De St. Martinus-parochie heeft haar oorsprong in de statie geheten 'Onder het Kruis' of ook wel statie van Abstede en Buiten Tolsteeg. Het was één der vier parochies buiten de muren die Sasbout Vosmeer in oktober 1611 in het leven riep, en dus van aanvang af seculier. Ze omvatte delen buiten de stadsmuren die voorheen behoorden tot de oude middeleeuwse parochies St. Nicolaas (Abstede) en St. Geerte (Buiten Tolsteeg), alsmede waarschijnlijk al zeer vroeg (of van het begin af aan) delen van de zuidelijke binnenstad.

De locatie van de statie werd door Andreas Ydama, van 1751 tot 1787 pastoor van de gemeente, in 1751 als volgt omschreven: 'in Abstede en wel het laatste hooveniershuys, van de stad koomende aan de linkze hand van het Absteder zandpad geleegen, tegenwoordig nog het kerkenhuis veeltijds geheeten' *  . Het grondgebied waarop het huis stond heette vanouds 'de Bras' *  . De behuizing werd voornamelijk gebruikt door klopjes ten behoeve van het catechismusonderwijs. Kerkdiensten vonden hier alleen op de ochtenden van zon- en feestdagen plaats. De pastoors hielden zich de rest van de tijd op in afwisselende huurhuizen in de veilige beschutting van de stad *  . Dit wijst er ook op dat de pastoors van Abstede en Buiten Tolsteeg al zeer vroeg ook een deel van de zuidelijke binnenstad bedienden. Het onderkomen in Abstede was eigendom van de familie Achterberg *  .

De naam 'Onder het Kruis' is nog niet afdoende verklaard. Mogelijk is ze afgeleid van de in de parochiekerken St. Nicolaas en St. Geerte van oudsher bestaande Heilige Kruisbroederschap. Abstede kende ook in later tijd nog een Heilige Kruisgenootschap *  .

In 1700 verhuisde de statie, toen onder leiding van Martinus van Hees, naar de Achter Twijnstraat. De reden hiervoor is niet met zekerheid aan te geven. Mogelijk heeft onenigheid binnen de parochie tussen voor- en tegenstanders van de Oud Bisschoppelijke Cleresie een rol gespeeld *  . De behuizing was eigendom van Van Hees, maar bleef op naam staan van de vorige eigenaar, Adriaan Jans van Wijck. Het heette volgens Ydama, ook blijkend uit bewaarde transportakten, vanouds 'de Haan', in de koopakte omschreven als: 'seeckere huysinge, kelder en kluys op de [Oude]graft uytkomende, met den hof daarachter [..], vanouts genaamt den Haan met den vrijen in- en uytgangh van voor van de straat door seeckere poort ofte gangh, tot in den hoff van de voors. huysinghe alles staande en gelegen binnen deeze stadt agter 't Wijstraat [..] *  . De benedenverdieping was pastorie, de bovenverdieping werd als kerk ingericht. De ingang was aanvankelijk alleen mogelijk via de Wal, door een huis en tuin naast de statie gelegen. Later kon men binnenkomen vanaf de Oudegracht via een steegje. Uit een schrijven van Van Hees uit 1720 blijkt dat de statie dan al aan St. Martinus gewijd is. Van Hees, vanaf 1718 ook aartspriester, werd in zijn parochiale werk bijgestaan door een kapelaan en ca. veertig klopjes *  . Hij stierf in 1731. De statie was al in 1724 overgeschreven op naam van Elisabeth van Oostrum, wed. Achterberg; leden van deze familie zouden ook in de achttiende eeuw een belangrijke rol in de statie blijven spelen *  .

In 1753 werden twee aangrenzende woningen met uitgang aan het Haanesteegje aangekocht. Dit maakte een betere toegang mogelijk, ook voor het nieuwe kerkgebouw dat in 1754 werd gebouwd in de pastorietuin ter vervanging van de oude en door zijn bouwvalligheid gevaarlijk geworden kerk in het bovenhuis *  .

De parochie telde eind achttiende eeuw zo'n 800 communicanten, een aantal dat medio negentiende eeuw was opgelopen tot 1800 *  .

Na het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie in 1853 werd bij aartsbisschoppelijk besluit van 25 augustus 1855, ingaande op 31 december van dat jaar, in plaats van de 'voormalige statie van Sint Martinus, bijgenaamd in de Twijnstraat, canoniek opgerigt eene parochie van den H. Martinus [..], waarvan de grensscheiding is als volgt: De parochie van den H. Martinus bevat in zich de wijk B, met uitzondering van hetgeen ten westen der Oudegracht en ten noorden van de Geertesteeg en het Geertekerkhof is gelegen. Vervolgens bevat zij de buitenwijk K, ten zuiden van den Krommen Rijn gelegen, loopt van daar opwaarts, met om- en insluiting van het goed Klein Amelersweerd gelegen onder Rijnauwen, zoowel als Oudwulven tot de Oudwulverbroekwetering; welke wetering tot en met de noordergrens van den polder Waijen, de Laag-Ravensche wetering, met eene lijn doorgetrokken tot de Dwelfsloot hare grenzen zijn ten overstaan van de parochiën van Bunnik, Houten en Jutphaas terwijl eene lijn vanuit de Dwelfsloot, zijnde het uiteinde der parochie van Oudenrijn, in eene noordwaartsche rigting en dus met insluiting van den steenoven van Rosen tot de Kruisvaart, en deze Kruisvaart tot en met het einde van wijk K hare omschrijving besluiten' *  . Dit gebied valt voor een groot deel samen met dat van de middeleeuwse St. Geerteparochie *  . De door de voormalige statie gebruikte kerk werd als parochiekerk aangewezen *  . Per 1 januari 1856 trad het nieuwe kerkbestuur in functie *  .

In de tweede helft van de negentiende eeuw groeide het aantal communicanten fors: in 1872 bedroeg het 2450 *  . De groei was onder meer te danken aan nieuwbouw, zowel binnen als buiten de stadswallen. Ze was aanleiding voor de bouw van een nieuwe kerk. In de jaren vóór 1900 kocht de parochie met dit doel omliggende huizen en grond. In 1899 begon de sloop van de belendende panden en in februari 1900 kon de aanbesteding van kerk en pastorie plaatsvinden. Op 25 september 1901 kon de door A. Tepe in neo-gotische stijl ontworpen kerk worden ingewijd.

Als gevolg van de enorme toename van het aantal parochianen (het aantal zielen lag begin twintigste eeuw rond de 4000), besloot men in 1924 tot de oprichting van de zelfstandige St. Gertrudis-parochie, met een kerk in de Amaliadwarsstraat (Rivierenwijk). In 1942 werd het grondgebied opnieuw verkleind door de oprichting van de parochie St. Jan de Doper, met een kerk aan het Plettenburgplantsoen (Tolsteeg).

Afgezien van deze afsplitsingen vertoonde het getal der parochianen tot in de jaren vijftig een opwaartse lijn. Daarna deden zich ook in deze parochie de ontkerkelijking en de leegloop van de binnenstad gevoelen. Eind jaren zestig werd het pastoraat van de parochie met dat van de andere twee resterende binnenstadsparochies St. Augustinus en St. Catharina verenigd in een binnenstadsteam. Voor St. Martinus mocht de reorganisatie uiteindelijk niet baten. Al in 1969 sloot de pastorie en trokken de pastores in bij die van St. Catharina. In 1974 was het naar de mening van pastores en kerkbesturen gezien de pastorale en financiële situatie niet meer verantwoord alle drie kerken in de binnenstad te blijven gebruiken. De St. Martinus werd opgeofferd en in september 1974 gesloten. Sloop werd voorkomen omdat het ministerie van CRM de kerk op de monumentenlijst plaatste. Een tijdlang verkommerde het gebouw tot het uiteindelijk werd verbouwd tot appartementen. De parochie bestaat formeel nog steeds.

De St. Martinus-parochie omvatte een van de armste delen van de stad. De `klompenparochie' telde vele arbeidersgezinnen die nauwelijks wisten te overleven *  . Het zal dan ook geen toeval zijn dat juist in deze parochie, naast de geregelde armenzorg, door pastoor Kok in 1877 de Martinusvereniging werd opgericht, ter ondersteuning van armen en zieken *  .

Op gezamenlijk initiatief van de pastoors van St. Martinus en St. Catharina werd een parochiale school gebouwd, bestemd voor arme kinderen uit beide parochies. Begin 1888 kon de Leoschool aan de Abstederdijk van start gaan. Het onderwijs aan de jongens werd verzorgd door lekenonderwijzers, dat aan de meisjes door de Zusters van Liefde. Omdat met het bestuur der St. Catharina-parochie niet tot overeenstemming kon worden gekomen over uitbreiding van de school, kocht de St. Martinus-parochie zich uit en bouwde in 1904 een eigen parochieschool, de St. Ludgerusschool in de Gansstraat *  . Rond 1915 werd een tweede parochiale school geopend, de St. Martinusschool in de Achter Twijnstraat (op de plaats der oude kerk), tevens dienst doend als patronaat en vergaderlokalen; deze school was feitelijk een overname van de oude door het aartsbisdom opgerichte burgerjongensschool *  . In 1923 volgde nog de bouw van een school voor jongens en meisjes in de Amaliadwarsstraat; deze school ressorteerde vanaf 1924 onder de nieuwe St. Gertrudis-parochie *  .

De parochie kende een bloeiend verenigingsleven. Als elders was dit in de negentiende eeuw voornamelijk van religieuze aard. Al in 1720 werd op instigatie van pastoor Van Hees de Aartsbroederschap van de Allerheiligste Drievuldigheid opgericht *  . In 1873 werd een vrouwenafdeling van de Congregatie van de Heilige Familie opgericht. In 1881 volgde oprichting van het zangkoor Cantate Domino. Vanwege de groei van het aantal verenigingen in de twintigste eeuw werd in 1921 een nieuw verenigingshuis gebouwd in de tuin achter de St. Martinuskerk. In 1937 werd het jeugdwerk ondergebracht in één der voormalige percelen van de oude brouwerij 'de Boog', nu omgedoopt tot Don Boscohuis *  .