Reeds voor 1870 bestonden er in Nederland enkele gemeenschappen op "modernistische" grondslag. In Dokkum kende men de "Dokkumer krans", een kring van intellectuelen die zich bezig hield met de studie van het modernisme, en in Den Haag bestonden de "Haagse Heren", een geloofsgemeenschap van "modernen". Deze twee gezelschappen, die zich tot doel stelden religie en cultuur met elkaar in overeenstemming te brengen, vonden elkaar en richtten in 1870, in navolging van de "Deutsche Protestanten Verein", de "Nederlandse Protestanten Bond" op *  . Hierbij stond hen voor ogen, de vrije ontwikkeling van het godsdienstige leven te bevorderen zowel binnen de kring der kerkgenootschappen als daarbuiten, zowel in Nederland als in zijn koloniën *  .

Al spoedig ontstond er binnen de Bond een meningsverschil over zijn positie ten opzichte van de bestaande kerken. Sommigen, aanhangers van prof. dr. L.W.E. Rauwenhoff, wilden deel blijven nemen aan het kerkelijk leven en daarnaast in de Bond de gelegenheid vinden om het modernisme te bestuderen en te verbreiden. Zij zagen de N.P.B. als een verzamelpunt voor alle modernen uit alle kerken. Anderen waren het eens met prof. mr. C.W. Opzoomer, die zich voorstelde dat op de duur de vrijzinnigen de kerken zouden verlaten en onderdak zouden vinden in de N.P.B. Deze controverse werd opgeheven, toen in 1903 vele Vrijzinnige Hervormden, onder de bezielende leiding van dr. C.J. Niemeyer, secretaris van het bondsbestuur, uit de Bond traden om in de Hervormde kerk het recht van de vrijzinnigen te gaan verdedigen. Niet lang daarna zou de Vereniging van Vrijzinnige Hervormden worden opgericht. In 1923 werd op instigatie van de Bond de "Centrale commissie voor het vrijzinnig protestantisme" opgericht. Onder invloed van deze commissie ging de Bond zich allengs meer openstellen voor de vrijzinnigen van de verschillende kerkgenootschappen. In 1936 kwam een "gentleman's agreement" tot stand, waarbij de N.P.B. afzag van het idee een afzonderlijk kerkgenootschap te vormen en de mogelijkheid opende voor vertegenwoordigers van de Doopsgezinden, Luthersen, Remonstranten en Vrijzinnige Hervormden om als stemgerechtigd lid aan het hoofdbestuur deel te nemen.