Toen de wet van 2 mei 1863 tot regeling van het Middelbaar Onderwijs werd uitgevaardigd, (St. bl. 50, 1863), was men te Deventer niet onvoorbereid: reeds op 4 september 1862 had de raad besloten dat er van gemeentewege een school voor middelbaar onderwijs zou moeten worden opgericht en zich met dit voornemen ook al tot het ministerie van Binnenlandse zaken gewend. Hier bleef de zaak rusten totdat de minister, kort na de uitvaardiging van de wet, verzocht om nadere informatie omtrent de op te richten school. Naar aanleiding van het bovenvermelde schrijven benoemde de raad een commissie die zich met deze taak zou belasten. Deze commissie werd gevormd door de heren: Dr. D. Bierens de Haan, H.J. Ankersmit(jr.) en Mr. H. Houck. Op 18 juni 1863 dienden zij een "Plan tot oprigting eener Hoogere Burgerschool te Deventer" in. Doch de minister wenste een uitvoeriger te onvangen alvorens hij besloot een subsidie toe te kennen. Om ook aan deze eis te voldoen droeg de raad de heer Bierens de Haan het ontwerpen van een reglement op "met al wat tot toelichting zou kunnen strekken". De heer Bierens de Haan nam deze taak op zich. Op 29 december 1863 ontving de raad van hem een "Plan van inrigting". Het ging vergezeld van een ontwerp verdeling van het onderwijs, een begroting van de kosten en enkele concept reglementen.
Op 27 december berichtte de Minister dat hij zich grotendeels met dit ontwerp kon verenigen, slechts een paar punten kwamen voor verandering in aanmerking. Er werd een jaarlijkse subsidie van f7000,- toegekend nadat in de raadsvergadering van 22 maart 1864 het "Plan van oprichting eener Hoogere Burgerschool met zesjarige cursus" en de toelichting definitief waren vast gesteld.

Op 21 april 1864 werd de heer Dr. M.J. Cop benoemd tot directeur.
Bij het raadsbesluit van 30 mei 1864 kreeg de Hogere Burgerschool het gebouw van het Athenaeum aan de Grote Poot per 1 augustus, op de gehoorzaal na, als lesruimte toegewezen. Op 8 september 1864 werd de school officiëel geopend, op 9 september begonnen de lessen ondanks het feit dat het lerarencorps verre van voltallig was. Het gebouw op de Grote Poot bleek al spoedig te klein, daarom werden er lokalen in het Landhuis, op het Grote Kerkhof, voor de HBS ingericht. Een ideale situatie was dit niet. In de raadsvergadering van 4 september 1866 stelden de Burgemeester en Wethouders voor om de oude garnizoensgebouwen in de Pontsteeg tot schoolgebouwen om te bouwen en in te richten. Nadat dit voorstel voor een commissie aan alle kanten bekeken was, werd besloten, op de raadsvergadering van 3 december 1866, het voorstel aan te nemen. Met de verbouwing werd echter pas in 1868 een begin gemaakt. In januari 1870 konden de lessen in het nieuwe HBS gebouw worden gegeven.
Vanaf 1878 kwamen er klachten binnen over het gebouw. Er werd weinig aan gedaan. Pas in 1902 stond de raad bij vaststelling van de begroting voor 1903 de nodige gelden voor de verbouwing en vergroting van de school toe. Tegen het einde van de cursus 1902/1903 was de verbouwing voltooid.

In 1920 werd de HBS om financiële reden overgenomen door het Rijk. Dit gebeurde bij raadsbesluit van 18 juni 1920 no. 24/1425. De voorwaarden die het Rijk aan deze overname verbond, waren: dat de gemeente aan het Rijk een terrein voor openluchtspel zou schenken en de kosten voor onderhoud daarvan voor haar rekening zou nemen, dat de gemeente aan het Rijk f.1000,- per klas tot een maximum van f.8000,- per jaar zou betalen als bijdrage in de onkosten van de school, dat alle meubelen, leermiddelen, het gebouw met de conciërgewoning en de ondergrond in eigendom zou overgaan aan het Rijk, terwijl de gemeente de grond die noodzakelijk zou kunnen zijn voor uitbreiding van de school, kosteloos aan het Rijk zou moeten verstrekken.
Al was het gebouw in 1903 opgeknapt, het voldeed in de jaren twintig niet meer aan de eisen die men toen aan een schoolgebouw stelde. Door de crisisjaren duurde het echter tot 1937 voordat een betere huisvesting mogelijk was. In 1937 kocht het Rijk van de gemeente de, al enige tijd leegstaande, Parkscholen, gelegen aan de Burgersdijkstraat. Na uitbreiding en verbouwing hiervan kon het door de HBS in 1938 betrokken worden. In hetzelfde jaar startte men met een HBS-A afdeling aan de RHBS. Deze nieuwe afdeling was geen succes. In 1940 werd het eerste en voor de eerst volgende zestien jaren tevens het laatste examen voor het verkrijgen van het HBS-A diploma afgenomen.

De jaren 1940-1945 waren voor de Deventer HBS niet de makkelijkste. Tot twee keer toe werd er van directeur veranderd. De heer Bottema verliet in oktober 1941 de stad Deventer en legde zijn directeurschap neer. Zijn opvolger de heer van Rossum was Duitsgezind. Hij heeft de school gedurende één cursusjaar bestuurd. Hij werd opgevolgd door de heer van der Werff, die de school in nationaal-socialistische geest heeft trachten te hervormen. Zijn vertrek naar het oostfront in december 1943 werd door het docentencorps niet betreurd. Het directoraat werd op verzoek van de waargenomen door de heer Staverman. Van 8 oktober 1943 tot begin september 1944 werden de lessen, wegens de vordering van het gebouw door de Duitsers, gegeven in de Middelbare Koloniale Landbouwschool. Toen ook deze school in begin september 1944 gevorderd werd, is getracht, eerst door in de middaguren de lessen op het gymnasium te geven en toen dit in de winter door de kou niet meer mogelijk was, door het opgeven van taken, het onderwijs doorgang te doen vinden.
Na de bevrijding, op 10 april 1945, werden de lessen op 27 april 1945 in het eigen gebouw weer hervat. Op 11 mei werd het gebouw door de Canadezen opgeëist. Wederom verleende de Middelbare Koloniale Landbouwschool de RHBS onderdak. Begin september 1945 kon het eigen gebouw weer ingebruik worden genomen.

Gedurende de cursus 1955/1956 kreeg de fusie met de bijzondere HBS-A, gevestigd in de Ooievaarstraat, haar beslag. Met ingang van 1 september 1956 werden beide scholen verenigd. In september 1957 werd het oude HBS-A gebouw verlaten en werden alle lessen gegeven in het gebouw aan de Burgersdijkstraat.
In de jaren zestig kwam de mammoet om de deur van de HBS kijken. De plannen van Minister Cals werden in deze jaren uitgewerkt en uitgeprobeerd. Zij luidden de laatste jaren van de HBS in. In 1968 startte men met een gemeentelijke scholengemeenschap te Deventer. De in 1864 door Bierens de Haan opgerichte HBS beleefde zijn laatste jaren. De school waar Thorbecke van droomde is ter ziele en vervangen door een nieuw schooltype waarin weer andere idealen verwezelijkt mogen worden, aangepast aan deze tijd.