Het familiearchief Van Lynden van Lunenburg is door de erven van Jan Hendrik van Lynden aan het Rijksarchief in Utrecht geschonken, zoals de toenmalige rijksarchivaris P.J. Vermeulen in zijn verslag aangaande de archieven van de provincie Utrecht in 1867 uitvoerig vermeldt. Vermeulen heeft het archief uit elkaar getrokken en de politiek-historisch meest interessante stukken ondergebracht in het archief van de staten van Utrecht, dat door zijn opvolger S. Muller is geïnventariseerd. Het restant van het archief werd in de handschriftenverzameling gedeponeerd. In de loop van de tijd heeft men dit gedeelte als een collectie uit de handschriftenverzameling gelicht en de stukken die betrekking hadden op het huis Lunenburg en de bijbehorende grond als huisarchief geïnventariseerd (C. Dekker en G.M.W. Ruitenberg, Inventarissen van kleine archieven van heerlijkheden en huizen in de Provincie Utrecht, Rijksarchief in Utrecht, inventarisreeks nr. 29). De inhoud van het restant bleef onbekend. Bij inventarisatie bleek het echter om de persoonlijke archieven van Balthasar Constantijn en Jan Hendrik van Lynden van Lunenburg te gaan. Nu bleek ook dat de stukken met betrekking tot het huis dezelfde periode omvatten, zodat ze weer met de hier beschreven stukken zijn verenigd. De nummering van het huisarchief zoals voorkomend in bovengenoemde inventaris komt hiermee te vervallen.