De archieven van de hervormde gemeente te Finsterwolde zijn niet volledig en verkeren in redelijke staat. Het meest opvallende hiaat is het ontbreken van de diaconie-boeken over de jaren 1794 tot 1882. Verder is een niet te schatten hoeveelheid losse stukken verloren gegaan, vooral bij de kerkeraad. De algemene synode van de hervormde kerk had in 1818 besloten dat de kerkeraden portefeuilles voor de ingekomen stukken moesten houden (zie inv. nr. 6, brief d.d. 11 juli 1818). Uit de notulenboeken van de kerkeraad blijkt dat er in de periode van 1880 tot 1903 een portefeuille geweest is, maar deze is niet bewaard gebleven. Tezelfdertijd werd het voorschrift gegeven een inventaris van de archiefbescheiden bij te houden. Hiervan zijn twee bewijzen aanwezig: een inventaris van 1878 in het archief van de classis Winschoten (inv. nr. 90) en een van 1901 in het kerkeraadsarchief (zie inv. nr. 29). Het archief van de kerkeraad werd bewaard in een kast in de pastorie (zie inv. nr. 4, februari 1924). In 1901 antwoordde de kerkeraad op een brief van de algemene synode dat haar archief "goed en vochtvrij" bewaard werd, ook al kon zij er "geen historische waarde" aan toekennen (zie inv. nr. 4, april 1901). De kerkvoogden hadden een gelijk oordeel over het belang van hun archief. Toen het provinciale college van toezicht hun voorstelde ook gebruik te maken van de archiefbewaarplaats die het college in ging richten in de Nieuwe Kerk te Groningen, besloten zij hierop niet in te gaan vanwege "het geringe en weinig belangrijke van ons archief" (zie inv. nr. 46, augustus 1904). Zo bleef het archief van de kerkvoogdij berusten bij de administrerende kerkvoogd.

De archieven van de hervormde gemeente te Finsterwolde werden in gedeelten naar het rijksarchief in Groningen overgebracht. In 1957 kwamen daar de charters uit het archief van de kerkvoogdij, in 1970 gevolgd door de archieven van de kerkeraad, het kiescollege, het college van kerkvoogden en dat van notabelen. In 1979 kwam nog een aanvulling op het kerkvoogdij-archief . Al deze archieven zijn in bewaring gegeven aan het rijksarchief onder de beperkende voorwaarde dat de stukken jonger dan 50 jaar alleen met machtiging van de inbewaririggever aan derden ter inzage gegeven mogen worden.