In de synodale vergadering van Utrecht, gehouden van 10 augustus tot 1 september 1619, werd de kerkorde van de nationale synode van Dordrecht aangenomen. Op de vraag van de praeses van de synode, ds. Joannes Langius, of iemand van de aanwezigen bezwaar had tegen deze kerkorde, werd geantwoord: Dat Godt Almachtich de kercke in de provincie soo genaedelyck hadde aengesien, dat deselve nyet alleen in de leere maer oock in de ordre eenicheyt met andere gemyne kercken van onse Unie mochte onderhouden. *  De veertig jaren die liggen tussen de invoering van de Hervorming en voornoemde synode vertonen echter een heel wat minder eensgezind beeld.

Het bij plakkaat van 1580 uitgevaardigde verbod van de publieke uitoefening van de "roomse religie" stuitte op veel weerstand en werd hier en daar op het platteland zelfs in het geheel niet afgekondigd. Er bleven bij de Staten van Utrecht klachten binnen komen over aktiviteiten van katholieke priesters en in 1584 gaf men toe dat de Hervorming vooralsnog mislukt was. * 

In de stad Utrecht bestonden twee stromingen, die het protestantisme elk op hun eigen wijze aanhingen. We zien hier de St. Jacobs-gemeente van de zich geleidelijk van Rome losgemaakte pastoor Hubert Duifhuis, die een ondogmatisch, van uiterlijke schijn ontdane geloofsopvatting predikte. Hij weigerde echter het calvinistisch organisatiemodel met konsistories toe te passen en stond hiermee tegenover de andere groepering, de orthodoxe calvinisten onder leiding van Wernerus Helmichius, Nicolaus Sopingius, Hermannus Moded en-wat later -Johannes Wtenbogaert. Deze kregen in 1578 de beschikking over de Minderbroederskerk en in 1579 over de St. Nikolaas- en de Buurkerk. Zij waren aanhangers van de Dordtse kerkorde van 1574 en gingen over tot het instellen van een konsistorie waarom zij ook wel konsistorialen werden genoemd". * 

Van een duidelijke synodale organisatie kon men in die jaren nog niet spreken. Tot voor kort was er slechts een geloofsbrief uit 1586 bekend, waarin gesproken werd over onse classicale vergaderinge binnen der stadt Utrecht. *  In het archief van de provinciale synode en bovendien in de handschriftenverzameling van het rijksarchief bevindt zich echter een aantal stukken, die erop wijzen, dat er wel degelijk sprake was van een soort classis, die als voorloper van de provinciale synode mag gelden.

Een afschrift van een akte van attestatie door de classis Utrecht uit 1590 voor de naar Delft vertrekkende predikant Wernerus Helmichius bevindt zich in het archief van de provinciale synode. *  Een afschrift van een gelijkaardig stuk uit hetzelfde jaar bevindt zich in de handschriftenverzameling. *  Bovendien treffen wij in het archief van de provinciale synode een brief aan van ds. Franciscus Schuurman, praeses van de synode van Overijssel, aan de classis ofto synodo van Utrecht over de samenwerking van de provinciale synoden aan een nieuwe bijbelvertaling. *  Deze brief is geschreven in 1596 en officieel was er toen nog geen sprake van een provinciale synode van Utrecht. Het is mogelijk dat deze classis (of synode) officieus gefunktioneerd heeft, aangezien volgens de kerkorde van 1590, voor een officiële synode de toestemming nodig was van de Staten van Utrecht en deze maakten niet zo'n haast met de invoering van een kerkelijke organisatie, aangezien dit hun invloed zou beperken. Dit neemt niet weg dat zij zelf pogingen in het werk stelden de hervormde kerk in de provincie Utrecht van de grond te krijgen. Eén der middelen daartoe was het instellen van een visitatiekommissie voor het platteland, die in 1593 moest konstateren, dat de kerkelijke situatie op de dorpen bijna overal chaotisch was * 

In 1606 werd op aandringen van de predikanten, die wilden dat er nu iets gedaan zou worden aan de slechte toestand op het platteland, door de Staten een provinciale synode bijeengeroepen. Tijdens deze vergadering werd duidelijk, dat de Hervorming op het platteland nog lang niet voltooid was. Men klaagde steen en been over de ondermijning van de hervormde kerken door katholieke bedieningen, bijgeloof en het houden van markten en andere aktiviteiten tijdens de zondagse predikaties. *  Hetzelfde beeld werd geschetst in 1612 toen de tweede provinciale synode bijeenkwam. * 

Het waren echter niet alleen de katholieken die voor problemen zorgden, ook intern bleven er leerstellige verschillen. In 1618 vonden er, gebaseerd op deze meningsverschillen, twee synoden plaats, een remonstrantse en een contraremonstrantse. *  De nationale synode van Dordrecht maakte aan deze situatie een einde, zij sprak zich uit voor de contraremonstranten. De provinciale synode van 1619 aanvaardde de kerkorde, die de nationale synode van Dordrecht had opgesteld.

Deze kerkorde bleef van kracht tot 1816, toen door koning Willem l met de invoering van het Algemeen reglement voor het bestuur der Hervormde Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden, tegen het calvinistisch principe in, de kerkelijke organisatie onder het toezicht van de regering werd geplaatst. Het provinciaal kerkbestuur van Utrecht was geboren. Protesten tegen het algemeen reglement bleven niet uit. Vooral de orthodoxe calvinisten vonden de invloed van de wereldlijke overheid te groot en vreesden dat dit gevolgen zou hebben voor de godsdienstvrijheid en de zuiverheid van de leer. Dit leidde onder andere tot de Afscheiding in 1834 en later tot de Doleantie in 1886. * 

In 1852 eindigde met het Nieuw Algemeen reglement voor de nederlandse hervormde kerk de bemoeienis van de overheid, maar de regeling van 1816 bleef in veel opzichten door de kerk zelf gehandhaafd. Dit omdat er in de algemene synode, die de rol van de koning overnam, veel personen zaten die nog door de koning benoemd waren en behoorden tot de zogenaamde gevestigde orde.

Het nieuwe algemene reglement bleef met wijzigingen van kracht tot 1951. Toen kwam er een nieuwe kerkorde en veranderde de naam van het provinciaal kerkbestuur in provinciale kerkvergadering. De zestiger en zeventiger jaren worden gekenmerkt door het weer na elkaar toegroeien van de Hervormde en Gereformeerde kerken. Aan het eind van de jaren zestig besloot men in principe te gaan streven naar eenwording van de beide kerken, de hierbij genoemde datum, 1980, is niet gehaald, onder meer door de gereserveerde houding van de Gereformeerde Bond in deze. Maar in ieder geval zijn de hervormde en de gereformeerde kerk vanaf 1976 "Samen op Weg". *