Tussen de invoering van de Hervorming in het Utrechtse in 1580 en de oprichting van classes in 1619 ligt een tijdvak van ongeveer 40 jaar.

De remonstrantse synode van Utrecht suggereert in 1618 dat de reden van het lange uitblijven van de classikale indeling in dit gewest slechts op geografische moeilijkheden stuitte: zijnde deselve (provincie) om haer cleynheyt tot noch toe in classes niet verdeylt geweest gelijck wel elders . . . *  Deze voorstelling van zaken is wel simpel. In werkelijkheid is niet zozeer de kleinheid van de provincie als wel die van het aantal hervormden de oorzaak van het uitblijven van een indeling in classes.

In de eerste 40 jaren na de buitenwerkingstelling van de roomskatholieke eredienst is er buiten de stad Utrecht nergens sprake van een geslaagde protestantisering. Het bij plakkaat van 26 augustus 1581 afgekondigde verbod van de roomse religie stuitte op veel weerstand. In Montfoort en Hagestein wordt het voorlopig niet afgekondigd *  . Het plakkaat liet overigens de nog residerende pastoors ongemoeid, mits zij de gereformeerde religie niet openlijk aanvielen en het katholicisme niet bevorderden. Wel schreef het voor dat zoe verre eenige dorpen zyn, die het exercitie van de Gereformeerde religie begeren, dat men henlieden deselve accorderen zal *  . Dit wijst er op dat men eenvoudig geen kans zag de pastorieën te bemannen met betrouwbare, geëxamineerde predikanten. De residerende pastoors, hoewel zeker niet zuiver op de graad waar het de leer en liturgie, zoals die door het concilie van Trente waren voorgeschreven, betrof, bleven in meerderheid de kerk van Rome trouw. Sommige, meestal niet de beste, trouwden met hun concubine en werden predikant. Andere "reformeerden" zich in zoverre, dat zij meer preekten, meer de volkstaal gebruikten, doopten en trouwden naar verkiezing op de katholieke of protestantse wijze, maar bleven in hun hart katholiek *  .

In de stad Utrecht zelf was het calvinisme langs twee verschillende kanalen ingevoerd. De uit Rotterdam afkomstige Hubert Duifhuis, pastoor van de Jacobikerk, had zich geleidelijk van Rome losgemaakt en preekte een ondogmatisch, van uiterlijkheden ontdane geloofsopvatting, geheel passend in de traditie van de erasmiaanse tolerantiegedachte. Maar hij weigerde het in Holland gebruikelijke organisatiemodel van de kerkelijke gemeenten, het constistorie, op de Jacobigemeente toe te passen. Hij erkende het gezag van de wereldlijke overheid dat deze ook in kerkelijke aangelegenheden pretendeerde te bezitten. Hij telde dan ook veel aanhangers onder de aanzienlijken van de stad en de leden van de magistraat, die hem hun volledige steun gaven.

Tegenover zich vond hij de orthodoxe calvinisten, die, eenmaal toegelaten, aanstonds overgingen tot de instelling van een constistorie. Deze constistorialen waren met vier predikanten in de stad vertegenwoordigd: Wernerus Helmichius, Nicolaus Sopingius, Hermannus Moded en - wat later - Johannes Uyttenbogaert. Doordat in de provincie Utrecht een indeling in classes ontbrak en er, voorlopig althans, geen provinciale synoden bijeenkwamen, leunden zij sterk op de kerkelijke organisaties in Holland. Met een korte onderbreking tijdens de Leicester-periode (1585-1589) zijn de calvinistische predikanten in Utrecht er nooit in geslaagd zich aan het toezicht van de overheid te ontworstelen. Pas met de provinciale synode van 1619 kwam hierin verandering.

De kerkelijke toestand op het platteland bleef de overtuigde calvinisten een doorn in het vlees om dat in verscheyden plaetsen, noch botte, ongeleerde, onvernuftige Papen geleden ende opgehouden werden, tot veler menschen onheyl ende eenen groten blaem over dit land in alle de genabuerde omliggende Provintien, in de welcke des Heeren naem hierom dagelijx gelastert wert. Waer uyt ook dit noch verner ontstaet, dat de schadelijcke jesuyten ende andere Paepsche gesinden lanx soo meer inbreecken ende quaet doen *  . Pas 13 jaar na de officiële invoering van het calvinisme, in 1593, verzochten de predikanten van de stad Utrecht aan de Staten om nu eindelijk de ware christelijke, gereformeerde religie op het platteland met kracht door te voeren.

Een commissie, bestaande uit jhr. Frederik van Zuylen van Nyvelt, ds. Joannes Gerobulus en ds. Gerrit van Blockhoven, predikanten te Utrecht, en Henrick Buth, ouderling aldaar, wordt door de Staten opdracht gegeven de kerken ten platte lande te gaan visiteren. De resultaten van het rapport van de kommissie bewijzen dat de Utrechtse predikanten niet hadden overdreven *  . Twintig pastoors kunnen min of meer worden beschouwd als gereformeerd; acht zijn bereid tot medewerking, veertien weigerachtig. Een aantal van de fungerende kosters en schoolmeesters saboteren de reformatie *  .

De aanbevelingen van de commissie, die deze aan het slot van haar rapport deed, hebben kennelijk weinig uitgehaald. Hetzelfde beeld vinden wij tenminste weergegeven in een Remonstrantie van 1601, bestemd voor de prins van Oranje en de Staten Generaal, van twee gedeputeerden der beide Hollandse synoden, Henricus Boxhornius, predikant te Woerden, en Casparus Swerinchusius, predikant te Rotterdam, aan wie was opgedragen te handelen in de saecken der kercken van 't Sticht van Uutrecht *  .

Nadat zij er op hebben gewezen datter gheen classen noch synoden op peyne van zijn gagie te derven gehouden en worden, noch gheen kerckenraedt en is dan alleen binnen Utrecht, volgt een zelfde sombere schildering van een met paapse gebruiken overwoerkerde geloofspraktijk ten platte lande als in 1593. Dit beeld bleek in 1606 en 1612, als na veel aandringen van de zijde van de predikanten de eerste en tweede provinciale synoden worden gehouden, niet wezenlijk gewijzigd *  . Pas met de provinciale synode van 1619, tijdens welke tot de indeling der provincie in de drie classikale ressorten Utrecht, Wijk bij Duurstede en Amersfoort werd besloten, ontstond een kerkelijke organisatie die een stabilisering en vervolgens een geleidelijke uitbouw van het calvinisme mogelijk maakte.

Maar voor het zover was hadden ook in Utrecht de kerkelijke twisten van remonstranten en contra-remonstranten de verhouding tussen de kerken en de overheid zodanig beïnvloed, dat de organisatorische maatregelen van de provinciale synode van 1619 konden worden ingevoerd. Deze kerkelijke strijd sloot in feite aan bij de al sinds het begin van de Hervorming in Utrecht bestaande controverse tussen de calvinistische geestelijkheid enerzijds en de overheid anderzijds over de zeggingsmacht van laatstgenoemde in kerkelijke zaken. Daarbij kan men de remonstrantse aanhang zien als een voortzetting van de libertijnse Jacobigemeente van Duifhuis. De orthodoxe partij in Utrecht kon zich volledig verenigen met de eis van de contra-remonstranten tot bijeenroeping van een nationale synode. De onenigheid leidde zelfs tot twee afzonderlijke provinciale synoden in 1618, een remonstrantse in het Katherijneklooster en een contra-remonstrantse in de Dom *  .

Pas door de overwinning van de contra-remonstrantse partij op de nationale synode te Dordrecht in 1618 en 1619 kwam aan deze strijd een einde. Tijdens het hoofdgedeelte van deze nationale synode, dat werd afgewerkt in 154 zittingen tussen 13 november 1618 en 9 mei 1619, bogen de deelnemers - waaronder een aantal deputaten uit het buitenland - zich over zaken betreffende leer en tucht. Zoals bekend, delfden de remonstranten daarbij het onderspit. Vervolgens kwam het meer huishoudelijke gedeelte - de buitenlanders zijn dan weer vertrokken - aan de orde in 16 sessies van 13 tot 29 mei. Toen werd ook een nieuwe kerkorde vastgesteld, die op 30 mei aan de Staten Generaal en de provincies werd aangeboden om die by haere principalen respective te doen aggreeeren.

De Staten van Utrecht approberen deze kerkorde onder enige restrikties op 6 augustus en besluiten diezelfde dag een provinciale synode te doen uitschrijven *  . Van 10 augustus tot 1 september 1619 vindt de synode plaats in het bijzijn van zes door de nationale synode gekommitteerde predikanten en vier gedeputeerden van de Staten van Utrecht. De nieuwe kerkorde wordt aangenomen en als uitvloeisel daarvan gaat men nu over tot de oprichting van drie classes.

In de acta van de Utrechtse synode vinden wij hierover het volgende *  : Alsoo tot noch toe in dese provincien geen classes geweest zyn, gelijck nochtans volgens de kerckenordeninge nodich is ende tot noch toe in alle andere provincien met merckelycke vreucht ende stichtinge gepractiseert is, soo is goetgevonden, dat eenige broederen, die de gelegentheyt van dese lantschap bekent is, een concept te formeren, hoe ende (op) wat maniren men de affdeijlinge van de classes op het gevoechgelyckste souden connen aenstellen. Waerop sy gehoort ende het voorscreven concept gelesen synde, is verstaen by dese vergaderinge, dat van nu aff ende voortaen alle de kercken van dese provincie sullen affgedeylt worden in drie classes, te weeten eene van Utrecht, eene van Amersfoort ende een ander van Wyck, alles in der manieren navolgende, daernae alle kercken ende kerckendienaren deses synodi haerselven sullen moeten reguleren.

Het classis van Utrecht: Utrecht met dEngelsche kerk, Montfoort, De Vaert, Jutphaas, Lopick ende Capel, Linschoten, Langeraeck over Leck, Segvelt, Camerick, Hermelen, Vleuten, Maersen, Breuckelen, Ter Aar, Abcoude, Wilnis, Mijdrecht ende Tamen, Cockengen, Cudelsteert.

van Amersfoort: (Amersfoort met) Leusden, Bunschooten, Ter Eem ende Baern, Woudenberch, Soest, Emmenes, Vreelandt, Martensdyck, Westbrouck, Cortenhoeff, Anckeveen, Nichtevecht, Nederhorst, Seyst.

de classis van Wijck: Rheenen, Wyck bij Duyrstadt, Venendaal, Amerongen, Doorn, Overlangbrouck, Nederlangbroeck, Coten, Werckhoven, Odyck, Bunnick, Houten ende tGoy, Schalwyck ende Honswyck, Tul ende tWaell, Hagesteyn.

Behalve tot de oprichting van de classes, die viermaal per jaar bijeenkomen, gaat men ook over tot de invoering van een jaarlijks te houden provinciale synode. Tevens erkent de overheid voortaan dat het formeren en visiteren van de kerkeraden, alsmede het beroepen van predikanten tot de taken van de classes moeten worden gerekend.