De hierboven geschetste ontwikkelingen weerspiegelen zich ook in de archieven van de verschillende dekenaten.
Vóór 1964 waren het hoofdzakelijk de dekens die een dekenaal archief vormden, in de vorm van bij de deken binnengekomen of door hem verzonden brieven, verslagen van pastoresconferenties, visitatieverslagen en stukken betreffende afzonderlijke parochies. Vooral na de herindeling van 1964 werden de kleinere dekenaten bijgestaan door een al dan niet bezoldigde dekenaal assistent en beschikten de grotere dekenaten, zoals bijvoorbeeld Groningen en vanaf 1994 Emmen over een dekenaal secretariaat/centrum. De zich vanaf 1964 ontwikkelende nieuwe dekenale organisatie, alsmede activiteiten, weerspiegelden zich in een toename in omvang van en een groeiende diversiteit in stukken binnen het dekenale archief. Terwijl bijvoorbeeld visitatieverslagen nagenoeg verdwenen, namen vooral verslagen van de verschillende dekenale overlegorganen daarvoor de plaats in.

Lang niet alle dekenale archieven hebben ongeschonden de tijd doorstaan. Van de dekenaten wier historie tot 1853 teruggaat, bevatten de archieven van de dekenaten Groningen/Assen en Leeuwarden nog aardig wat materiaal vanaf 1853. Ook het dekenale archief van Sneek bevat nog materiaal daterend van voor 1964. Van het dekenaten Heerenveen en Klazienaveen zijn daarentegen nagenoeg geen stukken daterend voor 1964 bewaard gebleven. Over de periode 1964-1994 is de kwaliteit van de verschillende dekenale archieven zeer wisselend van aard, vaak afhankelijk van de wijze waarop het secretariaat is gevoerd. Met de schaalvergroting van de dekenaten per 1 januari 1994 neemt ook de volledigheid van de verschillende dekenale archieven weer toe.

Na de opheffing van de dekenaten per 1 mei 2003, heeft het bisdom Groningen een inventarisatie laten uitvoeren naar de verblijfplaats en de omvang van de verschillende dekenale archieven. *  In 2005/2006 zijn de verschillende archieven geïnventariseerd en vervolgens in bewaring gegeven bij verschillende archiefinstellingen. * 

Bij de inventarisatie zijn de archieven geschoond van dubbelen, in het bijzonder van series. Men kan hierbij denken aan verslagen van verschillende raden en werkgroepen, alsmede begrotingen en financiële jaarverslagen. Ook zijn de archieven in ieder geval ontdaan van dié archiefbescheiden, die niet deel uitmaken van de specifieke taken en handelingen van de deken en het dekenaat, of waarvan het feitelijke bewaarniveau bij het bisdom Groningen en/of de afzonderlijke parochies gezocht dient te worden. Men kan hierbij denken aan verslagen van vergaderingen van de dekens, van de diocesane priesterraad, de verschillende parochieraden en andere niet dekenale overlegorganen, maar ook aan algemene circulaires ontvangen van het bisdom, het Diocesaan Pastoraal Centrum of derden en van het bisdom ontvangen kennisgevingen met betrekking tot benoemingen en andere zaken. Een aantal bescheiden is overgedragen aan het Archief-en Documentatiecentrum voor R.K. Friesland te Bolsward en het R.K. Documentatiecentrum Groningen-Drenthe te Groningen. *  Een enkele keer konden met behulp van materiaal, m.n. verslagen die dekenaten elkaar onderling ter kennisneming toestuurden, hiaten bij sommige minder volledige dekenale archieven aangevuld worden.

De dekenale archieven zijn allen geordend volgens een uniform archiefschema. Hierbij is een globale tweedeling gemaakt tussen stukken betreffende de deken en stukken betreffende het dekenaat. Dit is gedaan omdat vóór de instelling van dekenale structuren de deken autonoom was aangaande de archiefvorming. Alle ingekomen stukken waren gericht aan de deken, terwijl ook alle uitgaande stukken en stukken betreffende activiteiten uitgingen van de deken. Met de komst van dekenale organisaties werden ook talrijke stukken geproduceerd die strikt genomen niet alleen van de deken uitgingen. Vanaf dat moment is een strikte onderverdeling in stukken betreffende de deken en betreffende het dekenaat dan ook niet meer te maken en is als zodanig ook niet meer terug te vinden in de veelal toegepaste archivering. Voor deze periode zijn dan ook alleen stukken die strikt persoonlijk zijn of vanuit de aangetroffen archivering direct terug te herleiden zijn tot de deken onder het hoofdstuk 'Archief
van de deken' ondergebracht. Hierbij is wel zoveel als mogelijk de oorspronkelijke aangetroffen archiefstructuur gerespecteerd. Daar waar dit de raadpleegbaarheid sterk zou belemmeren, is de oorspronkelijke structuur aangepast.

Strikt genomen kunnen er binnen de verschillende dekenale organisaties verschillende archiefvormers actief geweest zijn. De verschillende overlegstructuren binnen het dekenaat, maar ook zelfstandige commissies kenden soms een eigen secretariaat. Hun schriftelijke neerslag zouden derhalve als afzonderlijke archieven beschouwd kunnen worden. In de praktijk zijn deze echter in de ter inventarisatie aangetroffen dekenale archieven veelal niet als zodanig herkenbaar. Meestal zijn de stukken aangetroffen als bij het dekenaat ingekomen stukken. De stukken betreffende verschillende overlegorganen en afzonderlijke commissies zijn dan ook gerangschikt onder het archief van het dekenaat, waarbij het secretariaat van het dekenaat als archiefvormer wordt gezien.
Mede om conflictvorming met de Wet bescherming persoonsgegevens te voorkomen zijn stukken jonger dan vijftig jaar slechts raadpleegbaar met toestemming van de bisschop.