De gemeenten die na de Afscheiding van 1834 ontstonden kregen binnen enkele jaren verschil van mening over de plicht zich bij de landsregering aan te melden als nieuw kerkverband. Gemeenten die dit weigerden leefden voort als Gereformeerde Kerk onder het kruis. Gemeenten die overheidserkenning aanvroegen verenigden zich als Christelijke Afgescheiden (Gereformeerde) Kerk en ontvingen als zodanig toestemming als nieuw kerkverband op te treden.

Na enkele mislukte pogingen tot organisatie van de zending, droeg de synode van deze kerk in 1854 de zendingsarbeid op aan het college van curatoren en docenten van de in datzelfde jaar geopende Theologische School te Kampen *  . Een "reglement tot bevordering van de zendingszaak" komt in 1861 gereed. Het college neemt kwekelingen aan, begeleidt hen bij hun opleiding aan de Theologische School, kiest zendingsterreinen en beheert de zendingskas. Een commissie van drie personen is belast met de uitvoering van de besluiten van het college en de overige lopende zaken. Deze commissie groeit uit tot een vaste zendingscommissie, waarin de docenten, twee curatoren en de penningmeester zitting hebben *  .

De Christelijke Afgescheiden gemeente van Kampen zendt in 1863 de eerste zendelingen uit naar Suriname, waar men na de afschaffing van de slavernij een goede akker voor het zaad van het evangelie hoopt aan te treffen. Door geldgebrek echter moeten beide zendelingen (C. de Best en B. Veenstra) in 1864 naar Nederland terugkeren. Veenstra gaat daarop in Zeeland werken ten dienste van de inwendige zending. Een jaar later vertrekt De Best naar Oengaran op Java, maar zijn gezin en hij zelf worden er zo ziek, dat repatriëring eind 1866 noodzakelijk is. Geschikte opvolgers zijn dan niet voorhanden, terwijl althans de docenten in de commissie onvoldoende tijd voor de zendingszaak kunnen vrijmaken. Herbezinning leidt in 1872 tot reorganisatie. De synode van de Christelijke Gereformeerde Kerk benoemt in dat jaar een Algemene Zendingscommissie, waarin elke provinciale vergadering met een persoon wordt afgevaardigd. De opleiding verhuist naar ds. J.H. Donner in Leiden en wordt zesjarig. Donner wordt in 1877 benoemd tot zendingsdirector. Als hij in 1880 het Tweede Kamerlidmaatschap aanvaardt, neemt de Theologische School het litterarische deel van de opleiding over.

De Commissie zendt zelf uit. Hoewel de plaatselijke gemeenten dit in strijd achten met het presbyteriaans kerkrecht, ziet zij vooralsnog geen mogelijkheid om tot zending vanuit de plaatselijke gemeenten te komen. De zendingsarbeid wordt na 1873 voortgezet op Java. In Batavia en Soerabaja ontstaan door de arbeid van zendelingen zendingsgemeenten, die veel moeite doen om door de overheid als zelfstandige kerken te worden erkend. Het aanbod van Ds. E.W. King (1824-1885), predikant bij de Vrije Schotse Kerk, om zijn Rehobothkerkje te Meester Cornelis op Java over te nemen, moet wegens gebrek aan belangstelling worden afgewezen. NGZV-zendeling Van Alphen wordt in 1884 door de zendingscommissie overgenomen zodat, hoewel na veel strubbelingen, Soemba als zendingsterrein wordt verkregen. De kerken te Batavia en Soerabaja ontvangen elk van de overheid erkenning als vereniging, niet als kerk, hetgeen de dolerende kerken ervaren als een vorm van capitulatie. Na het samengaan van de Christelijke Gereformeerde Kerk en de Nederduitsche Gereformeerde Kerken doet het plan om beide gemeenten los te laten veel stof opwaaien, niet in het minst vanuit de gemeenten zelf. Bij dat samengaan in 1892 was namelijk besloten: "De zending zij een gemeenschappelijke zaak der Kerken en omvatte bij den aanvang al wat tot dusver van beide zijden is gedaan" *  .