De voormalige gemeente Molenaarsgraaf bevatte het dorp Molenaarsgraaf en enkele verspreid liggende huizen. De grens met de gemeente Brandwijk liep door het midden van de gegraven vaart, de Graafstroom. De bewoners vonden van oudsher vooral hun bestaan in de landbouw. Kerkelijk werd de gemeente in 1639 van Brandwijk gescheiden. Al op 10 februari 1244 hadden de ingezetenen van Molenaarsgraaf vergunning gekregen om een eigen kapel met een priester en een kerkhof te hebben. Molenaarsgraaf werd in die periode ook wel Graveland genoemd en viel toen onder de heer van Brederode. Later werd de heerlijkheid Molenaarsgraaf een leengoed van de graven van Holland. Het bestuur werd toen uitgeoefend door een schout en vier schepenen. Op 5 februari 1795 besloten schout en schepenen van Molenaarsgraaf een vrijheidsboom te planten om tegemoet te komen aan de vele opgewonden ingezetenen. Op 24 maart daaropvolgend waren bij de vergadering van schout en schepenen twee burgers uit Amsterdam aanwezig, die op het platteland revolutionaire comités moesten vormen. De vergadering benoemde Jacob Hartwijk en Dirk van der Sloot tot leden van zo’n comité. Daarna werd het volk bijeengeroepen in de kerk en werd het oude bestuur vervallen verklaard. Vervolgens werden de schout en secretaris Huibertus Kuipen en de schepenen Abraham Prins en Arie Brouwer weer benoemd tot schout civiel en leden van de municipaliteit. De laatstgenoemden weigerden echter hun post. Huibertus Kuipen zou in de volgende jaren nog enige malen uit zijn functie ontheven worden, maar werd ook steeds weer opnieuw benoemd. Pas in 1816 trad hij vrijwillig af ten gunste van zijn schoonzoon Adrianus Slotemaker. Toen in november 1811 nieuwe gemeenten werden gevormd, werden aan Molenaarsgraaf de gemeenten Brandwijk c.a. en Laag-Blokland toegevoegd. In maart 1817 werden deze gemeenten weer zelfstandig.

In de daaropvolgende anderhalve eeuw werden regelmatig pogingen gedaan om gemeenten samen te voegen. De gemeente Molenaarsgraaf was geen voorstander van de verschillende plannen, met uitzondering van het voorstel in 1846 om aan de gemeente Molenaarsgraaf de gemeenten Brandwijk, Ottoland en Laag-Blokland toe te voegen. Dat werd met instemming begroet, maar ging niet door vanwege het verzet van de andere deel te nemen gemeenten. Wel kregen de gemeenten Molenaarsgraaf, Brandwijk c.a. en Bleskensgraaf in 1850 dezelfde nieuwe burgemeester, namelijk W.C. van den Brandeler. In 1852 werd hij bovendien ook burgemeester van de gemeenten Wijngaarden en Hofwegen. Dit was blijkbaar het maximaal haalbare in het streven naar centralisatie in het bestuur. In 1853 werd een nieuw plan bekend gemaakt. Ditmaal moest de gemeente Molenaarsgraaf samengevoegd worden met de gemeenten Brandwijk c.a., Bleskensgraaf en Hofwegen onder de naam Bleskensgraaf. Ook dit ging niet door. Als een van de bezwaren tegen het plan werd genoemd dat er te weinig eensgezindheid was tussen de verschillende gemeenten.

In 1921 kwam de gemeentelijke herindeling opnieuw aan de orde. Het plan was nu de gemeente Molenaarsgraaf samen te voegen met de gemeenten Brandwijk c.a., Oud-Alblas, Ottoland, Goudriaan, Wijngaarden, Bleskensgraaf en Hofwegen. Wederom verzetten de deel te nemen gemeenten zich en ging het plan niet door. Het zou tot de jaren ‘70 van de 20e eeuw duren voor er opnieuw voorstellen in die richting werden gedaan. In deze periode richtte zich het rijksbeleid op het samenvoegen van kleine gemeenten tot één gemeente van (tenminste) 10.000 inwoners.
Nadat enkele streeksgewijze herindelingen waren gepasseerd, kwam de Alblasserwaard aan de beurt. De gemeente Molenaarsgraaf moest, net als volgens het plan van 1921, worden samengevoegd met de gemeenten Oud-Alblas, Ottoland, Goudriaan, Wijngaarden, Brandwijk c.a. en Bleskensgraaf en Hofwegen. Ook nu werd dit voorstel niet met enthousiasme ontvangen, maar toch werd op 4 september 1985 de Wet gemeentelijke herindeling Alblasserwaard en Vijfheerenlanden aangenomen. Als gevolg daarvan werden de bovengenoemde gemeenten met ingang van l januari 1986 samengevoegd tot de nieuwe gemeente Graafstroom