Na de overgave der stad Groningen aan prins Maurits en graaf Willem Lodewijk in 1594 werd in het Tractaat van Reductie overeengekomen (art. VI) dat voortaan alleen de gereformeerde godsdienst openlijk uitgeoefend mocht worden. Na de herziening der Unie van Utrecht in 1583 was dit in art. XIII der Unie bepaald en gold sindsdien reeds in de andere gewesten. Een geheel nieuwe organisatie op kerkelijk gebied moest in het leven worden geroepen. Enige predikanten uit Duitsland werden beroepen en een gering aantal Roomse priesters bleef aan. Deze laatsten werden na een onderzoek als hervomd predikant aangenomen. De namen der eerste predikanten worden vermeld in de handelingen van de eerste Synode in 1595. Op 27 februari 1595 werd in de vergadering van de Staten van Stad en Lande de door Menso Altingh, een uit Oost-Friesland beroepen predikant, ontworpen kerkorde door alle predikanten ondertekend. Over de beroepingen van predikanten is in het Ommerlander landrecht van 1601 het volgende vastgesteld: "De kondiging en keur van de pastoren zal moeten geschieden ingevolge Kerken Ordening, voor zoveel dezelve is aangenomen of ook aangenomen mogte worden".

Bij de indeling ging men in hoofdlijnen terug op de vóór-reformatorische tijd. De provincie werd ingedeeld in zeven classes, waarvan Middelstum de vierde in rang was. De classis Middelstum omvatte de vroegere proosdij Uskwerd, namelijk Hunsingo-Oosterambt en een klein gedeelte van de proosdij Baflo, en wel het gedeelte ten zuiden van het Winsumerdiep, gelegen tussen de oude Ae en het Kardingemaar. De classis Middelstum was verdeeld in drie ringen of districten: 1° Het Hoge Land, omvattende de gemeente Middelstum, Westerwijtwerd, Huizinge, Kantens, Rottum, Eppenhuizen en Zandeweer; 2° het Lageland, omvattende Onderwierum, Noordwolde, Zuidwolde, Bedum en Stitswerd en 3° de Dijkstreek, waartoe Breede, Warffum, Usquert, Uithuizen, Uithuizermeeden, Oldenzijl en Oosternieland behoorden. Door de reorganisatie van de bestuursinrichting van de hervormde kerk bij K.B. van 7 januari 1816 (Algemeen Reglement) werd de classis Middelstum samengevoegd met de classis van de Marne tot de uiteindelijke classis Winsum. De classes waren niet meer in de eerste plaats rechtsdistricten met eenhoofdige leiding zoals de proosdijen voor de reformatie, maar districten waar de geestelijke verzorging van de inwoners op de voorgrond stond. Aan het hoofd staat een college van gelijkgerechtigde ambtgenoten. Op iedere vergadering werd een praeses en een scriba gekozen. De vergaderingen werden gehouden te Middelstum, aanvankelijk bijna maandelijks, later met grotere tussenpozen; na ca. 1740 meestal driemaal per jaar namelijk in het voorjaar, in de zomer en in de herfst.

In de classicale vergadering van 17 april 1798 werd gestemd over het voorstel om gecommiteerden naar de synode van 1798 te zenden; een besluit werd niet genomen. In de vergadering van 2 april 1799 werd het besluit genomen niet aan de synode mee te werken. Dit veroorzaakte een scheuring in het classicaal bestuur. De groep die wel in het synodale verband willde werken scheidde zich af op 2 oktober 1800 en hield voortaan vergaderingen te Uithuizen. Ook van de vergaderingen te Uithuizen zijn de handelingen bewaard. Na de verzoening in 1804 werden in de handelingen van beide groepen de passages die op de scheuring betrekking hadden doorgehaald en werd er een nieuw boek aangelegd. Art. 24 van de kerkorde schrijft voor dat zowel van de synode als van de classis de handelingen en "alle denckwaardige saecken" in een afzonderljk boek aangetekend moesten worden "opdat de naecomelingen moghen weten wat bij haer antecessoren gedaen is". Synodale vergaderingen werden in april of mei gehouden te Groningen of Appingedam. Uit de classis Groningen kwamen als leden der synode twee predikanten en een ouderling, uit de andere classes kwamen drie predikanten. Ze namen zitting naar rang der classes. De depudaten werden als volgt samengesteld; één uit Groningen, twee uit de Ommelanden en één uit het Oldambt.

In 1602 werd op voorschrift der kerkorde de kerkvisitatie ingesteld. De kerkvisitaties werden vanaf 1609 uitgevoerd door de deputaten der synode. De deputaten zijn ook gevolmachtigd om bij de Staten van Stad en Lande en bij de Gedeputeerde Staten verzoeken van de synode voor te dragen. Ze wonen ook de examens van de nieuwe beroepen predikanten bij.

Het archief van de classis werd bewaard in de classicale kisten. De handelingen van de synode en de andere synodale bescheiden werden bewaard in de synodale kist. Over de plaats waar de kisten stonden is geen vermelding gevonden. In de vergadering van 24 juni 1788 werd besloten om de door ds. Blankstein van Huizinge gekochte synodale handelingen over te nemen, ter vervanging van de eigen exemplaren die in ernstige mate waren aangetast door vocht. De aangekochte exemplaren waren afschriften vervaardigd door ds. Meijer van Schildwolde, geschreven tussen 1670 en 1687 en door een andere voortgezet tot 1690. Verder werd besloten om de resterende onbruikbare delen te vervangen door ze opnieuw af te schrijven; de oude beschadigde exemplaren zijn overigens grotendeels bewaard gebleven maar zijn onhanteerbaar.

In 1939 is het archief van de classis Middelstum door het Rijksarchief in Groningen in bewaring genomen van het bestuur van de classis van Winsum van de Nederlandse Hervormde Kerk [Verslagen Rijk's oude archieven, XXII].
Tijdens de bevrijding van Groningen in april 1945, toen het Rijksarchiefgebouw de laatste stelling van de vijand was, zijn de classicale archieven door de Duitse troepen als kogelvangers voor de ramen geplaatst. Nadeel van de oorlogshandelingen heeft het archief niet gehad, maar de verschillende classicale archieven zijn totaal door elkaar geraakt. Voor het eigenlijke ordenen en beschrijven een aanvang kon nenem moest derhalve eerst onderzocht werden wat wel en wat niet tot het archief van de classis middelstum behoorde. Vooral het sorteren van de losse delen van de synodale handelingen vergde veel tijd. Verreweg het vooornaamste deel van het archief is de reeks handelingen van het classicale bestuur. Ingekomen stukken en minuten van uitgaande stukken werden geheel afgeschreven in de handelingen. Waarschijnlijk werden deze stukken hierna vernietigd, want op een enkel stuk van vroegere datum na zijn er slechts enige bijlagen uit de jaren 1780 - 1814. Bij het samenstellen van de inventaris zijn de richtlijnen van de archivaris van de Nederlandse Hervormde Kerk in grote lijnen in acht genomen.
In 1993 werd deze inventaris enigzins gewijzigd.

Brucherus, H.H., Gedenkboek van Stad en Lande. Groningen 1792.
Brucherus. H.H., Geschiedenis van de opkomst der kerkhervorming in de provincie Groningen. Groningen 1821.
Joosting J.G.C., 'De kerkelijke indeling van Groningen', Groninger Volksalmanak (1919).
Knappert, L. en Beekman, A.A., De gereformeerde kerk onder de republiek omstreeks het midden der 18° eeuw. Den Haag 1927.
Reitsma, J. en Veen, S.D. van, Acta der provinciale en particuliere Synode, gehouden in de Noordelijke Nederlanden gedurende de jaren 1572 - 1620. Deel 7, Groningen 1898.
Veen, S.D. van, 'De gereformeerde kerk van Groningen voor en na de reductie', in: Gedenkboek der Reductie van Groningen. Groningen 1894.
Wichers, H.L., Verklaring van het tractaat van reductie. Groningen 1794.