De financiële positie van de R.C. Armenkamer was in 1746 na de scheiding met de Oude Rooms-Katholieke Aalmoezenierskamer allesbehalve gunstig. Men verwachtte wel dat katholieken van de paterszijde meer zouden gaan bijdragen aan de zorg voor wezen en armen, nu de Armenkamer geheel uit geloofsgenoten bestond. In 1761 verviel praktisch de gehele nalatenschap van Willem de Kock aan de Armenkamer. De vele huizen, landerijen, en vooral brouwerij "De Boog" bleken in de jaren daarna de financiële basis waarop de Armenkamer zijn taken kon uitvoeren.

In 1788 verkreeg men uit nalatenschappen enkele keren speciaal gelden ten behoeve van het Weeshuis. De regenten besloten hierop de boekhoudkundige administratie van Armenkamer en Weeshuis te scheiden. Toen in 1789 de nalatenschap van oud-regent Bernardus van Beek, waartoe onder meer het grote huis "Proeysenborgh" aan de Oudegracht behoorde, de inkomstenbron van het Weeshuis aanmerkelijk vergrootte, kreeg ook het Weeshuis een gezonde financiële basis. De Franse tijd heeft deze bases echter sterk in waarde verminderd. Een groot gedeelte van de gelden waren door de Armenkamer, evenals door vele andere liefdadige instellingen in het land, belegd in staatsobligaties. Door de tiërcering van de staatsschuld in deze tijd en in de eerstvolgende decennia van de negentiende eeuw is de opbrengst van deze obligaties zeer veel minder geworden. Een bijkomende tegenvaller was de verhoogde belasting die de brouwerij moest afdragen, terwijl door de grote armoede onder de bevolking de omzet was verminderd. Men was gedwongen over te gaan tot verkoop of verhypothekering van effecten. Verscheidene malen heeft men bij de stedelijke overheid een subsidie aangevraagd, maar deze is slechts zelden verleend.

Ook het tweede bestuur (1841) en het Parochiaal Armbestuur (1855) behielden de ingevoerde scheiding van de financiële administratie in Armenkamer en Weeshuis. Het opnemen van bejaarden in het Weeshuis geschiedde altijd voor rekening van de Armenkamer. Hoewel er ook betalende oude lieden werden opgenomen, soms op lijfrentebasis, waren het meestal mensen die al bedeling ontvingen. Daar legaten nog steeds speciaal voor de wezen werden nagelaten, bleef de financiële zorg voor bejaarden bij de Armenkamer berusten. De adjunct-secretarissen die het Armbestuur in dienst heeft gehad werden door Armbestuur en Weeshuis ieder voor de helft gesalarieerd. Tot 1885 hanteerde men in de boekhouding het kameralistische systeem, daarna kwam het enkel boekhouden in gebruik.