Bij de voortschrijding van de Reformatie en de uitbreiding van de veroveringen van de Staatse troepen in de tweede helft van de zestiende eeuw raakten steeds meer bisschopszetels van de door Filips II nieuw ingestelde hiërarchie vakant. De zetel in Groningen bleef het langst bezet. Haar laatste bisschop, Arnoldus Nijlen, die in 1593 door de Spaanse koning werd benoemd, is nooit officieel door de paus gewijd. Voor Rome was de zaak in het Noorden al hopeloos verloren *  .

Op 23 juli 1594 sloot Groningen zich uiteindelijk aan bij de Unie. In het bij die gelegenheid opgemaakte Traktaak van Reductie werd onder andere bepaald "dat binnen de Stadt Groeningen enden Landen gheen Religie geëxerceert sal worden dan de Gereformeerde Religie". Deze bepaling maakte een resoluut einde aan de tot dan toe heersende katholieke leer. De uitvoering van dit artikel werd met strafheid door de stadhouder Willem Lodewijk van Nassau ter hand genomen *  .

Kerkgebouwen werden geconfisceerd en de priesters die trouw bleven aan hun oude geloof en in het geheim praktizeerden werden van hun inkomsten beroofd en verbannen *  .

Een golf van verordeningen en plakkaten werd uitgevaardigd, alle gericht tegen het "papendom". Op 21 april 1596 verscheen een plakkaat van de Staten- Generaal gericht tegen de Jezuïeten, waarbij deze uit de geünieerde provincies verbannen werden en het de ingezetenen verboden werd hun scholen te bezoeken *  .

De felle haat die steeds opduikt tegen deze orde geestelijken is niet geheel onverklaarbaar. De orde was opgericht met het doel om de contra-reformatie aan te pakken en als zodanig was ze een trouwe voorvechtster van Rome. De geruchten over inquisities en haar loyaliteit met Spanje maakten haar hoogstverdacht.

Nadien verschijnen er regelmatig plakkaten tegen "mispriesters en andere valse leraars". De sancties tegen de overtreders en medeplichtigen waren buitengewoon zwaar. Ook op privaatrechtelijk terrein werden de katholieken kort gehouden. Op 25 februari 1656 vaardigden de Gedeputeerden van Stad en Lande een plakkaat uit tegen ongeoorloofde makingen en giften aan rooms-katholieke geestelijken en tegen bevooroordeling van roomse kinderen bij erfstelling *  .

Ten aanzien van de instellingen was dit een overbodige bepaling. Een roomskatholieke instelling kon immers vóór 1795 geen rechtspersoonlijkheid bezitten en was zodoende niet bekwaam te erven *  .

Inmiddels had Rome de Republiek tot missiegebied verklaard. Voortaan werd ze kerkelijk rechtstreeks bestuurd uit Rome. In Keulen werd een nuntiatuur opgericht om toezicht te houden op de hier nog werkende priesters. De nuntius had de bevoegdheid tot sub-delegatie. Hiervan maakte hij gebruik door in 1602 voor ons land een apostolisch vicaris te benoemen die optrad als vertegenwoordiger van de H. Stoel. Hij zetelde in Utrecht en fungeerde als hoofd van de zogeheten Hollandse Zending *  . In feite was dit niets meer dan een voortzetting van de Nederlandse kerkprovincie van 1559 *  .

Zij werd onderverdeeld in aartspriesterschappen die qua territoir nu eens overkwamen met de oude dekenaten, dan weer met de oude bisdommen *  .

Dit laatste gold voor Groningen. In 1608 werd door de toenmalige apostolisch vicaris Sasbout Vosmeer de eerste aartspriester voor Groningen benoemd, Johannes Simons *  . Een aartspriester had tot taak leiding te geven binnen zijn kerkelijk district, dat verschilllende kleinere gemeenschappen, de staties, omvatte. Hij trad op als vertegenwoordiger van de apostolisch vicaris, hield toezicht op het gedrag van de geestelijkheid, visiteerde de staties, maakte benoemingsvoordrachten en bracht eens per jaar verslag uit over de toestand van zijn missie aan de apostolisch vicaris.

De leiding van de staties (vergelijkbaar met en later ook veelal gecontinueerd in de huidige parochies) berustte bij een missionaris, de pastoor. Na de dood van de apostolisch vicaris Van Bijleveld in 1727 werd de Hollandse Zending opgeheven. De Nederlandse kerkprovincie kwam onder direkt toezicht van de pauselijke internuntius in Brussel *  .

Twisten tussen regulieren en seculieren en het schisma van 1704 (de afscheiding van de zich later noemende Oud-Katholieken) heeft Rome hiertoe doen besluiten. Het grote verschil met de Hollandse Zending lag hierin dat voorheen de apostolisch vicaris het benoemingsrecht had voor de staties en in het vervolg de regulieren voor het pastorale werk rechtsstreeks benoemd werden door de ordeoversten en de seculieren door de internuntius.

Deze toestand heeft zich in grote lijnen gehandhaafd tot 1853.

De zielzorg in de provincie Groningen bleef aanvankelijk geconcentreerd in de stad Groningen. Hier was de aartspriester gevestigd. De bescherming van enkele aanzienlijke roomse stad- Groningers maakte het werken voor de aanwezige priesters enigszins dragelijk. In 1642 waren er in de stad 8 staties.

Twee werden er bediend door seculieren, de overige door regulieren. Vanuit de stad werden ook pogingen ondernomen om de Ommelanden te dienen. Dit resulteerde in de oprichting van 4 staties. Ze hadden levensvatbaarheid omdat enkele adelijke families als protectors optraden. Zo steunden de Heerma's op Holwinde de statie Uithuizen, Bedum genoot de bescherming van de Gramaye's op Oud- Folkerda, en den Hoorn van de familie van Diest op Saaxumborg. Appingedam werd bezocht door enkele Jezuïeten uit de stad Groningen, die er een schuilkerkje hadden opgericht *  .

Een geheel andere impuls kreeg de wat later opgerichte statie in Kleinemeer, die als vijfde statie buiten de stad Groningen ontstond. In 1595 werden de venen rond Sappemeer en Hoogezand, die behoorden tot de kloostergoederen van Aduard en Essen, geseculariseerd en kwamen ze in het bezit van de Staten van Stad en Lande. Na een mislukte poging van een compagnie belanghebbenden in Utrecht om deze venen te exploiteren werd in 1613 dit werk succesvoller aangepakt door de stad Groningen. In 1616 werd het Sappemeer drooggelegd en begonnen aan een uitgebreide kanalenaanleg. De stad zelf liet zich nauwelijks in met de eigenlijke ontginning. Ze maakte slechts het gebied exploitatie-rijp en trof de nodige voorzieningen. De venen werden kavelsgewijs aan particulieren verpacht. De turf als brandstof werd in het begin van de 17e eeuw een gewild artikel. Door de toenemende huizenbouw hadden de steenbakkerijen veel brandstof nodig; bierbrouwerijen en distilleerderijen waren eveneens grote afnemers. Het hout was kostbaar geworden en werd hoofdzakelijk aangewend voor scheeps- en woningbouw.

Als export artikel werd veel turf naar Noord-Duitsland vervoerd, dat door oorlogsgeweld grotendeels ontbost was *  .

Deze turfexploitatie eiste veel mankracht die de provincie zelf niet kon leveren. Van heinde en verre werden immigranten aangetrokken. Onder hen was ook een groot aantal Katholieken, voornamelijk uit het graafschap Lingen, Emsland en Hümmling. Deze trek uit Duitsland had verschillende oorzaken. Eerstens hebben deze gebieden in de periode van 1605-1648 veel te lijden gehad van de steeds weer terugkomende oorlogen. Het van nature arme land werd voortdurend geteisterd door plundertochten e.d. In 1605 trok de Spaanse veldheer Spinola met zijn Italiaanse troepen Lingen binnen. Dit is de oorzaak dat dit graafschap geheel katholiek gebleven is. Het ressorteerde kerkelijk tot 1703 onder de Hollandse Zending, die de zielzorg energiek aanpakte. Want ook na de herovering van dit gebied door Frederik Hendrik in 1633 heeft het Protestantisme hier weinig vat gehad *  .

Dat het katholicisme in Emsland en Hümmling de voornaamste religie is vindt zijn oorzaak in de contra-reformatorische aktiviteiten van het bisdom Münster, waartoe deze gebieden behoorden. Ferdinand von Byern, die in het begin van de 17e eeuw bisschop van Münster was, stuurde in 1612 een groep Jezuïeten naar Meppen om dit overwegend gereformeerde land tot de "ware leer" terug te brengen. De hele clerus werd gesaneerd. Ook het ambtenarenapparaat werd van verdachte figuren gezuiverd. In 1659 kon de toenmalige bisschoppelijke commissaris zijn bisschop berichten dat heel Emsland en Hümmling de paascommunie had ontvangen en de streek geheel tot het Katholicisme was teruggebracht *  . Intussen woedde in dit gebied de Dertig-jarige oorlog (1618-1648). Troepen van zowel Zweden, Denen als Munsterland trokken plunderend en brandstichtend rond en hebben veel autochtonen naar veiliger streken gejaagd.

Een grote groep vluchtelingen streek neer in de provincie Groningen. Een tweede oorzaak van de emigratiegolf lag in de maatschappijstructuur van dit gedeelte van Duitsland. De dorpen en gehuchten waren marke-gemeenten . Het particulier landbezit was gering en de bevolking bestond hoofdzakelijk uit keuters die hun kleinvee lieten grazen op de gemeenschappelijke gronden, de marken. Iedere eigenerfde bezat een onvervreemdbaar en onsplitsbaar aandeel in deze gronden. Het gevolg was dat bij versterven van de gerechtigde slechts een erfgenaam in de rechten kon treden, meestal de oudste zoon. Dit erfrecht was een waarborg dat de toch al weining rendabele bedrijfjes niet verder gedecimeerd zouden worden. De overige erfgenamen werden door de erfopvolger met een afkoopsom schadeloos gesteld en moesten verder hun eigen bestaansmogelijkheid zoeken. Een gedeelte huurde zich in het ouderlijk bedrijf in of ging in de omgeving als boerenknecht werken. Een ander deel trok als seizoenarbeider weg. Van deze laatste categorie trokken velen in de 17e- en vooral in de 18e eeuw naar de Republiek, als seizoenmaaiers, neringdoenden, steenbakkers en turfstekers. De markeorganistatie was er ook de oorzaak van dat in Emsland, waarin veel veengebieden lagen, pas in het begin van de 19e eeuw tot veenexploitatie werd overgegaan. De markegenoten weigerden hun land te verkopen en waren zelf niet voldoende kapitaalkrachtig om deze onderneming te financieren. Dit is onder meer de oorzaak dat dit gebied nog steeds dun bevolkt is *  . De katholieke Duitsers die zich in de veenkoloniën vestigden bestonden aanvankelijk uit turfstekers, later uit neringdoenden, scheepsbouwers en boerenknechten. Zij kwamen in een provincie die aanvankelijk fel optrad tegen het "papendom", maar in het nieuwe gebied was de overheid, i.c. stad Groningen in geloofszaken tamelijk tolerant.

Vogels van diverse pluimage bevolkten deze streek. Luthersen, Mennoniten, Joden, Walen, Gereformeerden en Katholieken leefden vreedzaam naast elkaar. Deze rust wilde de stad zo veel mogelijk handhaven. Het verzekerde een vaste vestiging van de kolonisten die aanvankelijk als seizoenarbeiders hier werkzaam waren. Godsdienstoefeningen van niet-gereformeerden, ofschoon officieël nadrukkelijk verboden, werden oogluikend toegelaten. Voor de katholieken kwamen uit de stad Groningen regelmatig priesters naar de venen om de zielzorg ter hand te nemen. Uiteindelijk werd in 1705 met financiële hulp van enkele Groninger families in Kleinemeer, een buurtschap vlakbij Sappemeer, een vaste verblijfplaats voor de priester ingericht.

In de provincie bleef het verzet tegen deze godsdienstoefeningen en praktizerende priesters in alle hevigheid aanhouden. Steeds weer drongen de gereformeerde kerkeraden er bij de Staten van Stad en Lande op aan de maatregelen tegen de "paapse stoutigheden" te verscherpen, hetgeen resulteerde in razzia's en felle plakkaten. Dat ondanks dit ingrijpen zich blijvend verschillende katholieke enclaves hebben kunnen vestigen is niet zozeer te danken aan de voorzichtigheid en het raffinement van dit katholieke volksdeel als wel aan de omkoopbaarheid van de magistratuur. In vele missieverslagen wordt gewag gemaakt van de donaties en paaierijen om de drost of redger een oogje dicht te laten doen voor het ongestoord houden van godsdienstoefeningen. Ook het feit dat enkele vooraanstaande katholieke families relaties hadden bij de overheid, zal ook tot deze voor het gewest Groningen ongewone tolerantie hebben bijgedragen *  .

De Staten van Gronningen hadden allengs begrepen dat een botweg negeren van deze gestage bloei van de katholieke staties geen zin meer had, vooral ook omdat de grote toevloed van katholieke immigranten in deze contreien de handel en nijverheid ten goede kwam. In hun plakkaat van 12 april 1731 werd de admissie van rooms-katholieke geestelijken geregeld. Hierin werd bepaald dat de priesters voordat zij hun pastoraal ambt aanvaardden, zich eerst moesten aanmelden bij het plaatselijk gericht. Buitenlandse priesters en ordegeestelijken waren echter absoluut uitgesloten. Voorts mochten de katholieken niet zonder toestemming kerken of vergaderplaatsen oprichten *  .

In de praktijk bleek deze toestemming nauw verbonden met de voorwaarde dat katholieken hun eigen armen moesten onderhouden. Dit implioeerde een erkenning van de katholieke armbesturen.

Men ziet dan ook dat de staties in de 18e eeuw vertegenwoordigd werden door de boekhouder (de man die waakt over de geldelijke middelen van de kerk, waarbij dient aangetekend dat in die tijd de armekas en de kerkekas in de meeste staties niet gescheiden waren) en de diakenen of armmeesters. Deze concessie van de overheid was echter niet zozeer uit tolerantie als wel uit zakelijk oogpunt gedaan. Nu immers werd de armenzorg van de gereformeerde diakoniën, die zich ook uitstrekte tot de niet-gereformeerden, voor een deel ontlast. De erkenning van de katholieke armbesturen komt o.a. tot uiting in het plakkaat van de stad Groningen van 6 juni 1775, waarbij vrijdom van belasting op brood, turf, vlees en zout gegeven werd ten bate van de rooms-katholieke armbesturen *  .

De houding van de overheid werd tegen het eind van de 18e eeuw steeds soepeler. Tijdens de oranje onlusten van 1787 werden de meeste katholieken van patriotisme verdacht en dat gaf vaak aanleiding tot plundering en vernieling door Orangisten van kerken, pastoriën en huizen van katholieke burgers. Ook hier trad de verheid op ter bescherming van de katholieke gemeenschap door o.a. burgerwachten te laten posten *  .

Het duurde echter tot 1795 voor er sprake was van een katholieke emanoipatie.

In navolging van de Franse Revolutie werd ook ons land meegesleept in de vrijheid-gelijkheid- broederschapsgedachte. Dit had ook zijn konsekwenties voor de uitoefening van een ieders godsdienst.

Zagen we vóór 1795 de wetgeving over de godsdienst overgelaten aan afzonderlijke Staten of stedelijke autoriteiten, na dit tijdstip worden deze zaken centraal bij wet of particulier besluit geregeld. Het decreet van de Nationale Vergadering van de Bataafse Republiek van 5 augustus 1796 stelde "dat geen bevoorrechte of heersende kerk in Nederland meer kan of zal geduld worden. Alle placcaten en resoluties der gewezen Staten-Generaal uit het oude stelsel der vereeniging van kerk en staat geboren, zullen worden vernietigd".

De reaktie was een plotselinge naar buiten tredende herleving van het katholieke leven *  . Was door de soepelheid van de overheid de statie Oude Pokeln en 1783 opgericht, in 1795 volgde de statie Veendam en in 1802 Winschoten. De wettelijke gelijkberechtiging van de onderscheiden godsdiensten betekende ook een niet langer dulden dat de Gereformeerde Kerk, voorheen met goedvinden van de staat, de in bezit genomen kerken in handen hield. Artikel 6 van de additionele artikelen tot de akte van de staatsregeling van 1798, geeft een regeling ten aanzien van de kerkgebouwen en pastoriehuizen van de "voormaals hecrsonde kerk", met de restrictie "voorzover" zij door de eigendommen zijn."

Deze werden "overgelaten aan de beschikking van ieder plaatselijk bewind, om deswege tusschen alle kerkgenootschappen eenig vergelijk te treffen" en wel op grondslag van het aantal zielen van de verschillende kerkgenootschappen. In het archief van de Parochie van de H. Willibrordus te Sappemeer bevinden zich stukken betreffende een geschil tussen het kerkbestuur van Sappemeer en Veendam over het zogeheten fonds Muntendam *  .

Dit fonds is ontstaan door de vergoeding die de hervormde gemeente van Zuidbroek gaf aan enkele katholieken uit Muntendam, die , op grond van bovenstaand artikel, aanspraak maakten op een deel van de Hervormde Kerk van Zuidbroek. Erg lang heeft de werking van deze staatsregeling niet geduurd. Het effect zal zoveel narigheid teweeg gebracht hebben dat in de staatsregeling van 1801 werd bepaald dat "ieder kerkgenootschap in bezit zou blijven van hetgeen met de aanvang dezer eeuw door hetzelfde wierd bezeten". Eveneens werd de scheiding kerk- staat als principe ook niet meer aangehangen. Bij de inlijving bij Frankrijk in 1810 werd de beruchte wet van 18 Germinal an X "relative à l' organisation des cultes" ook voor ons land van toepassing. Deze wet legde de vrijheid van godsdienst geheel aan banden *  .

Ofschoon volgend de wet het Katholicisme geheel gelijk was aan andere godsdiensten, was er voorlopig van een herstel van de hiërarchie geen sprake. Wel werd door Rome in Nederland een eigen nuntius geplaatst, die een aktieve rol ging spelen in het pastorale leven en de benoemingen van de missionari regelde. Deze nuntii waren echter allen Italianen. Het zou tot 1853 duren voordat ook de Katholieken weer baas in eigen huis zouden zijn.

Na de Franse overheersing kenmerkte het landsbestuur ten aanzien van godsdienst zaken zich door, op geen wettelijke grondslag berustende, bemoeiingen. Vooral kwam dit tot uiting in de periode van Willem I. De reaktie tegen de ideeën van de Franse Revolutie was ingetreden. De leer van de legitimiteit van het absolute vorstelijke gezag werd door verschillende schrijvers verkondigd en ook in de praktijk aanvaard. Ook het systeem van de staatsinmenging in godsdienstige aangelegenheden naar de denkbeelden van Jozef II had de sympathie van Willem I. Zo zijn zeker de talrijke besluiten te verklaren betroffende de kerkelijke zaken, die in de literatuur uitvoerig zijn behandeld *  . In 1848 werd aan deze bemoeiingen voorgoed een eind gemaakt, zowel door de bepalingen in de Grondwet als door de veranderde houding Koning-wetgever. In de wet van 10 september 1853 (Stb. 102) "tot regeling van het toezigt op de onderscheiden kerkgenootschappen", werden deze beginselen nader uitgewerkt. Zo verkregen de nederlandse kerkprovincie, de bisdommen en parochies ieder rechtspersoonlijkheid en vielen derhalve niet onder de Wet op Vereninging en Vergadering van 1855.

In 1853 werd de missiestaat waarin katholiek Nederland verkeerde opgeheven. Nederland ressorteerde nu onder het aartsbisdom Utrecht, dat bestond uit de suffragaan- bisdommen Breda, Haarlem, 's Hertogenbosch en Roermond. De provincies Utrecht, Gelderland en Overijssel, Drente, Groningen en Friesland vielen rechtstreeks onder de kerkelijke jurisdictie van het aartsbiscom. De stad Groningen werd de zetel van het gelijknamige dekenaat, grotendeels een rechtsroekse voortzetting van het aartspriesterschap. In 1855 werden de staties verheven tot parochies. De kerk-en armbesturen worden onderworpen aan algemene reglementen en de parochigrenzen officieel vastgesteld. In 1956 werd het aartsbisdom uitgebreid met twee nieuwe bisdommen. Rotterdam en Groningen. Het bisdom Groningen omvat de drie noordelijke provincies. Het was onderverdeeld in vijf dekenaten. De parochie van de H. Willibrordus te Sappemeer viel onder het dekenaat stad-Groningen maar sinds 1961 bij de vorming van 6 nieuwe dekenaten valt ze onder het dekenaat Veendam.