Het archief bestaat met name uit correspondentie, aantekeningen en documentatie rond de publicaties van de archiefvormer en is door hemzelf bijgehouden en geordend.

De zuiver ambtelijke correspondentie en documentatie direct voortvloeiend uit de functies van H.J. Nalis zijn geordend in het archief van de gemeentearchivaris (toegangnummer ID 0829). De correspondentie en documentatie betreffende onderzoeken die geleid hebben tot publicaties onder eigen naam, in samenwerking met andere auteurs of ten behoeve van andere auteurs heeft hij steeds zelf beheerd en nu beschreven. Dat geldt ook voor stukken die betrekking hebben op verrichte werkzaamheden als beeldredacteur voor anderen.

Het archief is bijgehouden ook na de pensionering van Nalis in 2005. Latere correspondentie en documentatie betrekking hebbende op de onderwerpen waarover is gepubliceerd worden tot op de dag van vandaag bijgevoegd.

Nalis heeft veel bouwhistorisch onderzoek verricht voor zowel eigen publicaties als die van anderen. Deze correspondentie en documentatie is ondergebracht in de Architectuurhistorische Documentatie panden binnenstad Deventer (toegangnummer ID 1238). In de navolgende inventaris wordt steeds naar de adressen daarin verwezen.