In november 1870 kwam bij de raad het verzoek binnen het onderwijs voor meisjes in Deventer beter te regelen. Dit verzoek was opgesteld door D.A. Doijer en door vele Deventenaren mede ondertekend. Men wilde dat ook meisjes in de gelegenheid werden gesteld van het middelbaar onderwijs gebruik te maken. Alvorens de raad aan deze wens gehoor gaf, werd er een onderzoek ingesteld naar de behoefte aan zulk een vorm van onderwijs. Op de raadsvergadering van 8 januari 1872 werd besloten een driejarige HBS voor meisjes op te richten.
De eerste cursus ging op drie september 1872 van start. De lessen werden gegeven in enkele lokalen van de HBS voor jongens in de Pontsteeg.
Rond 1892 werd de HBS voor meisjes door een reorganisatie van het onderwijs te Deventer met opheffing bedreigd. In augustus 1892 werd echter besloten de school te laten voortbestaan. In 1896 werd de driejarige cursus zelfs vervangen door een vierjarige. Door deze bloei en groei van de school had men aan de lokalen die de HBS voor jongens ter beschikking had gesteld niet meer genoeg. In 1893 kreeg de HBS voor meisjes het Waaggebouw als lesruimte toegewezen.
In 1906 schiep men voor meisjes de mogelijkheid om na de derde klas over te stappen op de HBS voor jongens. Om deze overgang soepel te laten verlopen werd het leerplan van de meisjes HBS in de eerste klassen iets meer op de exacte vakken toegespitst. In 1909 bleek dat, ondanks het bijspijkeren de meisjes een te slechte wiskundige ondergrond hadden om de lessen op de jongens HBS te kunnen volgen. Voor de vrouwelijke leerlingen die het plan hadden na de derde klas over te stappen op de HBS voor jongens, werd een aparte wiskundecursus gegeven.

Op 1 februari 1913 verhuisde de meisjes HBS van het Waaggebouw naar de voormalige lagere school B in de Assenstraat. (besl. 3 sept. 1912)

In de raadsvergadering van 24 juli 1916 werd besloten de HBS voor jongens om te zetten in een gemengde HBS. Meisjes zouden nu tot alle klassen worden toegelaten. Dit raadsbesluit maakte het voortbestaan van de vierjarige HBS voor meisjes onzeker.
In de periode na 1917 werd het leerplan van de HBS voor meisjes vaak gewijzigd. De docenten werden vanaf 1917 tot 1929 tijdelijk benoemd. Maar in 1928 werd het definitieve besluit genomen om de school voort te laten bestaan als Middelbare School voor Meisjes, met vijfjarige cursus.

Het gebouw van de M.S.v.M. moest in september 1938 worden ontruimd en ter beschikking worden gesteld van militaire autoriteiten voor legering van troepen onderdelen. Op drie oktober kon men het gebouw weer in gebruik nemen, zodat vier oktober de lessen konden worden hervat. Tot maart 1943 heeft de M.S.v.M. weinig last gehad van de oorlogsomstandigheden, dat wil zeggen: de lessen konden doorgang vinden. Op 13 maart werd het gebouw van de M.S.v.M. gevorderd door het Departement van Financiën. Dit was het begin van een moeilijke zwerfperiode van de M.S.v.M.
Het gymnasium bood de M.S.v.M drie lokalen aan, zodat de lessen toch enige doorgang konden vinden. Ten gevolge van een klassensplitsing kon het gymnasium gedurende de cursus 1943/
1944 twee lokalen ter beschikking van de M.S.v.M. Een nieuw onderkomen werd gevonden in het gebouw van de Vereniging van Vrijzinnig Hervormden in de Assenstraat. Het gymnasium kon gedurende de cursus 1944/1945 nog maar één lokaal missen. Een lokaal van de voetbalvereniging UD bracht nu uitkomst. In verband met de bombardementen die Deventer troffen, werden zowel het gebouw in de Assenstraat als het UD lokaal door de luchtbescherming als te gevaarlijk, afgekeurd.

De lessen werden nu vervangen door taken die eens per week moesten worden ingeleverd. Het inleveren van de taken gebeurde in het gymnasium. Na de bombardering van dit gebouw, werden de werkzaamheden voorgezet in de Wilhelminaschool in de Bagijnenstraat.
Toen ook dit gebouw bij een bombardement schade opliep, kwamen de leerlingen eens per week in het gebouw van de gymnastiekvereniging V.Z.O.D. aan de calcarstraat, bijeen. Dit duurde zo voort tot de bevrijding van Deventer op 10 april 1945. Op 30 april konden de lessen hervat worden in de lokalen van de Middelbare Koloniale Landbouw School.
Aan het begin van de nieuwe cursus, in september 1945, kreeg de M.S.v.M. het gebouw van de Graaf van Burenschool toegewezen. Dit gebouw moest vanaf oktober gedeeld worden met de gemeentelijke ULO. Eerst vanaf 30 april 1946 kon het hele rooster weer normaal doorgang vinden.
November 1954 verhuisde de M.S.v.M. naar het nieuwe schoolgebouw op de Nieuwe Markt, dat zij met het gymnasium deelde.
Als men in de jaren zestig gaat praten over de plannen van Minister Cals, en deze plannen een vaste vorm gaan aannemen, betekent dit het einde van de M.S.v.M.
Met ingang van 1 augustus 1968 werd de M.S.v.M. opgenomen in de nieuwe scholengemeenschap, waarin eveneens het gymnasium en de HBS zijn opgegaan.