Bij de overbrenging besloeg het totale archief ongeveer 20 strekkende meter, inclusief enkele tientallen ordners met vernietigbare kwitanties, bank- en giroafschriften en rekeningen. Van een structurele oude orde bleek, zoals te verwachten was, weinig te bespeuren. Voortdurende wisselingen van scribaten en secretariaten zijn niet bevorderlijk voor een systematische ordening van het archief. Zelfs op ondergeschikte punten, zoals de rangschikking van de ingekomen brieven, traden voortdurend verschillen aan het licht: gaf de ene scriba de voorkeur aan een zuiver chronologische orde, zijn opvolger ontwikkelde een alfabetisch systeem. De herordening van het archief beperkte zich in eerste aanleg tot de scheiding van de samenstellende hoofdbestanddelen: Christelijke afgescheiden gemeente (Christelijke gereformeerde kerk, Gereformeerde kerk van Dordrecht A, 1837 - 1903), Nederduits-gereformeerde kerk (Gereformeerde kerk van Dordrecht C, 1887 - 1903) en de samengevoegde Gereformeerde kerk van Dordrecht, 1903 - 1962. In de periode 1892 - 1903, toen voormalige afgescheidenen en dolerenden in een kerkverband verenigd waren, bleven beide nog afzonderlijke Kerkeraden zelfstandig, dus eigen archieven vormend. Niet eerder dan in 1903 is van eenwording sprake. Binnen de drie hoofdbestanddelen werden de onderscheiden archiefvormende instanties gescheiden. Bij de afgescheidenen zijn in hoofdzaak twee archiefvormende colleges te onderscheiden: Kerkeraad en Diaconie. Weliswaar vergaderde de Diaconie niet afzonderlijk en maakte dus geen notulen, maar anderzijds is toch wel sprake van een diaconaal archief, vooral financieel. Zo leent in 1885 de kerk van de Diaconie! *  .

Het archief van de Zendingsvereniging 'Uw koninkrijk kome' is een gedeponeerd archief van een zelfstandig opererende vereniging, uitgaande van leden van de kerk. Aan dergelijke verenigingen kwam een einde na de samensmelting van de kerken in 1903, toen taken als zending en evangelisatie tot die van de Kerkeraad beschouwd werden. De dolerenden kenden wel afzonderlijke Diaconievergaderingen. Naast archieven van Kerkeraad en Diaconie is het archief van de Commissie van administratie en beheer te onderscheiden. Voor 1898 was de Vereniging 'De kerkelijke kas' belast met de zorg voor stoffelijke zaken. In 1898 besloot de Kerkeraad zelf of namens hemzelf de administratie te voeren, aangezien de kerkelijke goederen en gelden volgens beginsel in handen van de Kerkeraad behoorden te erusten *  . De Vereniging 'De kerkelijke kas', hoewel overbodig, bleef nog enkele jaren bestaan, waarschijnlijk mede in verband met eventuele legaten. De lopende financiële boekhouding van de vereniging werd door de Commissie van administratie en beheer overgenomen *  .

Rechten en verplichtingen gingen over naar de Kerkeraad, het archief dus ook. Na 1903 vallen weer de archieven van Kerkeraad, Diaconie en Commissie van beheer te onderscheiden, en daarnaast archieven van evangelisatie- en zendingscommissie. Van enkele ad hoc commissies zijn de nagelaten papieren niet als afzonderlijk archief beschouwd, ongeacht het feit of ze nu wel of niet notulen hielden. Met name de bouwcommissies, die eigenlijk een stukje Kerkeraadstaak dat normaliter aan de Commissie van beheer gedelegeerd zou zijn, uitoefenen, deponeren na voltooiing van die taak hun 'archief' bij de Commissie van beheer, die de verdere afwikkeling van de zaken dient te behartigen. Zo zijn de archieven van de bouwcommissies 'Julianakerk', 'Stephanuskerk' en 'Petruskapel' en van de orgelcommissies *  als dossiers inzake de bouw van die kerken c.q. orgels beschouwd binnen het archief van de Commissie van beheer. Een Commissie van beheer die overigens zeer nauw bij de vorming van die archieven betrokken was. Dat archief van de Commissie van administratie en beheer heeft trouwens ook in andere opzichten een 'bewaarfunctie'. De eigendomspapieren zouden bijvoorbeeld in het archief van de Kerkeraad behoren, daar het de Kerkeraad is die als rechtspersoon deze ontvangt. Maar uitdrukkelijk worden ze doorgegeven aan de Commissie van beheer. Ook legaten ten gunste van de Kerkeraad worden door de Commissie feitelijk geregeld *  .

Bij de inventarisatie van het archief van de Kerkeraad is geen onderscheid gemaakt tussen het archief van de brede en van de smalle Kerkeraad. Slechts de notulering wordt gescheiden, de correspondentie blijft ongedeeld. Meer zou te zeggen zijn voor het als afzonderlijk archief beschouwen van de secties, die immers onder eigen scriba's eigen notulen vormen. Gezien echter het onderge- schikte karakter van de secties en de zeer beperkte omvang van het archief, slechts notulen en een zeer geringe correspondentie, zijn deze stukken beschouwd als een onderdeel van het totale complex van besluitvorming van de Kerkeraad. De sectievergaderingen waren immers voorbereiding voor de smalle Kerkeraad. Eerst in 1962 zal de organisatie zodanig worden, dat van afzonderlijke, archiefvormende Wijkkerkeraden sprake kan zijn.

Het totale archief van de Gereformeerde kerk van Dordrecht bestaat dus uit veertien archieven en archiefjes. Mede om die reden is afgezien van de bij serie-archieven gebruikelijke hoofdindeling algemeen - bijzonder. Want hoe algemeen is nog de afdeling algemeen van een bijzonder archief van de Evangelisatiecommissie, die immers een bijzondere Kerkeraadstaak uitoefent! In plaats daarvan zijn de notulen en de daarvan in ordening sterk afhankelijke correspondentie - bijlagen bij de notulen - geplaatst in een rubriek besluitvorming *  . Wegens de afhankelijkheid van de correspondentie van de notulen, het ontbreken van aparte agenda's van ingekomen brieven, zijn de ingekomen en minuten van uitgegane brieven alle chronologisch geordend c.q. herordend. De overige stukken zijn hoofdzakelijk naar taken geordend, wat het meest lijkt overeen te komen met de oude orde, voor zover die te herkennen viel.

Voor de Kerkeraad zijn dat lidmatenadministratie, waarvoor een afzonderlijke commissie uit de smalle Kerkeraad bestond, de huishoudelijke commissie, voorziening in de dienst des woords, pastorale zorg en stoffelijke zaken, voor de Diaconie de zorg voor hulpbehoevende leden en een eigen financiële boekhoudkundige taak. Voor het Diaconie-archief bestond een uit omstreeks 1936 daterend indelingsschema van 15 rubrieken, maar uit niets is gebleken dat dit overigens onwerkbare schema ooit gevolgd is. De taken van de Commissie van administratie en beheer zijn de inzameling van de gaven en bijdragen, waarvoor een commissie voor vrijwillige bijdragen bestond, beheer van gebouwen, uitbetaling van traktementen en salarissen en het voeren van de boekhouding door de boekhouder, alsmede de controle op boekhoudingen van overige aan de Kerkeraad ondergeschikte organen. Deze taken zijn in de indeling van het archief terug te vinden. Tenslotte, het grootste deel van het archief bestaat uit series notulen en correspondentie, die niet nader in de inventaris omschreven zijn. Het aantal stukken dat wel nader omschreven is, is relatief beperkt. Een index op deze inventaris heeft dan ook niet zoveel zin en ontbreekt dus.