Na de totstandkoming van de scheiding tussen kerk en staat in 1799 moest de Hervormde Gemeente haar eigen geldelijk beheer gaan voeren. Zoals reeds vermeld zijn daar in de periode1799-1829 verschillende kerkeraadscommissies mee belast geweest. Die commissies hadden de uitermate moeilijke en ondankbare taak om met de weinige beschikbare middelen een zo goed mogelijk beheer te voeren. Alle, in die periode gefungeerd hebbende commissies hebben gestreefd naar onafhankelijkheid t.o.v. de kerkeraad. Hun pogingen in die richting zijn echter tot 1829 zonder resultaat gebleven.
Het door Koning Willem I ingestelde reglement op het kerkelijk beheer schiep in 1829 een volledig nieuwe situatie. Op grond van dat reglement werden in dat jaar twee nieuwe beheerscolleges ingesteld, die onafhankelijk van de kerkeraad zouden zijn, nl. de kerkvoogdij en het college van notabelen. De leden van beide colleges werden in 1829 voor de eerste maal door de koning benoemd. Daarna zouden zij door en uit de Deventer lidmaten, die uitdrukkelijk verklaarden aan die verkiezingen te willen medewerken, worden gekozen.
De kerkvoogdij was belast met de uitvoering van het geldelijk beheer en wat rekenplichtig aan het college van notabelen, dat het te voeren beleid aangaf. Naast beide colleges werd in Deventer een college van toezicht in het leven geroepen, dat tot taak had bemiddelend en zo nodig beslissend op te treden bij eventuele meningsverschillen tussen kerkvoogdij en notabelen.

De kerkvoogdij heeft van alle instellingen, die de Gemeente van Deventer rijk is geweest, wel de moeilijkste en ondankbaarste taak gehad. Het college had niet alleen tot taak om met zeer beperkte geldelijke middelen de kerk materieel in stand te houden, maar het diende er tevens voor te zorgen, dat het de beschikking over die middelen kreeg. De kerkvoogden moesten dat doen in een tijd, waarin de gemeenteleden nog veel moeite hadden om te wennen aan de gedachte, dat zij zelf verantwoordelijk waren voor het opbrengen van de voor het beheer van de kerk nodige gelden. Toen alle andere middelen faalden, was de kerkvoogdij in 1908 verplicht naar het ultimum remedium van de verplichte kerkelijke bijdrage, de impopulaire "kerkelijke belasting", te grijpen. Hoe node men tot de invoering daarvan overging, blijkt wel uit het feit, dat er van 1889 tot 1907 over die kwestie is gedelibereerd. In 1909 werd de verplichte kerkelijke bijdrage een feit. Eerst op 1 januari 1966, dus lang na het afsluiten van dit archief, is de "kerkelijke belasting" afgeschaft en vervangen door een vrijwillige kerkelijke bijdrage.
De toestand, dat in het kerkelijk bestuur de pastorale en de beheerscolleges volkomen naast elkaar stonden, was op den duur niet bevredigend. Sinds de aanneming van de Nieuwe Kerkorde in 1951 hebben daarom de kerkvoogden als ouderling-kerkvoogd zitting in de kerkeraad. Bij diezelfde gelegenheid werden het college van notabelen en het college van toezicht opgeheven. De taken van beide colleges werden overgenomen door provinciale kerkelijke organen van toezicht.