In 1848 werd de reeds sinds eeuwen te Deventer gevestigde Latijnsche School omgezet in een gymnasium met vijfjarige cursus. Reden voor deze omzetting was, het in 1845 ingevoerde Staatsexamen, dat een verbreding en een wetenschappelijke aanpak van het onderwijs vereiste. Op aanraden van de curatoren benoemde de Stedelijke Raad twee commissies die zich zouden gaan beramen over de vorm waarin het nieuwe gymnasium zou moeten worden gegoten en of deze verandering financiëel een haalbare kaart zou zijn. Deze commissies besloten geheel onafhankelijk van elkaar dat een hervorming van de Latijnsche School zeer welkom zou zijn. En zo werd op 7 augustus 1848 het reglement voor het gymnasium vastgesteld. Op 29 augustus 1848 werd de goedkeuring van de minister van Binnenlandse Zaken ontvangen.
Het gymnasium werd ingedeeld in twee afdelingen. De eerste afdeling leidde de leerlingen op voor hogescholen of Athenaea, de tweede afdeling was voor jongelui die een algemeen beschaafde opvoeding wensten te genieten; zij behoefden zich niet bezig te houden met de oude talen.
In september 1848 ging de eerste cursus van het gymnasium in het Landshuis, waar sinds 1839 de Latijnse School gevestigd was geweest, van start.
De geruchten over de op handen zijnde wet tot regeling van het Middelbaar Onderwijs in 1863 van Thorbecke, die tot doel had het hiaat op te vullen tussen het hoger en lager onderwijs, bracht onrust in de gelederen. Deze verontrusting was niet onterecht daar de tweede afdeling van het gymnasium niet zo floreerde als men zou willen.

Toen in 1864 de HBS te Deventer werd opgericht, werd dan ook de tweede afdeling van het gymnasium opgeheven. De eerste afdeling van het gymnasium werd samengevoegd met het Athenaeum. Dit is volgens de docenten uit die tijd het onderwijs ten goede gekomen.
In 1870 verhuisde het gymnasium naar het gebouw van het Athenaeum aan de Groote Poot. Drie jaar later, 1873 betrok het Waaggebouw op de Brink.
In 1876 werd de wet op het Hoger onderwijs uitgevaardigd. De tot dan toe vijfjarige cursus van het gymnasium werd omgezet in een zesjarige. Het Athenaeum werd geheel opgeheven. In het jaarbericht van 1879 schrijven de curatoren: "Sedert den aanvang van 1879 is het onderwijs in alle klassen geheel ingericht volgens het KB. van 29 juni 1878". Vanaf 1 januari 1879 werd het dan ook van rijkswege gesubsidiëerd. In 1891 ontstond voor de gemeente Deventer de verplichting om het gymnasium te onderhouden, daar de gemeente meer dan 20.000 zielen telde. (Zie St. bl. 102, 1876).
De op 12 februari 1892 overleden Mr. H.W.J. van Marle had aan de gemeente zijn woning aan de Nieuwe Markt gelegateerd om als gymnasiumgebouw dienst te gaan doen. En zo verhuisde het gymnasium in september 1893 naar de Nieuwe Markt.

De oorlogsjaren (1940-1945) zijn aan het gymnasium niet ongemerkt voorbijgegaan.
Eind 1940 werd de rector dr. L. Hillesum als gevolg van de maatregelen tegen de Joden van zijn functie ontheven. En in het laatste oorlogsjaar werd het gymnasium bij een bombardement getroffen, zodat men genoodzaakt was zich enige jaren met de leegstaande lokalen van de van Twickeloschool te behelpen. Op 19 november 1954 werd het nieuwe gymnasiumgebouw, genaamd Alexander Hegius naar één van de vijftiende eeuwse rectoren van de Latijnsche School, op de Nieuwe Markt geopend en in gebruik genomen.
Ten gevolge van de uitvoering van de Mammoetwet werd het Alexander Hegius gymnasium met ingang van het schooljaar 1971/1972 opgenomen in de scholengemeenschap, daar de gemeenteraad van Deventer weinig heil zag in het handhaven van een zelfstandig gymnasium.