In 1843 werd in Winsum-Obergum een Afgescheiden Gemeente gesticht. In 1845 kocht de gemeente een woning met schuur aan de Hoofdstraat in Winsum. De schuur werd gebruikt als kerk, de woning als armhuis. De gemeente kreeg in 1867 een eigen predikant. Het huis bij de kerk werd toen verbouwd tot pastorie. In 1870 maakte de 'kerkschuur' plaats voor een nieuw gebouw, 10 meter breed en 20 meter lang, met aan de achterzijde een consistorie. Om dit mogelijk te maken werd de tuin van het buurhuis aan de noordzijde gekocht.
De gemeente bleef groeien, van 197 leden in 1875 naar 820 in 1903. Daarom werd de kerk in 1906 uitgebreid met twee zijvleugels en twee galerijen. Daarvoor werd aan de noordzijde opnieuw grond gekocht, een strook van 1½ meter breed en 19 meter lang. In 1911 werd een derde galerij gebouwd voor het orgel dat was gekocht. In 1914 werd de pastorie vervangen door een nieuwe woning.

Het aantal leden nam tussen 1920 en 1945 toe van 940 naar 1350. Dit leidde in 1923 tot besluit om de consistorie uit te breiden en elders in het dorp een verenigingsgebouw te bouwen. Het gebouw verrees in 1925 aan de Schoolstraat in Obergum. Het kreeg de naam Rehoboth. In 1928 werd het aantal zitplaatsen in de kerk uitgebreid, door de drie galerijen naar voren te verlengen. In de periode daarna werd gezocht naar mogelijkheden om het gebouw te vergroten. Daarvoor werd in 1949 het huis aan de noordzijde gekocht. In afwachting van een verbouwplan werd dit pand tijdelijk gebruikt als kosterwoning. Vanaf 1946 had de gemeente twee predikanten. In 1952 werd een tweede pastorie gekocht, aan de Van Sijtzamastraat. In 1967 werd de kerk ingrijpend verbouwd en uitgebreid. De kosterswoning werd afgebroken en de pastorie werd bij de kerk getrokken. Als vervangende pastorie werd een woning aan de Regnerus Praediniusstraat gekocht. Omdat het aantal leden bleef toenemen, naar 1670 in 1975 en 2025 in 1985, werd het kerkgebouw in 1981 opnieuw uitgebreid. Nieuwbouw is toen overwogen, maar bleek te duur. In 1990 werden de achterzaal en de consistorie vernieuwd en werd daaronder een kelder voor de jeugd gebouwd.

In 2003 federeerde de gereformeerde kerk in Winsum-Obergum met de hervormde gemeente Winsum-Obergum c.a. In 2009 fuseerden beide gemeenten in de Protestantse Gemeente Winsum-Obergum (PGWO),