De oprichting van de R.C. Armenkamer vond plaats op 1 juni 1746, en werd een week later bekrachtigd tijdens de eerste vergadering van regenten. Voor de katholieke armen- en wezenzorg een punt van ommekeer. Sinds 1674 bestond in Utrecht de Rooms-Catholieke Aelmoessenierscamer, opgericht nadat de Stadsaelmoessenierscamer besloot slechts de onkerkelijken te bedelen, en kerklidmaten aan de eigen diaconieën over te laten. De door de katholieken met elkaar ondernomen zorg voor de geloofsgenoten heeft ongeveer vijfendertig jaar in goede harmonie gefunctioneerd. Dat er daarna binnen de regentenvergaderingen steeds meer spanningen voorkwamen, hing samen met de situatie van de katholieken in Utrecht. Na het schisma binnen de kerk in 1723 ontstonden er ook binnen de Camer twee partijen: de "Cleresiekant", diegenen die men nu Oud-Katholieken noemt, en de "Paterszijde", de Rooms-Katholieken. Dat de bedelingen en wezenzorg hier invloed van ondervonden kon niet uitblijven.

Men zorgde een gelijk aantal Cleresie- en Patersgezinde regenten binnen de Camer te hebben, en trachtte aldus eendrachtig verder te gaan. Goede intenties alleen bleken echter niet voldoende.
Al in 1723 riepen de partijen de hulp in van de stedelijke overheid bij een geschil *  . Men ontwikkelde echter ook nieuwe initiatieven, vooral in de zorg voor katholieke wezen. In de jaren 1729-1739 werd de opnamecapaciteit van wezen uitgebreid door de aankoop van gebouwen in de Mariahoek. Deze ontwikkeling leidde weer tot nieuwe zorgen: patersgezinde kinderen moesten ter kerke gaan bij een patersgezinde pastoor onder leiding van een patersgezinde weesmoeder; een dergelijke regeling was er ook voor de "cleresie"-kinderen.

In het begin van 1746 liepen de problemen hoog op. In een "pro memoria" beschrijven de regenten in 1777, eenendertig jaar later, deze moeilijkheden en haar gevolgen aldus: "De Rooms Catholieke regenten, in het begin van den jaare 1746 in ervaringe gekoomen zijnde dat er in 't R.C. Kinderhuis waaren ingebragt nieuwe ongewoone boeken, door welkers gebruik en lezing hunne kinderen, welke daartoe door kleyne beloningen wierden aangewakkert, ongevoelig den Dwaalleer van Jansenius tot haar eeuwig zielsverderf zouden mogen inademen, ontstond daaruit tusschen hun en hunne mede Regenten, dezelve Leer toegedaan, zulk een twist, tweespalt en onverzoenlijke verbittering, dat de eerstgenoemde niet voorziende langer gemoedshalven met eikanderen te kunnen blijven in het dusver gemeen bestier van derzelver respective armen en Kinderhuis, al op den 21 february deszelves Jaars aan Haar Edel Achtbare hebben gepresenteert zeker request ten fine van dissolutie en Scheiding, met dat gevolg, dat Parthijen na iterative besoignes voor Heeren Commissarissen uit haar Edel Achtbare ten dezen gedeputeert, het eindelijk zijnde eens geworden zo nopens de scheiding als deszelfs forme .... en heeft elks byzonder bestier diensvolgens ten aanzien van de bejaarde bedeelt wordende armen aanvang genomen met den eersten juny, en wegens de minderjarige arme ouderloose kinderen met den eersten September 1746" *  .

Zo was dus een scheiding tot stand gekomen binnen de R.C. Aelmoessenierscamer. De "cleresie"-aanhangers gingen na 1746 verder als de Oude Rooms-Katholieke Aalmoezenierskamer, later afgekort tot O.R.K. Aalmoezenierskamer, de "paters"-zijde verenigde zich in de R.C. Armenkamer, hoewel zij zich, tot grote verwarring, ook nog wel eens R.C. Aelmoessenierscamer noemden.
Was de officiële scheiding vrij snel tot stand gekomen, een definitieve afwikkeling liet op zich wachten. Pas in 1747 werd bij notaris Hendrik van Dam de "acte van partage" verleden. *  Hierin werd de verdeling van de gezamenlijke bezittingen geregeld, een verdeling in twee gelijke parten, die deels door loting was geschied. Enkele eigendommen leverden problemen op; deze werden ofwel later geliquideerd ofwel ongedeeld gelaten, waarbij het jaarlijkse revenu beide kamers ten goede kwam. Dit laatste gebeurde bijvoorbeeld met de nalatenschap van Gerardus Pelt. Deze regeling werkt tot op de dag van vandaag nog na.

De Oude Rooms-Katholieke Aalmoezenierskamer stelde het op prijs het kinderhuis aan de Mariahoek voor zich te behouden: men betaalde er de "paters"-gezinden f 7.000, = in obligaties voor. De kinderen behorend tot de R.C. Armenkamer verhuisden met het door hen gebruikte meubilair naar het huis "Zoudenbalch" in de Donkerstraat. De zuidzijde van dit huis, dus aan de Donkerstraatkant, was door de regenten namelijk de tiende juli 1746 gekocht van de gezusters Braconier *  . In 1788 werd tevens de noordelijke helft, tussen Donkerstraat en Mariastraat, in eigendom verkregen, zodat men ook de ingangspoort aan de Mariastraat kon gebruiken.

Een verdeling van de oude jaarrekeningen, resolutieboeken e.d. werd minder raadzaam geacht, en men sprak af deze onder een neutraal persoon te laten berusten. Deze bepaling is niet ten uitvoer gebracht, en de bescheiden van de R.C. Aelmoessenierscamer 1674-1746 zijn, voor zover zij bewaard zijn gebleven, in het archief van de Oude Rooms-Katholieke Aalmoezenierskamer terecht gekomen. De stukken betreffende de vroegere Camer en de daarop volgende scheiding die in het archief van de R.C. Armenkamer werden aangetroffen zijn als apart onderdeel in de inventaris opgenomen.

Dat de scheiding zijn sporen naliet bij de regenten van de Armenkamer blijkt uit het feit dat tot in de negentiende eeuw nieuw aangestelde regenten verplicht werden een verklaring te ondertekenen, waarin men beloofde niet tot het "jansenisme" te zullen overgaan, noch op enigerlei wijze contacten met aanhangers van deze richting te zullen onderhouden *  .