Op het functioneren van de gemeente als zodanig en het vervullen van haar taken is de Tweede Wereldoorlog van grote invloed geweest. Niet alleen door de omstandigheden van deze oorlog werd het aanzienlijk moeilijker, maar ook doordat de bezetter een wijziging bracht in de voor ons land normale opbouw van het bestuur van een gemeente.
De gemeenteraad werd buitenspel gezet door het verbod om na 31 augustus 1941 nog als zodanig bijeen te komen.
De taken en bevoegdheden werden overgenomen door het college van burgemeester en wethouders c.q. de burgemeester.
Binnen het college van burgemeester en wethouders vond ook een wijziging plaats. De burgemeester (F.M.A. van de Rovaart) werd met ingang van 12 februari 1945 tot 8 mei 1945 vervangen door een N.S.B. burgemeester. Na deze periode keerde de afgezette burgemeester weer terug in zijn oude functie.
Na de bevrijding kreeg de organisatie ook te maken met een aantal schorsingen van functionarissen in het kader van zuiveringsmaatregelen.
Op 19 oktober 1945 kwam voor het eerst weer een tijdelijke gemeenteraad bijeen, die in functie bleef tot na de eerste naoorlogse gehouden gemeenteraadsverkiezingen van juni 1946. Vanaf 28 augustus 1946 werd de taak van de gemeenteraad weer op normale wijze vervuld. In het algemeen kan gesteld worden dat Nieuw-Lekkerland er goed is afgekomen, want er is weinig verwoest of vernietigd. Bombardementen hebben hier niet plaats gehad, alleen hier en daar bominslagen.
Tijdens de meidagen van 1940 heeft de gemeente veel evacués opgevangen uit o.a. de gemeenten Alblasserdam, Rhenen, Kesteren en Veenendaal.