De heerlijkheid van het Overeind van Jutphaas werd in 1608 aan Nicolaas de Malapert verkocht. *  Na zijn overlijden in 1615 ging de heerlijkheid van het Overeind van Jutphaas over naar zijn beide zusters Catharina en Susanna de Malapert. Zij verkochten in 1617 de heerlijkheid met het huis Plettenburg aan Louis de Malapert, maar op voorwaarde dat Catherina gedurende haar leven vrouwe over de heerlijkheid zou blijven. Toen zij in 1620 overleed werd Louis de Malapert ook in naam heer van Jutphaas. In 1623 werd hij daarnaast in opdracht van de heer van Vianen, Hans Wolphard van Brederode, ook nog beleend met de heerlijkheid van het Nedereind van Jutphaas. Louis de Malapert en zijn zoon Lodewijk bezaten dus zowel het Over-als het Nedereind van Jutphaas. *  Ondanks het feit dat de heerlijkheden in één hand waren, bleven zij gescheiden omdat zij niet leenroerig waren aan dezelfde instantie. De heerlijkheid van het Overeind van Jutphaas was leenroerig aan het huis Loenersloot en de heerlijkheid van het Nedereind van Jutphaas aan het Sticht.

Beide heerlijkheden hadden hun eigen schepenen; in de tijd van De Malaperts had men de schout en de secretaris echter gemeenschappelijk. Het patronaatsrecht van de kerk van Jutphaas behoorde aanvankelijk niet aan de heer van Jutphaas. Van oorsprong kwam dit recht toe aan de familie Van Lent tot het in 1245 door IJsbrand van Lent werd overgedragen aan het kapittel van Oudmunster te Utrecht. *  In de 17e eeuw wordt het recht geclaimd door zowel het kapittel van Oudmunster als door de Staten van Utrecht. In 1635 blijkt Adriaan Ploos van Amstel, heer van Oudegein, door de Staten van Utrecht met het patronaatsrecht van de dan hervormde kerk beleend te zijn, terwijl hij het bovendien in erfpacht houdt van het kapittel van Oudmunster. Naast deze belening door de Staten echter hebben deken en kapittel van Oudmunster dit recht nog weer in erfpacht gegeven aan dezelfde Adriaan Ploos van Amstel. Het probleem schuilt nu in het feit dat de heer van Rijnhuizen ook enige zeggenschap verworven blijkt te hebben in de benoeming van de predikanten en kerkmeesters. In 1666 verkoopt de heer van Rijnhuizen zijn 'helft' van het patronaatsrecht aan Louis de Geer (1622-1695). *  In 1702 kreeg de al eerder genoemde Karel de Geer het patronaatsrecht in handen, gekocht uit de nalatenschap van Gerard Ploos van Amstel.

Na de dood van Louis de Malapert in 1691, zoon van Lodewijk en Leonora d'Ablaing, gingen de heerlijkheden over op zijn broer Pieter, en na diens overlijden in 1738 op zijn zoon Louis. Deze Louis de Malapert trad in 1739 in het huwelijk met Louise de Geer (1712-1751), dochter van Jan Jacob I. Nadat hun zoon Pieter in 1806 kwam te overlijden, werden de heerlijkheden op de al eerder genoemde openbare verkoping aan Barthold de Geer en Isaac Schalij verkocht.