De afscheiding van de Hervormde Kerk had te Ulrum (Gr) plaats op 14 oktober 1834 en te Doeveren (N.B.) op 1 november 1834. De eerste onder leiding van ds. Hendrik de Cock en de tweede onder leiding van Hendrik Peter Scholten. De oorzaak was dat verschillende leerstukken werden geloochend, aan de tucht de hand niet werd gehouden en van een strikte handhaving der oude belijdenis geen sprake meer was. De doorslag gaf wel de nieuwe proponentsformule (cand-predikantsformule) waarin men moest verklaren "de leer", welke overeenkomstig Gods heilig Woord in de aangenomen Formulieren van Enigheid is vervat, te goeder trouw aan te nemen. Het woord overeenkomstig was en is namelijk voor meerderlij uitlegging vatbaar, zodat ongeloof en vrijzinnigheid in de kerk vrij toegang hadden.
Al vlug kwam het in de afgescheiden kerken tot een scheuring, namelijk in 1844. De ene richting noemde zich de Christelijk Afgescheiden Gereformeerde Kerk en de andere de Gereformeerden onder het Kruis. Op 17 juni 1869, op de synode te Middelburg, hebben beiden zich weer herenigd en wel onder de naam Christelijk Gereformeerde Kerk.

In Deventer hadden zich ook enkelen losgemaakt van de Hervormde Kerk. Aanvankelijk kerkten zij in Twello, waar in 1840 de ambten konden worden ingesteld. Door Ds. de Witt op 't Loo werd geadviseerd te Deventer kerkdiensten te houden. Toen dit een korte tijd was gebeurd, werd besloten om zelf een kerk te institueren. Hiertoe werd op 22 maart 1843 een verzoek gericht aan Koning Willem II, ondertekend door 19 manslidmaten, waarop gunstig werd beschikt, de dato 22 mei 1843. In dit verzoekschrift staat vermeld, dat zij Hermanus Denekamp tot ouderling en Harmen van Zwol tot diaken hebben gekozen. Er werden godsdienstoefeningen gehouden in een gehuurde woning, staande in de Grote Overstraat. Ondanks dat dit gebouw op de lijst van monumentenzorg stond, is het in 1939 afgebroken en de nieuwe rijwielwinkel van Brinks op de plaats neergezet. In een Oudheidkundig jaarboek wordt over het gebouw aan de Grote Overstraat opgemerkt: een merkwaardigen, schoon niet ongeschonden gothieken geveltop.
Op 13 juli 1843 werd op een gemeentevergadering uitgesproken dat men een eigen predikant wenste. Na enkele vergeefse pogingen kwam op 7 juli 1848 ds. Eskens als eerste predikant naar Deventer. Hij is hier maar twee jaar geweest, want in augustus 1850 vertrok hij naar Bunschoten-Spakenburg, omdat daar meerdere vissen voor het net te vangen waren.

In de periode van 1844 tot 1929 hebben 9 predikanten de kerk van Deventer gediend, maar vele predikanten zijn in ontstane vacatures beroepen geweest. Enkelen tot tweemaal toe. De gemeente leefde echter in al deze aangelegenheden sterk mee. Velen zijn in deze jaren op de gemeentevergaderingen geweest waarop het beroepingswerk behandeld werd. Telkens werd de gemeente weer uitgenodigd om een dag af te zonderen tot vasten en bidden voordat tot beroeping werd overgegaan. Was begonnen met een zeer klein aantal leden, in het eerste in het archief aanwezige jaarboekje voor kerk, school en de zending, van 1871, staat vermeld dat de kerk 300 leden telde. Aanvankelijk werden de godsdienstoefeningen gehouden, zoals hierboven reeds vermeld, in een particuliere woning in de Grote Overstraat. Vermoedelijk in het benedengedeelte en woonde de predikant in het bovenste gedeelte. Er bestaan ook wel andere lezingen over. Namelijk, dat men door een steegje tussen de huizen van de straat, achter bij een huizenrij kwam en dat in één daarvan de Afgescheidenen vergaderden. Hoe het ook zij, blijkens de notulen van 28 maart 1850 berichtte de kerkeraad aan het gemeentebestuur "dat zij geen gebouwen in eigendom bezit, dat haar gebouw voor den openbare godsdienst ingericht, een gehuurd lokaal is, waarvan de huurpenningen met deszelfs lasten op tijd worden voldaan."
In 1850 werd er een behoefte gevoeld aan een groter gebouw. Op 26 december 1850 werd dan ook een bouwcommissie benoemd voor de bouw van een nieuwe kerk aan de Smedenstraat. Men had aldaar bij publieke verkoping een geschikte gelegenheid gekocht. de benodigde gelden werden van de broeders tegen interest geleend en door Z.Ed.Achtb.heer Burgemeester dezer stede werd goedgevonden met een lijst langs de huizen te gaan. Er was nog een verschil van mening over losse of dichte banken, maar er werd besloten om overeenkomstig het bestek dichte banken te nemen omreden het verschil maar f 1,50 was.

Een jaar later was blijkbaar de bouw reeds voltooid, want in december 1851 werd een commissie benoemd om de boeken en bescheiden van de bouwcommissie te controleren. Daar de gemeente Deventer aanvankelijk inwoonde bij die van Twello had zij ook classicaal verband met de provincie Gelderland. Afgevaardigden van Deventer bezochten dan ook geregeld vergaderingen op de linker IJsseloever o.a. te Heerde, op 't Loo, Twello, enzovoort. Naderhand werd overgeschakeld op Overijssel.
De financiële moeilijkheden van de kerk waren zowel elders als in Deventer zeer groot. Geregeld kwamen de broeders, die als afgevaardigden naar de classicale vergaderingen waren geweest, terug met de mededeling dat men ook in andere gemeenten het tractement van de predikant bijna niet kon opbrengen. Als de predikant in vacature-beurten moest preken, werd zijn toch wel klein salaris daardoor wat verstevigd. Als de predikant afwezig was, werden in de kerk preken gelezen, waarover echter door de kerkeraad werd besloten in het jaar 1855, geen geschriften te lezen die na 1816 het licht hadden gezien. Men wenste alleen oude schrijvers te horen en geen preken van latere tijd. Ook was in de winter van 1857 op 1858 tot overmaat van ramp het water in de IJssel zo laag, dat de schippers niet naar Deventer konden komen, om in de kerk hun plaatsen te pachten en de gemeente weer wat op dreef te helpen. Men bleef echter bidden om uitkomst, zowel zondags als in de week.
In de notulen of anderszins is er niets te vinden over een slechte verhouding met de overheid. In andere plaatsen werd aan de Afgescheidenen in het begin veel overlast aangedaan door vervolging, inkwartiering en achteruitstelling. Hiervan is in Deventer geen sprake geweest. Het contact werd over en weer gezocht en gevonden.

Zoals ik hierboven reeds vermeldde, was ds. Eskes reeds in 1850 vertrokken. Nadien kwamen ds. Frieling van 1850-1853, ds. Breitsma van 1854-1856, ds. Middel van 1856-1858, ds. Schuurman van 1859-1861, ds. Bähler van 1861-1864, ds. van Doorn van 1865-1873, ds. Scheps van 1873-1917 en ds. van Baarsel van 1919-1929.
De nieuw gebouwde kerk was zeer eenvoudig. Een orgel was er niet en ook geen orgelgaanderij. Men had een voorzanger, die de gemeente leidde. De preekstoel was wat men noemt een tonnetje, op een pilaar met een steile trap opzij. Achter de kerk woonde de predikant.
Zo ik boven reeds vermeldde, is ds. Bähler alhier predikant geweest van 1861-1864. In dit laatste jaar vertrok hij met zijn gezin, bestaande uit man, vrouw en vier zonen naar Noord-Amerika. Blijkens het lidmaatschapsregister der kerk gingen ook nog 11 personen met hen mee.
In 1867 werden besprekingen gevoerd tot het aanschaffen van een orgel. In mei 1868 was het orgel, met bijbehorende gaanderij, voltooid. De voorzanger bleef echter voorlopig gehandhaafd. Er was trouwens nog een eigenaardige bepaling bij. Het orgel en de gaanderij gingen niet terstond in eigendom aan de kerk over, maar de orgelcommissie ontving het recht de zitplaatsen op de gaanderij te verpachten en de gelden te besteden om de termijnbetalingen voor het orgel te voldoen.

Een historisch zeer opvallend besluit voor de Afgescheidene broeders viel op 30 april 1868. Men besloot over te gaan tot de verzekering van de kerkelijke goederen. In 1878 werd de voorzanger afgeschaft.
In 1880 werd besloten tot vergroting van de consistorie.
In 1881 worden de banken vernieuwd en in 1886 werd de kerk geheel opgeknapt. Gedurende 3 weken hield men diensten in de Bergkerk.
In 1890 werd besloten om twee kachels aan te schaffen tot verwarming. Voor die tijd was er blijkbaar geen verwarming in de kerk.
De verlichting bestond waarschijnlijk uit petroleumverlichting. In de notulen van 12 september 1899 wordt geklaagd over de slechte verlichting in de kerk en de consistorie, maar eerst in 1905 komt hierin verandering. Toen had de 2-cent-vereniging voldoende geldmiddelen bijeen gespaard voor een nieuwe gasverlichting. In 1908 worden twee knielstoelen en een karpet aangeschaft, te gebruiken bij gelegenheid van huwelijksbevestigingen. In 1910 wordt er een pastoriefonds opgericht en wordt er een betere woning voor de predikant aangekocht. Eerst was er sprake van aan de Zwolseweg, maar het wordt een pand aan de Menstraat. In 1919 komt er een probleem ter sprake. De vraag rijst onder de broeders kerkeraadsleden of men moet vasthouden aan de wijze van plaatsen uitdelen.
De vrouwen zaten afzonderlijk in het midden en de mannen in de zijvakken. Zou het verschrikkelijk zijn, als daaraan de hand niet werd gehouden? Tot een uitspraak kwam het niet.

Op 14 maart 1920 brak er brand uit in de kerk. De schade werd geraamd op f 2.000,--, maar door gehele restauratie kwamen de kosten op f 3.600,--. In maart 1922 viert ds. Scheps zijn gouden jubileum en schenkt hij de kerkeraad de familiebijbel, om op de kansel te leggen. In 1922 wordt de kachelverwarming opgeruimd en vervangen door een gasverwarming, kosten f 1.600,--. Ook werd de gasverlichting vervangen door een electrische.
In 1929 had de ineensmelting met kerk B plaats en werd de Gereformeerde Kerk in de Smedenstraat omgedoopt in Westerkerk. In 1935 werd besloten in de Smedenstraat een nieuwe en grotere gereformeerde kerk te bouwen en op 29 oktober 1935 werd de oude gereformeerde kerk A gesloten en afgebroken. Het leden-aantal was bij de ineensmelting gegroeid tot 464.