De door de stad Deventer in 1630 opgerichte Illustere School was geen provinciale of stedelijke Hogeschool. Wel hadden dergelijke ideeën sinds 1560, toen er plannen beraamd werden om het nieuwe bisdom Deventer van een "seminarium" te voorzien, de kop opgestoken. *  .
Maar de twist tussen Deventer en Zwolle over de goederen van het in nabijheid van Zwolle gelegen Bergklooster, verijdelde een eensgezinde bestemming van de inkomsten van dit geestelijke goederencomplex. Geen van de drie steden kon zich permitteren alleen een Hogeschool in stand te houden. Zo ontging Overijssel, wat Friesland in Franeker en Gelderland in Harderwijk in de 16e en de 17e eeuw verkregen.
Overijssel zou zich met het Deventer Athenaeum tevreden moeten stellen, welke instelling merkwaardigerwijze juist omdat het geen volledige Hogeschool was, de universiteiten van Friesland en Gelderland overleefde.
Wel hebben er meer van dergelijke Athenaea in ons land bestaan. De enige echter die tot universiteit vinden we in Amsterdam. Het in 1632 opgerichte Amsterdamse Athenaeum verkreeg in 1876 de positie van gemeentelijke Universiteit.
Men kan het Deventer Atheneum Illustre het beste kenschetsen als een inrichting waar jongelui die de Latijnse School doorlopen hadden voorbereid werden op en een begin maakten met universitaire studies. Men kon in Deventer in de 17e en de 18e eeuw terecht voor theologie, rechten en wijsbegeerte met een leerstoel enerzijds in de physica en metaphysica en anderzijds in de klassieke letteren en geschiedenis.

Incidenteel was er een hoogleraar of lector in de medicijnen aan de school verbonden; geen der "faculteiten" telde meer dan twee hoogleraren. Universitaire examens kon men in Deventer niet afleggen, laat staan dat men hier kon promoveren.
Bij de reorganisatie van 1816 werden er vijf hoogleraren verplicht gesteld: rechtsgeleerdheid, theologie, bespiegelende wijsbegeerte, wis- en natuurkunde en Oosterse talen. Nog in hetzelfde jaar voegde de gemeenteraad daar een leerstoel in de Nederlandse taal- en letterkunde aan toe.
In 1839 werd de bezetting uitgebreid met een leerstoel in de Scheikunde en Botanie. Bij een reorganisatie in 1854 werd nog meer nadruk op exacte vakken gelegd. * 

Men schiep toen de mogelijkheid om colleges op dat terrein te volgen voor hen, die niet van plan waren de studie aan de universiteit voort te zetten. De theologie verdween van de ordo lectionum om plaats te maken voor een zelfstandige leerstoel in de botanie en de landbouwhuishoudkunde. Deze nieuwe leerstoel was tot stand gekomen na een persoonlijke interventie van de commissaris van de Koning in de provincie Overijssel jhr. mr. C. Backer. *  Enkele jaren later schonk deze zijn landbouwkundige bibliotheek aan de Athenaeum-Bibliotheek. * 
De reorganisatie van 1854 had niet het gewenste effect en werd zelfs overbodig door de oprichting van een HBS in 1864. Daar de aantrekkingskracht van de alpha vakken ook geleidelijk was teruggelopen, fungeerde het Athenaeum sinds 1864 als een aanhangsel van het gymnasium. De laatste student werd in 1871 / 72 ingeschreven. De nog aanwezige hoogleraren verkregen nadien pensioen of namen ontslag en bij raadsbesluit van 24 oktober 1878 werd het Athenaeum Illustre formeel opgeheven, nadat drie maanden daarvoor het gymnasium in overeenstemming met de wet op het Hoger Onderwijs van 1876 van een school met vijfjarige tot één met een zesjarige cursus geworden was.