Hoewel de 18e eeuw voor de katholieke kerk in de Republiek uitermate ongunstig begonnen was, heeft dit althans voor wat de verzameling oude bescheiden betreft geen negatieve gevolgen gehad. de diepe kloof met Rome bleef weliswaar bestaan, maar doordat de wereldlijke overheid om voor de hand liggende redenen de zijde van de aanhangers van de afgezette vikaris koos, behoorden vervolgingen en gevaar voor confiscatie van de alsmaar toenemende hoeveelheid archieven en verzamelde stukken voortaan tot het verleden. In de loop van de 18e eeuw groeide de belangstelling, zij het op kleine schaal, voor de papieren rijkdom van de Oud-katholieke kerk. de uit Frankrijk afkomstige Gabriël Dupac de Bellegarde (1717-1789) schreef op basis van de archieven zijn Histoire abrégée de l'Eglise metropolitaine d'Utrecht, dat in 1765 in het licht gegeven werd. van meer gewicht vanuit archivistisch oogpunt bezien, was de inventarisatie van de archieven en verzamelde bescheiden, die door hem met hulp van J. Bellon de Saint Quentin in dezelfde tijd op de buitenplaats Rijnwijk bij Zeist uitgevoerd is * 

Een andere veel geziene bezoeker in die dagen was de rechtsgeleerde Pieter Bondam (1727-1800), die het archief regelmatig raadpleegde voor zijn onderzoekingen. Helaas had Bondam de gewoonte om stukken in zeer langdurig bruikleen te houden. Na zijn dood troffen de erfgenamen een aanzienlijke hoeveelheid bescheiden in zijn huis aan en lieten ze samen met de inboedel veilen. de Utrechtse verzamelaar en archivarius honorair van het departement Utrecht Petrus van Musschenbroek (1764-1826), die overigens aan hetzelfde euvel als zijn leermeester Bondam leed, kocht een gedeelte op. In 1826, na zijn dood, kwam door veiling een groot deel in handen van Sir Thomas Phillips en verdween voor lange tijd naar Engeland * 

De inmiddels naar het gebouwencomplex van de Driehoek nabij de S. Gertrudiskerk te Utrecht overgebrachte archieven mochten zich in een steeds groeiende belangstelling verheugen met alle gevolgen vandien. Het beheer van de stukken en het toezicht op de bezoekers was volstrekt onvoldoende, waardoor de wanorde alsmaar groter werd en men ongestoord waardevolle stukken kon ontvreemden. Het aartsbisschoppelijk kapittel reageerde hierop met een restrictief beleid. Het uitlenen van stukken werd verboden en de toegankelijkheid aanmerkelijk verminderd.

Deze beperkende maatregelen waren kennelijk niet van toepassing op de Utrechtse onderwijzer Johannes Jacobus Dodt van Flensburg (1800-1847). Omstreeks 1830 startte hij met een herinventarisatie maar hij bleef hierin halverwege steken *  Zijn werkzaamheden in de archieven van de Oud-katholieke kerk kwamen niet zomaar uit de lucht vallen. Dodt van Flensburg was een verwoed archiefonderzoeker en de bovengenoemde bronnen bleken een 'Fundgrube' voor zijn tussen 1838-1847 in 7 delen verschenen Archief voor kerkelijke en wereldsche geschiedenissen