De eerste jaren vergaderde de kleine kerkeraad (drie ouderlingen en twee diakenen) ongedeeld; ook nog na de uitbreiding per 1 januari 1893 met een ouderling en een diaken. Hoewel de diakenen in zekere mate zelfstandig optraden, werden alle belangrijke diakonale beslissingen in de kerkeraad genomen. Anderzijds namen de diakenen ook deel aan de diskussies over pastorale zaken. Aan het eind van de jaren '90 ging de diakonie geregeld afzonderlijk vergaderen; met ingang van 1 januari 1907 werd het definitief geregeld. De kerkeraad werd gelijkertijd gesplitst in een smalle en brede kerkeraad (zonder en met diakenen).
De notulen van de diakonie beginnen al in 1901.
Het beheer der goederen en fondsen was aanvankelijk in handen van een rechtspersoonlijkheid bezittende Vereeniging De Kerkelijke Kas. De kerk zelf bezat geen rechtspersoonlijkheid. Na erkenning door de overheid van de dolerende kerken nadat deze verenigd waren met de Christelijke Gereformeerde kerken (1892) verloren de verenigingen De Kerkelijke Kas hun nut. Na advies ingewonnen te hebben bij jhr De Savornin Lohman werd in 1895 besloten de vereniging op te heffen. Het materieel beheer werd in handen gegeven van een nieuw opgerichte Commissie van Administratie en Beheer (24-2-1896).

In grote lijnen bleef deze organisatie tot 1971 ongewijzigd; slechts vergaderde de smalle kerkeraad sinds 1962 in twee secties. In 1971 werd de organisatorische structuur zodanig gewijzigd dat de smalle kerkeraad werd opgeheven.
In plaats daarvan werden twee secties ingesteld, waarin ook de diakenen zitting hadden. De brede kerkeraad heette voortaan Algemene kerkeraad; de besluitvorming werd daarin voorbereid door een moderamen. Na een jaar proef werd met ingang van 18 januari 1971 deze structuur doorgevoerd.
De Algemene kerkeraad bleek een te groot en nauwelijks werkbaar orgaan. In juni 1977 werd hij omgezet in een beperktere Kerkeraad Algemene Zaken.
De Commissie van Administratie en Beheer zag in 1971 een Commissie voor Vaste Vrijwillige Bijdragen naast zich benoemd. Al na enkele jaren werd deze weer opgeheven en verzorgde de Commissie van Administratie en Beheer weer zelf de inning van de vrijwillige bijdragen.