De secretaris beheerde het archief. Bij het aanvaarden van zijn ambt deed hij een eed volgens formulieren die voorkomen in de oude keur- en de latere resolutieboeken. De eerste algemeene instructie ontving hij 26 Mei 1694. *  Vóór dien datum gaven Schepenen en Raad hem slechts bijzondere opdrachten. In Juli 1614 verboden zij hem papieren, verbalen of andere bescheiden, zonder hunne toestemming uit te leenen, welk verbod zij in de instructie van 1694 herhaalden. Waarschijnlijk werd aan deze resoluties niet de hand gehouden, aangezien Schepenen en Raad den 8en November 1709 besloten van hen, "die voor dezen burgemeester of secretaris geweest zijn onder eede af te vorderen de charters en papieren, die zij van de stad mochten hebben" Ook de aan den secretaris in 1757 gegeven order de uitgeleende stukken in een reçuboek te noteeren en, na verloop van eene maand, terug te vorderen, wijst op nalatigheid in het teruggeven van geleende stukken. De secretaris zelf mocht de stadszegels en de benoodigde boeken en papieren mede naar huis nemen, waarvan het gevolg was dat deze, na zijn overlijden of bedanken, eerst na herhaalden aandrang van Schepenen en Raad in het raadhuis terugkeerden. * 

Het archief werd geborgen in kasten, laden en doozen. Eene, omstreeks het jaar 1500 gemaakte aanteekening op folio 201 van inventaris nr. 798 zegt dat de aldaar vermelde rentebrieven liggen "int screen geteykent myt D" en een in 1568 vervaardigde inventaris vermeldt 222 privilegiebrieven en andere oorkonden die lagen in een privilegiekist in met letter- en andere teekens gemerkte laden en doozen, benevens 20 banden, gemerkt met de letters A-U welke gedeeltelijk in de raadkamer en gedeeltelijk in de schrijfkamer berustten. *  De bedoelde laden zijn waarschijnlijk in 1519 gekocht. In dat jaar betaalden de rentmeesters voor 4 eikenhouten laden, bestemd om er de stadsprivilegiebrieven in te leggen, 10 hollandsche guldens. *  Naar gelang van de behoefte werd de ruimte tot berging van het archief vergroot. De thesauriers betaalden in 1583 de vracht van eene voor het raadhuis bestemde kast, die uit Zwolle via Amsterdam, Harderwijk had bereikt en in 1640 voor eene, ingevolge resolutie van Schepenen en Raad dd. 8 November 1639, door den kistenmaker Cornelis Aeltszoon vervaardigde bibliotheekkast f 96.-. *  Verder ontvingen de werkmeesters in 1627 opdracht eene nieuwe kist te laten maken, waarin stadsbrieven en zegels zouden worden geborgen. * 

Waarschijnlijk heeft voor het archief of de bibliotheek ook nog gediend de kast die in 1697 van het oudemannenhuis naar het raadhuis werd overgebracht. * 

Toen eenige jaren geleden het archief naar 's Gravenhage werd getransporteerd om aldaar te worden geïnventariseerd, lagen de losse stukken in doozen die even hoog als breed waren en, evenals de banden, gestaan hadden in een lokaal naast de kamer van den secretaris in van breede deuren voorziene, tegen de muren getimmerde boven- en benedenkasten genummerd 1 tot 22.

De in 1583 in de stad gearriveerde kast stond enkele jaren geleden doormiddengezaagd, op den zolder van het bureau van den directeur der gemeentewerken in de Academiestraat. De fraai gebeeldhouwde versieringen op haar deuren waren óf zeer geschonden óf, evenals het slot, geheel verdwenen. Zij is destijds gerestaureerd, doch de loketten, waarin zij, zooals nog te zien is, was verdeeld, zijn niet weder hersteld. Tegenwoordig staat de kast op de bovengalerij van het raadhuis.

De inventaris van 1568 was niet volledig. Hij kon dit ook niet zijn, aangezien Schepenen en Raad het overige archief in kisten verpakt, voor den hertog van Alva verborgen hielden. *  In de eerste helft van de 17e eeuw heeft men echter een nieuwe, zoo het schijnt, meer volledige inventariseering van de losse stukken ondernomen, hetgeen blijkt uit opschriften, meestal door den in 1650 overleden secretaris Otto Schrassert op den achterkant van verschillende stukken geschreven. Genoemd worden: a. "Nouvelles, plackaten enz. van koning Philips en den Landraad;" b. "Verscheyden missives van allerhande datums ende oock etlicke copién ende minuten;" *  c. Varia van inventaris ende andersins den 27 Februari 1618 afgeleyt. *  d. "De besoignen van Arckemeede de anno 1589. *  e. "Placcaten van de jaren 1560 ende daeromtrent. Gevisiteert." *  en f . "Allerhande brieven, meest van kleyn belangh." * 

In de tweede helft van de 17e eeuw moeten de geïnventariseerde stukken weder in wanorde zijn geraakt, althans den 24en Juni 1694 nam de nieuwe secretaris Dr. Hendrik Schrassert, aan de secretarie, voor eene behoorlijke belooning in orde te brengen. *  Vermoedelijk heeft hij dit werk niet uitgevoerd, aangezien Schepenen en Raad den 18en Juni 1720 het noodig vonden aan zijn opvolger Mr. Johan Schrassert dezelfde opdracht te geven en den 30en Juni 1721 constateerden, dat aan hun verlangen was voldaan. Gelijktijdig beloonden zij den secretaris met f 200.- en den roedendrager Staal met 2 ducatons. * 

Op welke wijze Mr. Schrassert de opdracht heeft uitgevoerd, is niet nauwkeurig na te gaan. Waarschijnlijk heeft hij de vroeger gevormde dossiers hersteld, met stukken van lateren datum aangevuld en ze daarna, naar hunne rubrieken, in loketten gelegd. De tijdens den duur van zijn ambtsbediening ingekomen en de minuten van de verzonden brieven, bewaarde hij echter, aan liassen geregen, afzonderlijk. *  Bovendien schreef hij, ingevolgede artt. 4 en 5 zijner instructie van 26 Mei 1694, de resoluties en decreten, de mondelinge pleidooien en sententien en andere gerichtelij ke acten, die vroeger in denzelfden band werden opgenomen, in afzonderlijke registers. Na het overlijden van Mr. Schrassert in 1756, liet zijn opvolger Mr. Abraham van de Graaff, de in de loketten geborgen stukken, aangevuld met de brievenverzameling van zijn voorganger en de betrekkelijke acten voorkomende in het "Kerckeboek" *  en andere registers van godshuizen en corporatiën, in een uit 9 dikke deelen bestaanden inventaris, naar rubrieken in extenso beschrijven, *  doch de door hem zelf ontvangen brieven en zijn minuten hield hij, evenals zijn voorganger gedaan had en zijn opvolgers tot 1794 deden, afzonderlijk. * 

Vóór de beschrijving waren de dossiers uiteengenomen en de stukken en hunne bijlagen in chronologische volgorde gelegd en gesorteerd. Het gevolg hiervan was, dat vele bijlagen in andere rubrieken van den inventaris terecht kwamen dan de stukken of geleidebrieven waarin zij bij de ontvangst gevat waren. Ook kan met vele voorbeelden worden aangetoond, dat de ingekomen brieven en de erop gegeven antwoorden lang niet altijd in dezelfde rubriek werden gesorteerd. *  Later hebben zoowel de heer Van de Graaff als zijn opvolgers, aan verschillende rubrieken stukken die nog voor den dag gekomen en niet beschreven waren en brieven en acten van lateren datum zelfs tot in de eerste helft van de 19e eeuw, toegevoegd.

Zooals gezegd is werden de door secretaris Schrassert aan liassen geregen ingekomen- en zijn minuten van uitgaande brieven ook in den inventaris opgenomen. Vergelijkt men de cijfers in den bovenhoek van elk dezer stukken gesteld met de door den heer Van de Graaff in de resolutieboeken geschreven getalmerken, dan blijkt dat hij later die brieven weer uit de loketten nam, hun chronologische volgorde herstelde en ze, evenals zijn eigen verzameling, in bandvorm heeft gefoliëerd.

In 1853 en de e.v. jaren publiceerde burgemeester Mr. G. A. de Meester de charters en bescheiden, loopende tot het jaar 1585 in de Bijdragen en Mededeelingen van het Historisch Genootschap te Utrecht. Te dien einde had hij den geheelen inhoud van alle loketten in chronologische volgorde gelegd en laten liggen, doch omstreeks 1884 heeft de latere rijksarchivaris in Friesland, Mr. J. L. Berns, toen hij ter plaatse de uitgave der rechtsbronnen van Harderwijk bewerkte, de stukken zooveel mogelijk weder in de door den inventaris aangewezen volgorde gelegd en een aantal bescheiden die hij er niet in kon vinden, benevens banden en gedrukte stukken in een supplement-inventaris beschreven. * 

Van 1795 tot 1811 vormden de secretarissen van de voor de stad meest gewichtige ingekomen- en uitgaande brieven en andere stukken eene serie, die genummerd is van 1 tot 204 en in de resolutiën wordt aangeduid aanvankelijk als "insertae et extraordinaire acta" en later "in de portefeuille nr. -" *  Verder bewaarden zij van 1795 tot 1802 de brieven, circulaires en decreten in chronologische volgorde. Op sommige dezer brieven is de datum van ontvangst aangeteekend, op andere niet, waardoor men den indruk krijgt, dat hier twee verzamelingen zijn vereenigd. De in dit tijdvak ontvangen brieven van de Burgercommissie en de geleidebrieven van plakkaten, publicatiën en notificatiën bestaan uit afzonderlijk gehouden collecties.

Van 1803 tot 1813 werden de voornaamste ingekomen brieven, resoluties en decreten jaarlijks doorloopend genummerd en ingebonden. Bovendien dragen de banden de lettermerken A-F, Tabellen, staten en dergelijke stukken bewaarde de Maire in eene portefeuille gemerkt A. De lettermerken en nummers van de banden en brieven staan ook aan den kant van de betrekkelijke besluiten in de resolutieboeken, waarin ook herhaaldelijk verwezen wordt naar loketten, genaamd stadszaken, veerzaken, haven- en zeewerken, financiën, militairia, signalementen, criminalia en conscriptie. * 

Ten slotte wordt nog opgemerkt, dat van ongeveer 1740 af de door den Magistraat goedgekeurde minuten van uitgaande brieven in de resolutieboeken zijn afgeschreven.

Bij den brand, die Harderwijk in 1503 bijna geheel verwoestte, is ook "de trysoer met brieven in de raadkamer" verbrand. *  Vermoedelijk gingen toen ook de rekeningen van de rentmeesters van vroegere jaren, met hunne bijlagen verloren. In 1519 verscheen de landsheer, hertog Karel van Egmond, in de stad en liet een kist met privilegieen andere brieven naar Arnhem brengen. Betwijfeld mag worden of de stad deze oorkonden alle heeft terugbekomen, aangezien de ook in de kist liggende pandbrief van den heerengulden te Ermelo in 1539 in bezit was van den heer Erckelentz. * 

Verdere vermissingen worden bij verschillende nummers van den hierachter volgenden inventaris genoteerd. Hier wordt echter de aandacht gevestigd dat o.a. ontbreken: a. de resolutiën van vóór 1593. In inv. nr. 1990 leest men op folio 23 "Register der namen van Schepenen bevonden in de resolutieboeken der stadt Harderwijck van den jare 1437 af tot 1502 excluys, gecollecteert door burgemeester Johan Schrassert de oltste." *  b. de kladresolutiën van de jaren 1593 tot 1619, 1647 tot 1649, 1695 tot 1704 en 1710 tot 1794. Van de meeste dezer kladden zijn net-exemplaren aanwezig, doch van de jaren 1643-1684, 1692, 1693, 1707 en 1708 niet. Toch moeten zij hebben bestaan, want op folio 318 van het kladregister (inv. nr. 11) is een volledige resolutie van 11 Februari 1654 bevestigd die geëxtraheerd werd uit een resolutieboek, doch in het klad niet voorkomt. Ook in inv. nr. 661 ligt een volledige resolutie van Schepenen en Raad dd. 12 Mei 1682, eveneens geëxtraheerd uit het resolutieboek, welke in het klad in een uiterst beknopten vorm voorkomt. De secretarissen streepten gewoonlijk de in het net geschreven resolutiën in hun kladregisters door. Ten bewijze moge worden verwezen naar folio 194 van inv. nr. 18 waar aan den kant van eene acte staat "te boeck gebracht daerom doorgehaelt "Waarschijnlijk hebben zij na het overschrijven de ontbrekende kladden vernietigd, c. de meer dan 1000 charters, brieven andere stukken, die in den ouden inventaris (nrs. 1584-1592) werden beschreven doch bij onderzoek niet te vinden waren.

Bij een aantal dezer stukken maakten burgemeesters omstreeks 1860, de kantteekeningen: ontbreekt, *  niet te vinden, *  vergaan, *  vernietigd, *  van geen waarde *  en verbrand. *  d. de manuscripten betreffende de stad, die in December 1767 door professor P. Bondam voor haar gekocht werden op eene auctie van den heer Van Zuylen, bij een boekhandelaar te Arnhem. *  e. de liassen met kwitanties die, volgens inv. nr. 1589 blz. 104 en 105, gehangen hebben naast de groote loketten ter secretarie. De geïnventariseerde kwitanties lagen meest in de rekeningen van de rentmeesters, doch de geliasseerde acquitten tot 1813 worden vermist. f . de reeds genoemde, door den Maire gevormde portefeuille A. waarin hij, volgens verwijzingen in zijn verbaal, stukken bewaarde, die genummerd waren 1 tot 80, waarvan slechts 2 nummers konden worden teruggevonden *  en g. de papieren, die berust hebben in de eveneens reeds genoemde, na 1803 gevulde loketten. Hiervan konden slechts 7 stukken, afkomstig uit de vakken stadszaken, financiën en militaria worden geïnventariseerd. *  De signalementen en criminalia kunnen met het rechterlijk archief in 1811 naar Arnhem zijn verhuisd, doch de stukken die in de andere loketten hebben gelegen, zijn alle verdwenen. Tevergeefs heb ik, zoowel in het raadhuis en elders als bij de familie van overleden archiefbeheerders getracht van al deze vermiste archivalia iets terug te vinden.