, gescheiden van de grond verkocht werden, konden vermogende machthebbers in de meeste gevallen de meerderheid van de stemmen gemakkelijk verkrijgen (primarius collator) of alle stemmen (unicus collator). In 1749 werd bij het Reglement Reformatoir een einde gemaakt aan het afscheiden van de rechten van de grond. In 1795, bij de instelling van de Bataafse Republiek, werd het collatierecht zelfs afgeschaft, maar in 1814, bij de vorming van het Koninkrijk der Nederlanden, werd het weer ingesteld. Pas in 1922 werd het collatierecht van particulieren definitief afgeschaft. In 1816 werd door koning Willem I het Algemeen Reglement voor het Bestuur der Nederlandse Hervormde kerk afgekondigd. De kerk werd gereorganiseerd en kwam voortaan onder het toezicht van de koning te staan. Het bestuur van de Nederlandse Hervormde kerk werd opgedragen aan de Algemene Synode, aan provinciale kerkbesturen, classicale besturen, ringen en kerkenraden.

In Siddeburen bestond de kerkenraad uit twee ouderlingen, twee diakenen en de predikant. Blijkens de notulen *  werd in 1684 H. ten Oever aangesteld als pastor in de gemeente Siddeburen. Dit gebeurde nadat de pastorie van Siddeburen wegens een groot proces tussen de heren collatoren “drie jaar min een vierendeel waar vacant geweest”.

Verder onderzoek naar dit proces leverde geen resultaat op. De kerkenraad hield zich vooral bezig met haar wettelijke taken: censura morum; armenzorg; het regelen van de schriftelijke of persoonlijke kerkvisitatie; kerkenraadsverkiezingen etc. De taak van de predikant bestond voornamelijk uit het uitoefenen van de zielszorg en het houden van predikaties. Onder koning Willem III werd in 1852 een herziening van het Algemeen Reglement doorgevoerd. De kerk kreeg een meer democratische organisatie. De kerkenraadsleden kozen vóór 1816 uit de leden een diaken en een ouderling. De kerkenraad maakte haar nominatie uit een drietal personen. In 1846 wordt op voorstel van de predikant besloten, wegens de grootte van de gemeente, dat het college van diakenen en ouderlingen in het vervolg uit 13 personen zal bestaan.

Bij het opmaken van de lijsten van stemgerechtigde lidmaten in 1887 bleek dat het aantal stemgerechtigden tot het getal van 101 was gekomen. De kerkenraad besloot daarom over te gaan tot het samenstellen van een kiescollege.

Met ingang van 20 december 1887 trad het kiescollege in werking. De taak van het college was om uit de stemgerechtigde lidmaten leden voor de kerkenraad te kiezen. Dit kiescollege heeft tot 1898 gefunctioneerd.