Uit onvrede over de richting die de Nederlands Hervormde Kerk in het begin van de negentiende eeuw volgde, zetten enkele leden van voornoemde Kerk in 1834 de Afscheidingsbeweging in gang. Leden van voornoemde beweging vormden in 1838 de Christelijk Afgescheiden Kerk en de Gereformeerde Kerk onder het Kruis. In 1869 kwamen deze afsplitsingen weer bijeen en gingen verder als de Christelijk Gereformeerde Kerk. Samen met de Nederduitsch Gereformeerde Kerken, die zich in 1886 in de Doleantie onder leiding van Abraham Kuyper van de Hervormde Kerk hadden afgesplitst, kwam de Christelijk Gereformeerde Kerk in 1892 tot een kerkverband onder de naam Gereformeerde Kerken in Nederland. Een groep mensen die het hier niet mee eens waren bleven zich de Christelijk Gereformeerde Kerk noemen. Eind twintigste eeuw is een beweging inganggezet om met de Gereformeerde Kerken in Nederland, de Evangelisch Lutherse Kerk en de Nederlands Hervormde Kerk te komen tot het samenwerkingsverband Samen Op Weg . Vanaf 1 mei 2004 zijn de kerkgenootschappen verder gegaan als de Protestantse Kerk in Nederland.

De Gereformeerde Kerken in Nederland worden gevormd door de plaatselijke kerken. Daarboven worden op drie niveaus kerkelijke vergaderingen gehouden.

De plaatselijke kerken binnen een bepaald gebied vormen een classis, waar door elke plaatselijke kerk leden naar worden afgevaardigd. De vertegenwoordigers van een aantal classes komen vervolgens bijeen in een particuliere synode, tot 1905 ook wel provinciale vergadering genaamd. De synode kiest uit de afgevaardigden een dagelijks bestuur, het moderamen. De breedste vergadering binnen de Gereformeerde Kerken in Nederland wordt gevormd door de generale synode. De deputaatschappen functioneren als commissies met een speciale opdracht.

De classis Breukelen omvatte in 1985 de plaatselijke kerken van Abcoude, Baambrugge, Breukelen, Kamerik, Kockengen, Loenen aan de Vecht, Maarssen, Mijdrecht, Nigtevecht, Tienhoven, Uithoorn, Vinkeveen en Vreeland.