De heerlijkheid Harmelen c.a., zoals die op het einde van het Ancien Régime bestond, was een nogal complex geheel. Al in de 13e en 14e eeuw waren er in Harmelen verschillende rechtsgebieden. Er leefde een geslacht Van Harmelen, maar leden daarvan bezaten slechts jurisdictie in een gedeelte van de parochie. Het huis Harmelen zal wel door hen gebouwd zijn en bleef tot 1348 allodiaal bezit. Door het huwelijk van Aleid van Harmelen met Dirk van Zuilen kreeg het bekende Stichtse geslacht Van Zuilen voor enkele eeuwen vaste voet in Harmelen. Op 7 februari 1348 droeg Dirk het huis Harmelen met 43 morgen land, allodiaal goed van zijn vrouw, op aan de abt van S. Paulus te Utrecht om het van de abdij in leen terug te ontvangen. Naderhand werd het huis in achterleen gehouden van de heer van De Haar - eveneens uit het geslacht Van Zuilen - die het op zijn beurt van de abdij van S. Paulus hield. In 1411 droeg Jacob van Zuilen de rechtsmacht, tijnzen en tienden van Haanwijk en Neder-Bijleveld, die hij tot dan toe in allodiaal bezit had, op aan de bisschop van Utrecht, eveneens met de bedoeling om dit goed voortaan in leen te houden.

Een ander gedeelte van Harmelen, namelijk Harmelerwaard, behoorde al in de 13e eeuw tot de jurisdictie van het kapittel van Oudmunster te Utrecht. Omdat dit kapittel ook in het nabijgelegen Vleuten de rechtsmacht en de heerlijke rechten bezat, oefenden de door het kapittel aangestelde schouten en schepenen van Vleuten in de 16e en 17e eeuw hun ambten ook uit over het gebied van Harmelerwaard. In 1633 slaagde de heer van Harmelen, Frederik van Baexen, er in van Oudmunster gedaan te krijgen dat Harmelerwaard van Vleuten werd afgescheiden en als afzonderlijke heerlijkheid aan hem in leen werd gegeven. Voortaan ressorteerden de inwoners van Harmelerwaard onder het schepengerecht van Harmelen.

Nadat de heerlijkheden door vererving en koop sinds 1718 in bezit waren bij leden van het geslacht Van Beusichem, wist Adriaan van Beusichem in 1810 tenslotte nog een andere heerlijkheid onder Harmelen te verwerven. Het betreft de ambachtsheerlijkheid Indijk, een leen van de staten van Holland. Hoewel van ouds binnen de grenzen van de parochie Harmelen gelegen, behoorde Indijk niet tot het Sticht, maar de vereniging van de Harmelense heerlijkheden in één hand heeft er ongetwijfeld mede toe bijgedragen dat de gemeente Indijk in 1820 naar de provincie Utrecht werd overgebracht en met Harmelen tot één gemeente werd verenigd.

De verschillende herkomst van de rechten van de heren van Harmelen - een vereenvoudigde titulatuur waarvan zij zich in de 18e en 19e eeuw bij voorkeur bedienden - komt tot uiting in het archief dat zij hebben nagelaten. Het bevat slechts weinig stukken van voor het midden van de 17e eeuw en van na die tijd ontbreken eveneens vele stukken, die men er in zou verwachten, zoals b.v. rekeningen van het beheer van de door de heer aangestelde rentmeester. Akten van belening zijn slechts aanwezig van Harmelerwaard en - slechts één - van het kasteel Harmelen. Stukken betreffende het bestuur van de heerlijkheid zijn echter in ruimere mate bewaard gebleven en deze vullen de archivalia in het gemeentearchief van Harmelen op vele punten aan. De reden waarom sommige stukken in het archief van de heerlijkheid en andere soortgelijke in dat van de gemeente terecht zijn gekomen is daarbij niet altijd duidelijk.

Na de revolutie van 1795 boette, zoals bekend, het heerlijk gezag sterk aan belang in. Na een tijdelijke afschaffing van de heerlijke rechten, werden er slechts enkele na de restauratie van 1813 hersteld. Na 1848 bleef tenslotte nog slechts de titel over en het archief bevat vanaf dat jaar alleen nog maar stukken betreffende de landerijen, die de heren in de loop van de tijd verworven hadden. Het belangrijkste goed, de ambachtshoeve, werd tenslotte in 1964 door de titulaire ambachtsheer, ds. M.H.F. Witteveen, van de hand gedaan. Kort daarop werd het archief door hem in bewaring gegeven bij het rijksarchief in Utrecht.

Bij de inventarisatie zijn de stukken, die de heerlijkheid Indijk betreffen en dateren van vóór 1810, toen dit gebied met de andere heerlijkheden in één hand werd verenigd, afzonderlijk beschreven.