De Kerk van Utrecht bleef in principe vasthouden aan de kerkelijke indeling van 1559. Haar organisatie verschilde daar in zoverre van, dat door de geringe omvang van de kerk de bisschoppelijke zetels van Middelburg, Groningen en Leeuwarden niet werden bezet, terwijl de zetel Deventer slechts nominaal werd bezet. Ook de meeste aartspriesterschappen bleven onbezet: slechts in Utrecht, Schieland, Rijnland en Delfland was en is een oud-katholieke aartspriester (een functionaris die de rooms-katholieke kerk sinds 1853 niet meer kent). Door de terugloop gedurende de achttiende eeuw bleven er op den duur nog maar weinig parochies over.

De bevoegdheden en het gezag van de aartsbisschop van Utrecht waren in theorie niet anders dan die van zijn rooms-katholieke collega. De potestas iurisdictionis, de bestuursmacht, bestond uit de bevoegdheid om wetten en besluiten uit te vaardigen binnen het aartsbisdom, om dispensaties te verlenen (bijvoorbeeld bij de voltrekking van huwelijken in verboden graden van verwantschap), en om aartspriesters, pastoors en kapelaans te benoemen en eventueel te suspenderen. Verder viel eronder de plicht om toezicht te houden op priesteropleidingen, op kloostercongregaties (in het geval van Utrecht waren dit alleen de uitgeweken franse en zuidnederlandse monniken) en op levenswijze en ambtsuitoefening van de lagere geestelijkheid. Ook had de bisschop de bevoegdheid om de parochies in het aartsbisdom te visiteren en om pauselijke decreten af te kondigen. Dat laatste gebeurde bijvoorbeeld bij de afkondiging van pauselijke jubilees. De excommunicaties van de (aarts)-bisschoppen en andere tegen de Kerk van Utrecht gerichte decreten werden vanzelfsprekend niet afgekondigd!

Behalve de gewone bisschoppelijke rechten hadden zij als aartsbisschop nog bepaalde rechten in de hele kerkprovincie Utrecht. Een daarvan was het devolutierecht, dat wil zeggen het recht om bij verzuim door de kerkelijke overheden in de suffragane bisdommen de jurisdictie uit te oefenen. Van dit recht maakten de aartsbisschoppen van Utrecht in de periode 1725-1742 gebruik in het bisdom Haarlem. Bij de aartsbisschoppelijke bevoegdheden hoorde ook het recht synoden bijeen te roepen van de hele kerkprovincie, zoals Meindaerts in 1763 deed. De potestas ordinis, de wijdingsmacht, voortkomend uit de volheid van het priesterlijk ambt, omvatte de bevoegdheid om alle sacramenten toe te dienen, ook de priesterwijding en het vormsel.

Het bijzondere karakter van de Kerk van Utrecht kwam organisatorisch vooral tot uiting in de verkiezingsprocedure van de aartsbisschop. Anders dan in andere kerkprovincies werd hij niet benoemd door de paus, al of niet op aanwijzing van de vorst of landsheer, maar gekozen door het metropolitaan kapittel. De gevraagde confirmatio door Rome van deze verkiezing bleef uit, maar lokte integendeel steevast de excommunicatie van de betrokkene uit.

Veruit de meeste tijd en energie van de aartsbisschoppen werd in beslag genomen door pogingen tot herstel en onderhoud van de betrekkingen naar buiten, vooral die met de Heilige Stoel en met andere katholieke gezagsdragers. Vóór 1853 was de energie onophoudelijk gericht op het herstel van de band met Rome, daarna op de contacten met andere geestverwante kerken. Deze gerichtheid naar buiten konden de aartsbisschoppen zich permitteren dankzij de geringe omvang van de kerk; aan het toezicht op de weinige, kleine parochies en aartspriesterschappen hadden zij nauwelijks een dagtaak. Zo bleven bijvoorbeeld de aartsbisschoppen Van der Croon en Loos na hun verkiezing gewoon aan in de pastoorsfuncties, die zij daarvoor al vervulden, iets dat in rooms-katholieke aartsbisdommen ondenkbaar zou zijn.