In het opheffingsbesluit was ruwweg het volgende besloten: De gebouwen werden overgedragen aan de gemeente Harderwijk. Het niet-onderwijzend personeel kwam ten laste van de gemeente Harderwijk. De boeken en de fysische instrumenten kreeg het Athenaeum in Deventer in bruikleen. De boeken van "algemeen nut" moesten echter aan de gemeente Arnhem worden overgedragen. Als Gelderland ooit weer een instelling voor hoger onderwijs kreeg, dan moest Deventer de boeken en de instrumenten weer afstaan. Omdat Harderwijk nog steeds kans had om een geneeskundige school binnen te halen, mochten de leermiddelen op het gebied van ontleed -, heel -, verlos -, schei-en kruidkunde evenals de relevante boeken voorlopig in Harderwijk blijven. Van de overgebleven financiële middelen mocht een fonds worden gesticht ter stimulering van het onderwijs in Harderwijk *  .

De overbrenging van de boeken naar Deventer en Arnhem vond in 1819 plaats *  . Het eindresultaat was dat het Deventer Athenaeum ongeveer 2/3 deel van de Harderwijkse collectie verwierf. In zijn jaarverslag over 1818 schreef de Minister: "Het Athenaeum te Harderwijk is vernietigd, omdat de kosten van deszelfs onderhoud buiten alle evenredigheid waren met het nut dat het stichten kon. Het getal der studenten was er altijd onbeduidend gebleven. Dezelfde omstandigheid heeft te Deventer plaats, maar dewijl dit laatste Athenaeum door de stad bekostigd wordt, komt het de plaatselijke regering toe de redenen die voor of tegen deszelfs instandhouding kunnen worden bijgebragt te beoordelen" *  .

Op 11 augustus 1820 schreef het stadsbestuur een brief aan de Minister met de vraag of er in Harderwijk een geneeskundige school zou komen, want anders wilde men de gewassen en de kassen van de Hortus verkopen ten gunste van het Athenaeumfonds *  . Van het Ministerie kwam het bericht dat er op 13 april 1819 een voorstel was gedaan bij de Koning "wegens de oprichting eener geneeskundige school binnen de stad Harderwijk". In afwachting van een reactie van de Koning wilde men bij het Ministerie geen enkel besluit over de Hortus nemen *  . Op 16 september 1820 kwam het stadsbestuur met een aangepast voorstel: De beheerskosten van de Hortus voor de komende winter werden begroot op fl 300,-. Het Athenaeumfonds werd geheel "geabsorbeerd" door de pensioenen van een aantal oud-medewerkers. Bovendien verkeerde de gemeente Harderwijk zelf in een "uitgeputte finantieele toestand". Zonder financiële ondersteuning door het Rijk dreigde het gevaar dat de planten in de Hortus de winter niet zouden overleven *  . In zijn brief van 6 oktober 1820 kwam de Minister met een compromisvoorstel: Hij machtigde het stadsbestuur "de meest tedere en niet-medicinale planten, voor zooverre zulks noodig zal worden gevonden, tot voorkoming van versterf te verkoopen en den opbrengst te bezigen tot onderhoud van den Hortus" *  .

Op 16 december 1820 berichtte het stadsbestuur dat de winter niet het goede seizoen was om planten te verkopen. Men verzocht daarom uitstel van de verkoop tot mei 1821. Bij die gelegenheid wilde men, als Harderwijk geen geneeskundige school kreeg, alle planten verkopen. Met het oog op de winter had men het plan "de planten zoo digt mogelijk in eene kas te plaatsen en aldus met een weinig vuur te bewaren" *  . Een reactie vanuit het Ministerie bleef echter uit, zodat het stadsbestuur het op 20 maart 1821 nodig achtte om de Minister hierover opnieuw aan te schrijven *  . De Minister reageerde op 31 maart met de mededeling dat de kassen en "de meest tedere en niet-medicinale planten" verkocht mochten worden *  . De verkoop vond op 28 mei 1821 plaats en had een opbrengst van fl 1300,-, "na aftrek der onkosten en het benodigde tot het in orde brengen eener medicinale tuijn" *  *  .

Het stadsbestuur stelde in een brief van 9 oktober 1821 aan de Minister voor om de leermiddelen op het gebied van ontleed-, heel-, verlos- en scheikunde "ten voordeele van dese stad te verkoopen daar bijaldien hier geene geneeskundige school opgerigt word", zodat Harderwijk "iets zoude genieten tot vergoeding der schade door het verlies van het Athenaeum veroorzaakt" *  . De Minister reageerde al na 4 dagen met de mededeling dat er binnenkort een beslissing te verwachten was over de stichting van geneeskundige scholen. Hij kon daarom de voorgestelde verkoop niet goedkeuren *  .

In 1823 en 1826 werden er Koninklijke Besluiten genomen over de "scholen ter aankweking van heelmeesters en vroedvrouwen". Bestaande scholen mochten blijven, maar moesten zich aanpassen aan nieuwe regelgeving. Gemeentes die binnen hun grenzen zo'n school wilden, moesten daartoe een uitgewerkt plan indienen bij de Koning. De aanvraagprocedure liep via Gedeputeerde Staten en bij voorbaat stond vast dat de financiering "buiten bezwaar van 's Lands kas" moest blijven *  *  . In Harderwijk werd deze wetgeving echter niet bekend.

In het najaar van 1839 achtte het stadsbestuur van Deventer de tijd rijp om de geneeskundige boeken uit Harderwijk te laten ophalen. Hiermee werd in Harderwijk echter een gevoelige snaar geraakt. Men koesterde toch weer de verwachting dat Harderwijk ooit de vestigingsplaats van een geneeskundige school zou worden. Het stadsbestuur had in deze kwestie een afwachtende houding aangenomen omdat de financiële situatie van het Rijk slecht was tengevolge van de Belgische opstand *  . Er werd een protestbrief naar de Gouverneur van Gelderland gezonden die op zijn beurt hierover een brief schreef naar de Minister. Uiteraard koos de Gouverneur partij voor Harderwijk. Op 24 februari 1840 reageerde de Minister met de volgende standpunten: 1° de beoogde geneeskundige school was geen instelling voor hoger onderwijs, 2° in 1826 had het Rijk definitief besloten om dergelijke scholen niet zelf te financieren en 3° hij vond dat de geneeskundige boeken "ten nutte der studiën zullen kunnen strekken bij het Athenaeum dat het meest geschikt schijnt om, voor die jonge lieden uit de provintie Gelderland wier middelen niet toelaten om hunne studiën op eene der grootere hoogenscholen langdurig voort te zetten". Hiermee handelde de Minister overeenkomstig het opheffingsbesluit *  .

De gemeenteraad zag in dat van het Rijk niets meer te verwachten was en benoemde op 8 april 1840 een commissie om de haalbaarheid van een gemeentelijke "Clinische School" te onderzoeken. Mocht dit bedoeld zijn om de geneeskundige boeken voor Harderwijk te behouden, dan kwam dit initiatief te laat. In de vergadering van 26 augustus bleek dat de Gouverneur opdracht had gegeven om de overbrenging naar Deventer voor te bereiden. In de vergadering van 30 september werd de dankbetuiging gememoreerd van de bibliothecaris van het Athenaeum aldaar: "hebbende dezelve zijne bijzondere tevredenheid betuigd over de netheid der boeken, de orde en bijzondere behulpzaamheid waarmede deze overgave dezerzijds geschieden" *  .

In het voorjaar van 1846 correspondeerde de Gouverneur van Gelderland met het stadsbestuur over de nog in Harderwijk aanwezige "voorwerpen van natuurlijke historie". Dit betrof vooral de collecties met pathologische-en zoölogische preparaten. Het stadsbestuur erkende dat ze niet meer nuttig waren voor Harderwijk, maar kon er toch moeilijk afstand van doen: "zoo willen wij echter gaarne belijden (dat) het ons zeer hard voorkomt ook wederom dit overblijfsel onzer vorige geleerde instellingen zoo te moeten zien wegdragen". De beoogde bestemming was het provinciaal museum in Zwolle, maar men verwachtte niet dat het materiaal daar wel van nut kon zijn. Voor Harderwijk kwam het extra hard aan, wanneer er een overdracht zonder een financiële tegemoetkoming moest plaatsvinden. Het stadsbestuur zag nog een andere mogelijkheid: "zoude er niet eenmaal een tijd kunnen komen dat die voorwerpen hier aan het doel zullen beantwoorden, zouden zij niet met de op te rigten maatschappij van landbouw in deze provincie in verband kunnen gebragt worden" *  . Bij burgemeester W.A. de Meester, de vroegere scriba van het Athenaeum, berustte nog een catalogus van de collecties. Die werd naar de Gouverneur ter raadpleging opgestuurd, maar met de mededeling dat teruggave op prijs werd gesteld *  .

De pathologische-en zoölogische preparaten werden in 1847 overgebracht naar de Hogeschool in Leiden *  . In hetzelfde jaar kreeg de "Overijsselsche Vereeniging tot ontwikkeling der Provinc. Welvaart" de xylotheek of houtbibliotheek in bruikleen, bestaande uit "147 stuks boekwerken uit verschillende houtsoorten" *  .