Bij de indeling van het archief is het gebruikelijke onderscheid gemaakt tussen stukken van persoonlijke en van zakelijke aard, waarbij door de inhoud van de stukken de nadruk kwam te liggen op het persoonlijk gedeelte. De acten van huwelijksvoorwaarden van de dochters uit het geslacht zijn geplaatst in het archief van hun resp. vaders, wat eveneens het geval is met de huwelijksvoorwaarden van één der zoons (Jan Nicolaas, geb. 1624), die op minderjarige leeftijd huwde en van wie ook, overigens in dit archief geen stukken zijn bewaard gebleven. Daar een drietal leden van het geslacht Malapert een executeur-testamentair had benoemd, zijn alle stukken, die op de afwikkeling van deze nalatenschappen betrekking hebben, ondergebracht bij de persoon, dien zij als ex.-test. hadden aangewezen. In alle andere gevallen zijn deze stuiken bij de erflaters zelf geplaatst. Ook de testamenten zijn bij de erflaters ondergebracht; eventuele afschriften daarvan bij de ex.-test. en belanghebbenden. Verder zijn de vele voogdijstukken, welke in het archief voorkomen, steeds onder een apart hoofd geplaatst bij de persoon, die als voogd optrad, hoewel deze stukken veelal een zeer zakelijk karakter dragen. Door de gevolgde wijze van plaatsing is echter de eenheid van deze voogdij-archieven bewaard gebleven.

De eigendomsbewijzen van obligaties, hoewel men deze zou kunnen beschouwen als van zakelijke aard, zijn verdeeld over de eigenaars van deze stukken, omdat ze op naam gesteld zijn. Hierbij is rekening gehouden met het feit, dat enkele hiervan door vererving van de ene Malapert op de andere zijn overgegaan. In dat geval zijn ze vanzelfsprekend geplaatst bij de laatste eigenaar. Rekeningen zijn alleen bij de zakelijke stukken geplaatst, wanneer zij bij een Malapert zijn binnengekomen in zijn kwaliteit als heer van Jutphaas. Evenzo zijn, omdat ze op naam gesteld zijn, de belastingpapieren uit de jaren rond 1800 op de persoon geplaatst. Alleen wanneer duidelijk was op welk goed precies deze lasten drukten, zijn ze bij het betrokken bezit geplaatst. Door deze werkwijze zijn in de zakelijke afdeling alleen de leenbrieven, de koopacten van onroerende goederen en de huur- en pachtcontracten ondergebracht, benevens de "ambtelijke" stukken van de heren van Jutphaas. Al deze stukken zijn logischerwijs verdeeld naar de functies van de ambachtsheren en naar de ligging der goederen. Hetzelfde systeem is ook gevolgd in de tweede hoofdafdeling: archivalia van het geslacht van Löben-Sels. Bij de Varia tenslotte zijn ondergebracht die stukken, welke geen of geen aanwijsbaar verband toonden met het archief; benevens enkele stukken, die wél in dit archief thuishoren, maar niet in een der rubrieken konden worden Ingevoegd. Hier zouden ook de afschriften thuishoren, die in de jaren rond 1770 door Jan Jacob de Malapert van een aantal stukken zijn gemaakt. Deze zijn echter bij de originelen gevoegd, omdat ze daar van nut kunnen zijn in geval het origineel niet goed leesbaar meer is.