De laatste pastoor in Alblasserdam was Johan Jakobszoon. Hij bleef in functie tot 1573. Op initiatief van de Classis Dordrecht verleenden de Staten van Holland op 10 december 1583 toestemming om in Alblasserdam en Oud-Alblas, als één gecombineerde gemeente, een predikantsplaats te vestigen. In april 1584 werd, opnieuw vanuit de Classis Dordrecht, Johannes Blocquius in deze tweelinggemeente geplaatst. Hij kon voorlopig weinig goeds uitrichten, want de paapse tegenwerking was met name in Oud-Alblas zeer groot. In dat dorp werd hij zelfs weggescholden toen hij er verscheen. In geen van beide dorpen was een kerkgebouw beschikbaar. Dat van Alblasserdam was in 1575 platgebrand en zou niet eerder dan in 1612 herbouwd worden. Johannes Blocquius hield het dan ook al gauw voor gezien en vertrok in augustus 1585 naar Klundert.

Zijn opvolger Petrus Costerus heeft de gemeente van Alblasserdam en in mindere mate die van Oud-Alblas gestalte gegeven door er een gemeente van te maken met samenhang en recht in de leer. Hij was een van de vele vluchtelingen uit Vlaanderen, alwaar hij tot oktober 1584 predikant op het platteland bij Gent was geweest. Door zijn bijzonder lange verbintenis met Alblasserdam, namelijk van 1585 tot 1627, kon hij als calvinist in hart en nieren zijn stempel op de Alblasserdamse kerk drukken. De samenwerking met Oud-Alblas kwam in 1600 tot een eind, toen dat dorp een eigen predikant mocht beroepen. Gezien de fricties die nog al eens voorkwamen tussen deze naburige dorpen, had de combinatie lang genoeg geduurd.

Het kerkzegel van Alblasserdam is pas in 1907 tot stand gekomen door toedoen van de toenmalige predikant dominee F.J. Heineman. Als stichtingsjaar vermeldt het zegel 1585. Dit is waarschijnlijk toe te schrijven aan onbekendheid met de historische bronnen, met name van de acta van de Classis Dordrecht, want in werkelijkheid was er rees in 1584 een gemeente.

Het oerkerkgebouw, gesitueerd in de polder Blokweer, is door natuurgeweld in de diepte van de rivier verdwenen. Het tweede gebouw verrees omstreeks 1475 aan het einde van de Kerkstraat. Deze zeer royale kruiskerk werd in 1575 door de Spanjaarden platgebrand. Pas in 1612 werd de kerk herbouwd, zij het tot minder dan de helft van de oorspronkelijke grootte. Ruim veertig jaar later, in 1658, verzocht Alblasserdam de Staten van Holland medewerking om het gebouw te vergroten. Men schaamde zich voor de omliggende dorpen, aangezien de gemeente bij toerbeurt moest kerken vanwege de geringe capaciteit van het bedehuis. Tevens werd subsidie voor de bouw van een pastorie gevraagd. De Staten gaven niet alleen 1200 gulden, maar verleenden tevens toestemming om via heffingen onder de bevolking van het dorp de overige penningen binnen te krijgen. Toch is het gebouw niet vergroot. De oorzaak daarvan lag in de oorlog van 1672. Net als andere plaatsen werd Alblasserdam aangeslagen om in de kosten van die oorlog bij te dragen. Het dorp kon dat eigenlijk niet opbrengen en dat terwijl de kerkmeesters een fors bedrag aan geld onder zich hadden, bedoeld voor de vergroting van de kerk, maar grotendeels nog niet besteed. Over de kwestie 'kerkgeld voor dorpsschuld' ontstond een bitter en hoogoplopend conflict tussen de kerkmeesters en ambachtsheer enerzijds en de schout en heemraden anderzijds. De dorpsbewoners trokken partij voor de een dan wel voor de ander. Uiteindelijk werden de kerkmeesters gedwongen om bijna het gehele bedrag af te staan. Toen was het al 1696. Van een uitbreiding van de kerk is toen nooit meer iets gekomen.

In 1854 werd een nieuw gebouw betrokken, gesitueerd op een andere plaats, in het centrum van het dorp en gebouwd naar de smaak van die tijd. Het werd een achtkantige koepelkerk. De motieven voor deze nieuwbouw lagen voor de hand. Het dorp was aanzienlijk in inwonertal toegenomen, zodat de oude kerk absoluut te klein was geworden. Sommigen liepen zelfs over naar de groep van de Afscheiding, omdat ze in hun eigen kerk toch geen plaats konden krijgen. Het nieuwe gebouw kon ruim 750 mensen bevatten. Het oude gebouw verkeerde in slechte staat en lag aan het eind van de Kerkstraat te ver uit het centrum van het dorp rond de Dam. Een jaar later werd het voormalige bedehuis op de toren na, thans bekend als 'De oude toren', afgebroken. Sedertdien is daar de begraafplaats. De koepelkerk aan het Cortgene liep echter al spoedig op een grote teleurstelling uit. Reeds in 1862 vertoonde de kapconstructie bedenkelijke gebreken. Uiteindelijk moest het gebouw in 1898 worden afgebroken. Het dak werd een gevaar, houtrot en vocht hadden hun werk grondig gedaan. Op dezelfde plaats verrees na iets meer dan een jaar, in 1899, de huidige Grote Kerk.

Zoals in zoveel plaatsen kon de Kerkeraad niet zonder meer een predikant beroepen. De medewerking van de magistraat was nodig. Zonder haar handopening - dit is de toestemming, die na kennisgeving van een vacature en het verzoek om erin te mogen voorzien, werd verleend - en approbatie - wanneer de Kerkeraad een beroep had uitgebracht (na 1683 moest er eerst een lijst van vijf gegadigden ingediend worden) - was een beroeping onmogelijk. Wat de ambachtsheer of ambachtsvrouwe niet mocht doen, was actief deelnemen aan het beroepingswerk door zelf naar een geschikte kandidaat te zoeken en die aan de Kerkeraad voor te dragen. Dit deed echter Dorothea Berck in 1679 wel. Het leverde een fikse ruzie met de Kerkeraad op. Tot aan het Hof van Holland heeft de kwestie gelopen. De ambachtsvrouwe kreeg ongelijk, maar handelde daar niet naar. De Kerkeraad heeft haar toen laten gijzelen. Intussen was het dorp ruim twee jaar vacant.

In 1689 kon de neutrale armenzorg, de Heilige Geest armenzorg, het financieel niet meer redden. Na toestemming van de ambachtsheer werden alle baten en lasten aan de Diaconie overgemaakt, die daardoor de enige instelling voor de armenzorg in Alblasserdam werd en dus daarmee ook de zorg voor de niet-kerkelijke armen op zich nam. Overigens bleef de Diaconie onafhankelijk, dat wil zeggen, de rekening werd gedaan ten overstaan van de Kerkeraad en eventueel gemeenteleden. Men was geen verantwoording schuldig aan ambachtsheer, schout en heemraden. Deze onafhankelijkheid was een aantal notabelen in het dorp een doorn in het oog. In 1747 tekenden enkelen van hen openlijk bezwaar aan tegen de jaarrekening. Die rekeningen waren inderdaad onbeholpen: ze waren zonder duidelijke indeling en datering, namen waren onvolledig of ontbraken, Kerkeraadsleden traden soms op als leverancier. De Classis moest zich ermee bemoeien. Uiteindelijk oordeelde de Classis, dat Alblasserdam nauwkeuriger moest boekhouden.

Dit bleef zo tot 1860. Toen kon men, door het toegenomen aantal inwoners en het grotere aantal niet-kerkelijke armen de inkomsten en uitgaven niet meer in evenwicht houden. Dit was eigenlijk al sedert 1800. Door verkoop van land en effecten en het beknibbelen op de uitgaven heeft men het zo nog bijna zestig jaar weten vol te houden. Na 1860 wordt er weer een neutrale gemeentelijke armenzorg opgestart. Deze functioneerde naast de Diaconie, die haar lasten drastisch zag verminderen, omdat voortaan alleen nog maar de armen van de eigen kerk verzorgd behoefden te worden.

Alblasserdam behoorde zelf voor goede huisvesting van zijn predikant te zorgen. Petrus Costerus bezat een eigen huis, dat door zijn opvolger Andreas van der Corput overgenomen werd. De Staten van Holland gaven een jaarlijkse vergoeding van 36 gulden. Samuel van Horne kocht een huis op de Dam, in het centrum. Een nadeel was, dat het daardoor nogal ver van de kerk af lag en ook van het boomgaardje, dat van oudsher voor de predikant bestemd was. Toen hij vertrok huurden de kerkmeesters het huis van Van Horne. Het verzoek van 1658 om geld voor de bouw van een predikantshuis werd door de Staten afgewezen.

Pas in 1681 verkreeg men een eigen pastorie. Met financiële steun van de Staten van Holland kon toen de woning aangekocht worden, die nog altijd eigendom was van de reeds in 1668 vertrokken predikant Samuel van Horne. De Staten kochten de jaarlijkse huursubsidie van 36 gulden af door het kapitaal, ? 900 tegen 4%, in één keer uit te keren voor de aankoop van deze woning. Bovendien gaven zij nog ? 400 voor reparatie. Tot 1882 heeft dit huis dienst gedaan als predikantswoning. De nieuwe pastorie kwam naast de Koepelkerk aan het Cortgene. De oude pastorie werd gemeentehuis.