Op 30 april 1862 werd op initiatief van de heren J.G. Verhoeff, O.G. Heidring, J.J. van Toorenenbergen, J.H. Gunning en J.W. Felix en anderen in vergadering bijeen te Utrecht, besloten tot het stichten van een vereniging onder de naam "Evangelisch-Confessioneele Predikanten-Vereeniging". Van deze vereniging werden zowel ethischen als confessionelen lid. Van Toorenenbergen werd tot voorzitter gekozen. In de predikantenvergadering van 1864 werd op voorstel van het moderamen besloten tot de oprichting van een "Vereeniging van leeraren en leden der Nederlandsche Hervormde Kerk, tot verschaffing van hulp en leiding aan gemeenten en personen in de Nederlandsche Hervormde Kerk, die om des geloofswil in nood verkeren". De initiatiefnemers waren Groen van Prinsterer, Heidring en Van Toorenenbergen. De ethische richting ontbrak nu. Predikanten, ouderlingen en leden van de hervormde kerk werden samengeroepen om te spreken over de wenselijkheid en de grondslag van zo'n vereniging. Deze samenkomst werd gehouden op 12 oktober 1864 te Utrecht. Aanwezig waren 69 predikanten en 50 ouderlingen en leden. Met algemene stemmen ging men akkoord met de oprichting van de vereniging, zoals deze in de concept-statuten was beschreven *  .

Op 27 april 1865 vond te Utrecht de eerste algemene ledenvergadering plaats; 58 predikanten en 103 ouderlingen en leden waren hier bij elkaar gekomen. De vergadering werd voorgezeten door Van Toorenenbergen. Besloten werd een kennisgeving van de oprichting aan de synode te sturen. De concept-statuten werden goedgekeurd en de leden van het eerste hoofdbestuur werden gekozen. Allen namen hun benoeming aan, behalve Groen van Prinsterer, die men graag als voorzitter had gezien. In zijn brief van 8 mei 1865 schrijft Groen: In antwoord op uwen brief van 28 april j.l., betuig ik mijne erkentelijkheid voor het vertrouwen mij betoond. Verder zal het U niet bevreemden dat ik mij, na dezer dagen, ook om redenen van gezondheid de tweede kamer te hebben verlaten, mij ongeschikt reken voor eene taak, die, in de tegenwoordige omstandigheden, velerlei overleg en werkzaamheid medebrengt. Behoefte is het mij, ofschoon op zichzelf overbodig hierbij te voegen dat ik in de Vereeniging een gunstig teken van ontwakend geloofsleven, met dankbare heilsbede, waardeer *  . Het eerste hoofdbestuur bestond uit ds. G. Barger voorzitter; B.J.L. de Geer van Jutfaas vice-voorzitter; ds. J.W. Felix secretaris; J.A. Grothe algemeen adjunct; C.Th. van Lynden van Sandenburg penningmeester.

In de eerste vergadering van het hoofdbestuur op 30 mei 1865 werd besloten de naam van de vereniging te veranderen in "Confessioneele Vereeniging van Leeraars en leden der Nederlandsche Hervormde Kerk", kortweg "Confessioneele Vereeniging". Deze naam werd goedgekeurd in de eerstvolgende algemene ledenvergadering van 26 april 1866. Namens het hoofdbestuur deelde de voorzitter mee wat men hieronder verstond: Eene Confessionele Vereeniging is, naar onze mening, een Vereeniging, die niet aan de wetenschap en niet aan de consciëntie of het bewustzijn van het individu, maar alleen aan de wettig bestaande belijdenis der Kerk de uitspraak over laat, over wat in de Kerk regt heeft van bestaan of niet *  . Tijdens deze vergadering werden de uiteindelijke statuten goedgekeurd. De koninklijke goedkeuring volgde pas op 13 februari 1869.

De Confessionele Vereniging stelde zich op het standpunt - zo blijkt uit de zeven grondbepalingen in de "Grondslag en Statuten der Confessioneele Vereeniging" - van het onbekrompen en ondubbelzinnig vasthouden aan de geldigheid van de belijdenis. De doelstelling is als volgt geformuleerd: Op dezen gronden en in de overtuiging, dat onderling hulpbetoon niet minder door den uitgedrukten wil des Heeren, dan door den nood der tijden geboden wordt, besluit de Vergadering tot de vestiging van eene Vereeniging, waardoor de belangen der Hervormde gemeenten in haren tegenwoordig en strijd kunnen worden behartigd, door middel van het werken en versterken van een levendig geloof in den kring der gemeenten; het verschaffen van raad, leiding en hulp aan gemeenten en personen, die door kerkelijke bepalingen, of door gebrek aan vervulling van hunne geestelijke behoeften in nood verkeren; het verkrijgen, in den wettigen weg, van de wegneming uit onze kerkorde van al zulke bepalingen, die niet in overeenstemming zijn met den toestand, waarin de Kerk door de leervrijheid in onzen dagen verkeert *  .

Dit standpunt - zoals boven uiteengezet - was in feite ingegeven door Groen van Prinsterer, die, alhoewel hij geen voorzitter was geworden, in deze eerste jaren een zeer grote invloed heeft gehad op de Confessionele Vereniging. Hij was het die meende dat door het onbekrompen en ondubbelzinnig vasthouden aan de belijdenis, de kerk weer gezond gemaakt kon worden. De leertucht stond bij hem op de eerste plaats, de reorganisatie van de kerk op de tweede plaats. Dit standpunt heeft velen, die de fouten in de kerk met name in haar organisatie zochten, doen overgaan tot de Doleantie van 1886. De Confessionele Vereniging heeft in deze jaren vele van haar leden zien vertrekken *  .

Het is vooral Ph.J. Hoedemaker geweest die in later jaren zijn stempel op de Confessionele Vereniging heeft gedrukt en haar in andere richting heeft gestuurd. Hoedemaker kwam-mede door zijn discussies met Kuyper-tot het inzicht dat de volgorde in de strijd voor kerkherstel moest worden omgekeerd: eerst was reorganisatie nodig, dan pas kon reformatie worden bereikt. De kerk moest gereorganiseerd worden naar het model van de oude presbyteriale kerkorde. De kerkelijke vergaderingen moesten in ere worden hersteld zodat de kerk niet langer op bestuurlijke wijze zou twisten over het al of niet handhaven van de belijdenisgeschriften, maar zich (...) op geestelijke wijze zou kunnen bezighouden met het functioneren van haar belijdend karakter *  .

De Confessionele Vereniging plaatste zich nu op het standpunt van Hoedemaker. Dit leidde in 1893 dan ook tot een wijziging in de statuten. Hierin werd erkend dat de belijdenis langs kerkelijke weg aan de Heilige Schrift moet worden getoetst; dat de kerk een ware kerk is die echter in een abnormale situatie verkeert; en dat de roeping van de gelovigen is in de kerk te blijven om daar aan het herstel der kerk te werken *  . Sindsdien heeft de Confessionele Vereniging zich voornamelijk op twee doeleinden gericht: 1. De reorganisatie van het kerkelijk bestuur. 2. Het eerherstel van de belijdenis. Tot ieders verbazing bedankte Hoedemaker in 1897 als lid van de Confessionele Vereniging. Hij maakte zijn besluit bekend in het geschrift Heel de kerk en heel het volk. In het streven van de Confessionele Vereniging zag hij een te groot gevaar van de verdeeldheid binnen de kerk.

In de eerste jaren na de oprichting richtte de Confessionele Vereniging zich vooral op de plaatselijke gemeenten. Daar waar de "getrouwe verkondiging van het Evangelie" ontbrak, werden evangelisaties opgericht. In deze gemeenten moest door de prediking van jonge evangelisten een ander geestelijk klimaat geschapen worden zodat in de toekomst de beroeping van een rechtzinnig predikant mogelijk zou zijn. Degenen die als evangelist bij de Confessionele Vereniging in dienst wilden treden moesten in het bezit zijn van het radicaal van godsdienstonderwijzer. Bezat men dit diploma niet dan kreeg men de benodigde opleiding onder leiding van een predikant om na enkele jaren bij gebleken geschiktheid door het hoofdbestuur geëxamineerd te worden. Ook waren er reizende evangelisten en werd een reizend predikant aangesteld. In 1867 werd ds. P. Huët, voormalig predikant in Transvaal, door ds. J.W. Felix in de Domkerk te Utrecht bevestigd als eerste reizend predikant. Na zijn vertrek werd deze functie nog bekleed door ds. L. Cachet en door ds. A. van Schelven. Voornamelijk vanwege financiële noodzaak werd de functie eind 1887 definitief opgeheven.

Verder hield het bestuur zich in deze jaren bezig met het nauwlettend volgen van de voorstellen en besluiten van de synode en riep zij kerkeraden en gemeenten op om protesten te laten horen. Dit was onder meer het geval in de bekende doopkwestie rond 1870. Er waren toen predikanten die niet doopten in de naam des Vaders, des Zoons en des Heiligen Geestes, maar zich van afwijkende formules bedienden. De Confessionele Vereniging gaf aan de kerkeraden het advies de doop die met afwijkende doopformules was geschied niet meer als wettig te erkennen. In 1879 kwam bij het bestuur het idee op om een bond van kerkeraden op te richten tegenover de synode. Aan verschillende kerkeraden werd een uitnodiging gestuurd om op 13 juni te Leiden samen te komen. Slechts de kerkeraden van Amsterdam, Arnhem, Leiden, Middelburg en Utrecht gaven hieraan gehoor. Deze vergadering is bekend als "Leidsche Vergadering der correspondenten". Vanwege het gebrek aan belangstelling voor zo'n kerkeradenbond, besloot men in 1882 van het plan af te zien.

Al spoedig bestond ook de behoefte aan een eigen orgaan. Aanvankelijk had men zich beholpen met de vliegende blaadjes van de hand van ds. Van den Bijtel uit Nunspeet, die gratis aan de leden werden toegestuurd. Toen eind 1876 de blaadjes van Van den Bijtel ophielden, besloot men gebruik te maken van een tweemaandelijks blad met de titel: Guido de Bres, mededeelingen van de Confess. Vereeniging. Hoofdredacteur was ds. J.W. Felix. Dit blad was het eerste eigen orgaan van de Confessionele Vereniging. In 1888 verscheen onder eindredactie van Ph.J. Hoedemaker het eerste nummer van de De Gereformeerde Kerk. Hieraan werd vaste medewerking verleend door de predikanten J.W. Felix, J. Nierstrasz, J.P. Eringa, J.G. Verhoeff en H. Malcomesius. Al spoedig werd door het hoofdbestuur besloten om als Confessionele Vereniging haar medewerking aan dit weekblad te verlenen. Hoedemaker stelde vanaf juli 1890 het blad ter beschikking van de Confessionele Vereniging. Deze samenwerking is gebleven, al is om misverstand te vermijden later Hervormd Weekblad voor de oude naam geplaatst *  . Het weekblad was in handen van het Comité ter verspreiding van de beginselen der Confessionele Vereniging en was het officiële orgaan van de vereniging.

In het begin van deze eeuw onderging de Confessionele Vereniging een nieuwe aderlating door de oprichting van de Gereformeerde Bond in 1906. In de jaren '30 hield de Confessionele Vereniging zich voornamelijk bezig met de reorganisatie van de kerkerde. De synode had in 1927 op verzoek van de Confessionele Vereniging, aan de Algemeen Synodale Commissie opdracht gegeven een reorganisatiecommissie samen te stellen. Hierin werden gekozen de confessionelen Th.L. Haitjema en A.B. te Winkel, M. van Grieken uit de Gereformeerde Bond, J.C.S. Locher van de Kohlbrüggianen, en J. Riemens van de ethischen *  . Toen het reorganisatievoorstel van de commissie werd verworpen besloten de bovengenoemde personen tot stichting van het "Nederlandsen Hervormd Verbond tot Kerkherstel" op 10 juni 1930, met Haitjema als voorzitter. De vrijzinnigen hadden zich verenigd in "Kerkopbouw".

Na twee mislukte pogingen kwam in 1951 een nieuwe kerkorde tot stand. Krachtens artikel 10 van deze nieuwe kerkorde wilde de hervormde kerk weer een Christus-belijdende kerk worden en weren wat haar belijdenis weerspreekt. Deze kerkorde is voor de Confessionele Vereniging in 1963 aanleiding geweest de statuten te wijzigen. Sindsdien luidt artikel 1: De Confessionele Vereniging, gevestigd te Utrecht, is een vereniging van leden der Ned. Hervormde Kerk, die verklaren: 1e instemmende met de belijdenis der vaderen, vervat in de drie oecumenische belijdenissen en de drie formulieren van enigheid, volstrekte ernst te willen maken met het belijden der kerk, uitgesproken in Art. X der kerkerde der Ned. Hervormde Kerk; 2e te erkennen, dat de H. Schrift de enige bron is der kerkelijke verkondiging, en de enige norm waaraan de belijdenis der Kerk haar gezag ontleent. In artikel 2 onder b erkent de vereniging: dat de Ned. Hervormde Kerk hier te lande, dank zij de kerkorde van 1951, van de beknelling van de organisatie van 1816 bevrijd is, en mitsdien haar de mogelijkheid geschonken is om steeds klaarder als Christus-belijdende geloofsgemeenschap in ons vaderland aan de dag te treden *  .

Na de totstandkoming van de nieuwe kerkorde heeft de Confessionele Vereniging ernstig overwogen zichzelf op te heffen. Het toenmalige hoofdbestuur meende dat opheffing nog niet verantwoord was. Het eerste doel, reorganisatie der kerk, was bereikt, maar het tweede doel, reformatie der kerk, nog niet *  . Het opkomen voor de betekenis en het gezag van de belijdenis zou een belangrijke taak blijven voor de Confessionele Vereniging. Zij stelde zich dan ook ten doel de synode en andere kerkelijke vergaderingen kritisch te begeleiden, door de uitgave van geschriften met name van het Hervormd Weekblad, en door vormend te werken door het houden van voordrachten op de jaarvergaderingen te Woudschoten, en het organiseren van landelijke en regionale studiekringen en conferenties voor predikanten en theologiestudenten *  .

Om lid te kunnen worden van de Confessionele Vereniging moet men lidmaat zijn van de hervormde kerk. Het hoofdbestuur bestaat uit minstens 12 leden, waarvan de helft uit predikanten. De leden van het hoofdbestuur worden gekozen op de algemene ledenvergaderingen die één keer per jaar-meestal in het voorjaar-worden gehouden. Deze jaarvergaderingen worden meestal gekoppeld aan een conferentie die ook voor buitenstaanders toegankelijk is. Deze bijeenkomsten worden meestal gehouden te Woudschoten. Tijdens de algemene ledenvergadering geeft de penningmeester rekening en verantwoording van zijn beheer over het afgelopen jaar. Deze rekening wordt vooraf gecontroleerd door één van de afdelingen, die daartoe door het hoofdbestuur is aangewezen. Het beheer van onroerende goederen berust bij het hoofdbestuur of bij één van de provinciale commissies. Alle onroerende goederen staan op naam van het hoofdbestuur.

De vereniging bestaat uit plaatselijke afdelingen. Zodra in een gemeente tien leden zijn wordt een afdeling opgericht en een bestuur gekozen. Al kort na de oprichting van de vereniging ontstonden overal plaatselijke afdelingen. De oudste afdelingen waren die te Utrecht, Nunspeet, Fijnaart, Leiden, Leiderdorp samen met Zoeterwoude, Hoogeveen en Heerenveen. Verspreid over het hele land ontstonden binnen korte tijd 85 afdelingen *  . De taak van een afdeling is het op lokaal niveau verspreiden van de beginselen van de vereniging door het houden van huishoudelijke vergaderingen en zo mogelijk openbare bijeenkomsten; zij komen op voor de belangen van de plaatselijke gemeente bij de kerkeraad en bevorderen tegelijkertijd de invloed van gemeenteleden op de verkiezing van kerkeraadsleden en de beroeping van predikanten. De afdelingen ressorteren onder het hoofdbestuur of-zo deze er is -onder een provinciale commissie.

Wanneer in een provincie vijf of meer afdelingen bestaan, kunnen deze overgaan tot de vorming van een provinciale commissie. De provinciale commissies bestaan uit minstens vijf leden, die jaarlijks op de algemene ledenvergadering door de leden van de vereniging in de betreffende provincie worden gekozen. Zij kiezen uit hun midden een dagelijks bestuur. Het is de taak van de provinciale commissies om op regionaal niveau de beginselen van de vereniging uit te dragen door het houden van openbare vergaderingen. De provinciale commissies zijn jaarlijks verantwoording schuldig aan het hoofdbestuur; zij doen dit door het geven van een verslag van de werkzaamheden en het indienen van een rekening en verantwoording. Aanvankelijk worden deze commissies subcommissies genoemd. Zo is er in 1867 al een subcommissie in Zuid-Holland met 23 afdelingen; in Noord-Holland is een subcommissie opgericht in 1874. Rond 1890 is er een provinciaal comité in Friesland en later komen er ook in Gelderland, Overijssel en Zeeland commissies.

Naast de provinciale commissies zijn er andere permanente commissies, waarvan de leden door het hoofdbestuur uit haar midden worden gekozen. Het Comité ter verspreiding van de beginselen der Confessionele Vereniging, opgericht in 1895, houdt zich voornamelijk bezig met het uitgeven van het officiële orgaan van de vereniging, het Hervormd Weekblad "de Gereformeerde Kerk". De propagandacommissie is belast met de propaganda en publiciteit van de vereniging, met name bij bijzondere gelegenheden als jubilea en conferenties. Uit de beginperiode dateert het studiefonds. Al op een van de eerste vergaderingen in 1865 werd door ds. O.G. Heidring het idee geopperd om onbemiddelde studenten in de theologie financieel te steunen. Hiertoe werd een commissie opgericht die besloot om provisioneel voor een jaar toelagen te verstrekken aan studenten *  . Hieruit is in de loop van de tijd een blijvend studiefonds ontstaan waaruit aankomende predikanten ondersteuning ontvangen. Daarnaast werd in 1905 opgericht het leerstoelenfonds waaruit gelden beschikbaar worden gesteld voor het houden van gastcolleges voor theologiestudenten aan de Nederlandse universiteiten. Tot een aparte leerstoel voor de confessionele richting is het echter nooit gekomen.

Tenslotte moet nog genoemd worden het fonds Domburg. Als op 19 maart 1869 Jacoba Elisabeth Schorer, weduwe van Aarnout Marinus Snouck Hurgronje, te Middelburg overlijdt, laat zij de Confessionele Vereniging een groot legaat na, bestaande uit een evangelisatiegebouw met woonhuis te Domburg en een bedrag van 40.000 gulden. Voorwaarde was dat de Confessionele Vereniging de evangelisatie te Domburg zelf ter hand zou nemen. Wanneer door de komst van een rechtzinnig predikant de evangelisatie overbodig zou zijn, moest aan het legaat een bestemming worden gegeven in de geest van de bedoelingen van de erflaatster *  . Toen na een langdurige vakature uiteindelijk een rechtzinnig predikant te Domburg werd beroepen, besloot het bestuur van de Confessionele Vereniging de evangelisatie aldaar te beëindigen en het geld te bestemmen voor de stichting van een christelijke school, die in 1878 werd geopend. Het hoofdbestuur wees één van de leden van het moderamen aan als permanente commissaris voor de christelijke school. Het dagelijks bestuur berustte bij een schoolcommissie bestaande uit de kerkeraadsleden van de hervormde gemeente te Domburg, waarmee de Confessionele Vereniging altijd een goede band heeft onderhouden. Op 21 mei 1921 werd de school opgeheven en ging over in handen van de Vereniging voor Christelijk Volksonderwijs. De gelden uit het fonds Domburg worden sindsdien vrijwel geheel besteed aan de activiteiten van de kerkeraad van de plaatselijke hervormde gemeente.